Omjer neadaptivnih i adaptivnih mutacija kao Ahilova peta teorije evolucije

[skeptik]

Contradiction, nisi nam rekao ono što vjerojatno svakog tko ovo čita najviše zanima. Ako su brojke točne (ja osobno nisam u stanju to provjeriti), te ako je to problem za evoluciju, što je po tebi najizglednije rješenje problema? Nisi nigdje spomenuo kreacionizam, ali da li je to ono što potajno misliš? Ili misliš na epigenetiku? Ili nešto treće?

Uzmimo za primjer E. Coli. Nema nikakve sumnje da se one prilagođavaju antibioticima praktički na tjednoj bazi. Jesu li ovdje velike brojke drugačije tako da je to matematički moguće? Ili tvrdiš da je neki drugi mehanizam odgovoran za prilagodbu E. Coli?

[MrBlc]

krena kaže:

Oni ubijaju bakterije, ali uvije ima veliki broj koji nije uništen. Usred slučajnih mutacija, od toga velikog broja bakterija pojaviti će se neka sa mutacijom broj 1. I uskoro će biti samo ovaj soj na životu. Normalno, i njih će u količini recimo 90 % biti uništeno. Od preostalog broja sa mutacijom 1 , pojaviti će se neki koji će imati i mutaciju 2. I tako će taj proces ići sve do mutacija 1 , 2, 3, 4 , 5 , 6 , 7, Sa sedmom mutacijom imamo rezistentni soj otporan na tu vrstu antibiotika.

Ako uzmemo u obzir i transdukciju, onda se neke mutacije mogu pojaviti i paralelno, što dodatno povećava šansu nalaženja svih 7 mutacija u istoj bakteriji.

contradiction kaže:

Da, to je otprilike to.

Ok, sad kad je skeptik preveo ono što nisi najjasnije izrazio, možemo dalje.

Prvo, već ti sami izvor nudi jedno od mogućih objašnjenja:
http://rsif.royalsocietypublishing.o.../5/25/953.full - nemamo dokaza da su sve aminokiseline koje danas sudjeluju u procesu sudjelovale od početka.

Drugo, procjena na temelju današnje raznolikosti je malo nategnuta. Koliko je neadaptivnih kombinacija izgubljeno, što daljnjim mutacijama, što izumiranjima vrsta, što nekim drugim mehanizmima, koliko je štetnih mutacija eliminirano jednostavnim umiranjem jedinke koja je nosi jer ista nije mogla preživjeti. Teško je na temelju filtriranih podataka donositi zaključke o nefiltriranim podacima.

Treće, ako je neki gen u kraćem obliku imao srodnu funkciju, onda imaš daleko manji broj kombinacija za nadogradnju tog gena novom aminokiselinom. S obzirom da u međuvremenu dolazi do filtriranja podataka, ne možeš reći da su bile moguće sve kombinacije.

Dobar primjer kombiniranja mutacija je ovaj s bakterijama.

Ili recimo loto. 6/45 ima 8.145.060 kombinacija. Znači, za biti siguran da ćeš dobiti, treba ti 8.145.060 listića. Međutim, ako možeš uplatiti nakon svakog pogođenog broja, onda uplatiš 45 listića s po jednim brojem, pa uzmeš dobitni i kopiraš ga 44 puta i platiš po još jedan broj dalje ponavljaš postupak do kraja izvlačenja. Na taj način ti treba samo 255 listića.

Dakle, ako je postojala preteča λ-represora koja je imala drugu funkciju, a koja je možda imala povoljniji omjer adaptivnih i neadaptivnih mutacija ili kraći niz, onda ti računica pada u vodu.

Edit: skoro zaboravio:
I četvrto, u bilo kojem trenutku je evolucija mogla otići u nekom drugom smjeru u kojem bi neka druga mutacija bila adaptivna. Ti gledaš vjerojatnost trenutnog ishoda, ali trenutni ishod nije nužno i jedini mogući.

[skeptik]

MrBlc kaže:

Ili recimo loto. 6/45 ima 8.145.060 kombinacija. Znači, za biti siguran da ćeš dobiti, treba ti 8.145.060 listića. Međutim, ako možeš uplatiti nakon svakog pogođenog broja, onda uplatiš 45 listića s po jednim brojem, pa uzmeš dobitni i kopiraš ga 44 puta i platiš po još jedan broj dalje ponavljaš postupak do kraja izvlačenja. Na taj način ti treba samo 255 listića.

Odlična analogija!

[contradiction]

MrBlc kaže:

Ako uzmemo u obzir i transdukciju, onda se neke mutacije mogu pojaviti i paralelno, što dodatno povećava šansu nalaženja svih 7 mutacija u istoj bakteriji.



Ok, sad kad je skeptik preveo ono što nisi najjasnije izrazio, možemo dalje.

Prvo, već ti sami izvor nudi jedno od mogućih objašnjenja:
http://rsif.royalsocietypublishing.o.../5/25/953.full - nemamo dokaza da su sve aminokiseline koje danas sudjeluju u procesu sudjelovale od početka.

Irelevantno, to samo znači da abeceda proteina nije imala 20 slova nego možda 6. DNK abeceda primjerice ima 4 slova. Problem opisan u uvodu nije ovisan o vrsti abecede nego o omjeru onoga što funkcionira i ne funkcionira u danim životnim uvjetima.

Drugo, procjena na temelju današnje raznolikosti je malo nategnuta. Koliko je neadaptivnih kombinacija izgubljeno, što daljnjim mutacijama, što izumiranjima vrsta, što nekim drugim mehanizmima, koliko je štetnih mutacija eliminirano jednostavnim umiranjem jedinke koja je nosi jer ista nije mogla preživjeti. Teško je na temelju filtriranih podataka donositi zaključke o nefiltriranim podacima.

Treće, ako je neki gen u kraćem obliku imao srodnu funkciju, onda imaš daleko manji broj kombinacija za nadogradnju tog gena novom aminokiselinom. S obzirom da u međuvremenu dolazi do filtriranja podataka, ne možeš reći da su bile moguće sve kombinacije.

Ne razumijem na što se odnose ova dva pasusa. Ništa slično niti sam tvrdio niti poroizlazi iz omjera adaptivnih i neadaptivnih mutacija.

Dobar primjer kombiniranja mutacija je ovaj s bakterijama.

Ili recimo loto. 6/45 ima 8.145.060 kombinacija. Znači, za biti siguran da ćeš dobiti, treba ti 8.145.060 listića. Međutim, ako možeš uplatiti nakon svakog pogođenog broja, onda uplatiš 45 listića s po jednim brojem, pa uzmeš dobitni i kopiraš ga 44 puta i platiš po još jedan broj dalje ponavljaš postupak do kraja izvlačenja. Na taj način ti treba samo 255 listića.

Dakle, ako je postojala preteča λ-represora koja je imala drugu funkciju, a koja je možda imala povoljniji omjer adaptivnih i neadaptivnih mutacija ili kraći niz, onda ti računica pada u vodu.

Kad smo već kod analogija ponudit ću i ja jednu. Život je interakcija različitih 3D oblika. Evolucija stoga mora objasniti transformaciju jednog 3D oblika u drugi, a ne fitness landscape tih oblika na što se cilja sa takvim analogijama. Evolucija je dakle nešto kao da imaš tržište koje traži glineni model Elvisa. No nakon toga se otvori druga tržišna niša koja traži glineni model Bigatti Chirona. Ako je jedini način dolaska od jednog 3D modela(oblika) do drugog(Bigatti Chirona) dupliciranje prethodnog i nasumična promjena čestica gline, što misliš koliko treba čekati da se pojavi oblik Bigatti Chirona? Ako hoćeš ja ti ponudim matematički izračun po kojem vrijeme od Velikog praska do hipotetičke toplinske smrti svemira nije dovoljno za nešto takvo i to ako bi takvom procesu izložio toliko modela Elvis koliko je broj atoma u vidljivom svemiru i ako bi se čestice repozicionirale brzinom obrnutog Planckovg vrijemena odn. 10^44 puta u sekundi. U evoluciji su te čestice nukleotidi. Repoziciniranjem nukleotida je potrebno doći sa jednog funkcionalnog(adaptabilnog) 3D oblika na drugi. Ovaj tvoj primjer je potpuno irelevantan u tom kontekstu.

[contradiction]

skeptik kaže:

Contradiction, nisi nam rekao ono što vjerojatno svakog tko ovo čita najviše zanima. Ako su brojke točne (ja osobno nisam u stanju to provjeriti), te ako je to problem za evoluciju, što je po tebi najizglednije rješenje problema? Nisi nigdje spomenuo kreacionizam, ali da li je to ono što potajno misliš? Ili misliš na epigenetiku? Ili nešto treće?

Uzmimo za primjer E. Coli. Nema nikakve sumnje da se one prilagođavaju antibioticima praktički na tjednoj bazi. Jesu li ovdje velike brojke drugačije tako da je to matematički moguće? Ili tvrdiš da je neki drugi mehanizam odgovoran za prilagodbu E. Coli?

Z obzirom na spoznaje koje sam iznio u uvodu moje objašnjenje jest da znanost trenutno nema poznati mehanizam nastanka složenih živih bića, ali da će ga možda otkriti u budućnosti. Kad će to biti nemam pojma.

[MrBlc]

contradiction kaže:

Irelevantno, to samo znači da abeceda proteina nije imala 20 slova nego možda 6. DNK abeceda primjerice ima 4 slova. Problem opisan u uvodu nije ovisan o vrsti abecede nego o omjeru onoga što funkcionira i ne funkcionira u danim životnim uvjetima.

Tebi je irelevantno, a izvoru kojeg si koristio je relevantno? Ili nešto nisi shvatio ili se nisi dobro izjasnio.

contradiction kaže:

Ne razumijem na što se odnose ova dva pasusa. Ništa slično niti sam tvrdio niti poroizlazi iz omjera adaptivnih i neadaptivnih mutacija.

Čitava tvoja tvrdnja se temelji na usporedbi potrebnog broja mutacija za pogoditi adaptivnu (a koji proizlazi iz omjera adaptivnih i neadaptivnih) s brojem mutacija koje su se do sad (mogle) dogoditi. Ovaj drugi broj je sporan jer se temelji na rezultatu, a ne procesu. Štetne mutacije predstavljaju slijepu ulicu evolucije, pa je vrlo izgledno da se u prirodi dogodio veći broj kombinacija nego tvoj izvor pretpostavlja iz trenutnih podataka (jer mu nedostaju one mutacije koje nisu opstale).

Nadalje, tvoja tvrdnja se temelji da je neki niz nastao iz nule. Međutim, ako je nastao kao nadogradnja nekog postojećeg niza, onda je ukupan broj kombinacija nevažan, već je važan broj kombinacija nadogradnje. U trenutku kad smo imali izvorni niz, već smo imali jedan adaptivni hit, što predstavlja filter.

contradiction kaže:

Evolucija je dakle nešto kao da imaš tržište koje traži glineni model Elvisa. No nakon toga se otvori druga tržišna niša koja traži glineni model Bigatti Chirona. Ako je jedini način dolaska od jednog 3D modela(oblika) do drugog(Bigatti Chirona) dupliciranje prethodnog i nasumična promjena čestica gline, što misliš koliko treba čekati da se pojavi oblik Bigatti Chirona? Ako hoćeš ja ti ponudim matematički izračun po kojem vrijeme od Velikog praska do hipotetičke toplinske smrti svemira nije dovoljno za nešto takvo i to ako bi takvom procesu izložio toliko modela Elvis koliko je broj atoma u vidljivom svemiru i ako bi se čestice repozicionirale brzinom obrnutog Planckovg vrijemena odn. 10^44 puta u sekundi.

Analogija ti je promašena iz dva razloga:
1.) Nikad nije samo jedna prilagodba moguća, uvijek se može prilagoditi na više načina.
2.) Ono što je važnije, a što uporno ignoriraš, a to je jedan mehanizam koji je sastavni dio evolucije. Ona modificirana kopija Elvisa koja sliči malo više na Bigattia Chirona će potisnuti ostale kopije. Sljedeća kopija će imati svoje varijacije od kojih će opet neka više sličiti, a druga manje. Onda pri tom još imaš i mogućnost da kopiju koja ima oči Bigattia križaš s kopijom koja ima njegov nos, pa ostavljaš samo kopije koje su dobile i nos i oči nalik na Bigattiu. Tu ti računica pada u vodu jer više nemaš samo nasumične promjene, već imaš filtrirane nasumične promjene.

[contradiction]

MrBlc kaže:

Tebi je irelevantno, a izvoru kojeg si koristio je relevantno? Ili nešto nisi shvatio ili se nisi dobro izjasnio.

Nije irelevantno meni, nego logički ne slijedi da broj aminokiselina mijenja omjer onoga što funkcionira i onoga što ne funkcionira. Izvor se nije bavio mojim argumentom, nego hipotetizira o nečemu u prošlosti što ne može dokazati zato jer nekako mora opravdati diskrepanciju ukupnog broja mutacija i kombinatornog prostora proteina.

Čitava tvoja tvrdnja se temelji na usporedbi potrebnog broja mutacija za pogoditi adaptivnu (a koji proizlazi iz omjera adaptivnih i neadaptivnih) s brojem mutacija koje su se do sad (mogle) dogoditi. Ovaj drugi broj je sporan jer se temelji na rezultatu, a ne procesu. Štetne mutacije predstavljaju slijepu ulicu evolucije, pa je vrlo izgledno da se u prirodi dogodio veći broj kombinacija nego tvoj izvor pretpostavlja iz trenutnih podataka (jer mu nedostaju one mutacije koje nisu opstale).

Ako pretpostavimo da je procjena pogriješila 1000 puta onda to samo znači da je broj 10^46 umjesto 10^43, čime se ništa drastično ne mijenja.

Nadalje, tvoja tvrdnja se temelji da je neki niz nastao iz nule. Međutim, ako je nastao kao nadogradnja nekog postojećeg niza, onda je ukupan broj kombinacija nevažan, već je važan broj kombinacija nadogradnje. U trenutku kad smo imali izvorni niz, već smo imali jedan adaptivni hit, što predstavlja filter.

Opet irelevantno jer funkcionalni postojeći niz nekog dupliciranog gena nije zaključan za mutacije, nego se jednako mijena kao i nadogranja koja traži adaptabilnu formu. Tijekom tog procesa traženja adaptacije "ne-nadogradnja" teži onome što je najvjerojatnije, a to je junk, pa u trenutku kad se adaptacija nadogradnje eventualno postigne, postojeći niz je izgubio svoju funkciju i ponovio je mora tražiti. A kad je počne tražiti onda će ova nadogradnja postati junk i tako u krug do onoga što ja tvrdim - da se gleda ukupni kombinatorni prostor dupliciranog gena, a ne samo jedan njegov dio.

Analogija ti je promašena iz dva razloga:
1.) Nikad nije samo jedna prilagodba moguća, uvijek se može prilagoditi na više načina.
2.) Ono što je važnije, a što uporno ignoriraš, a to je jedan mehanizam koji je sastavni dio evolucije. Ona modificirana kopija Elvisa koja sliči malo više na Bigattia Chirona će potisnuti ostale kopije. Sljedeća kopija će imati svoje varijacije od kojih će opet neka više sličiti, a druga manje. Onda pri tom još imaš i mogućnost da kopiju koja ima oči Bigattia križaš s kopijom koja ima njegov nos, pa ostavljaš samo kopije koje su dobile i nos i oči nalik na Bigattiu. Tu ti računica pada u vodu jer više nemaš samo nasumične promjene, već imaš filtrirane nasumične promjene.

Ovaj prigovor se ti temelji na pretpostavci da evolucija vidi u budućnost. Evolucija ne zna što to malo više liči na Bugattia Chirona, nego ona selektira taj oblik kad se on pojavi odn. kad bar malo sliči na Bugatti Chiron. A da bi do toga došli potrebno je prevladati sve one oblike koji su "ne-Bugatti Chiron".

[MrBlc]

contradiction kaže:

Nije irelevantno meni, nego logički ne slijedi da broj aminokiselina mijenja omjer onoga što funkcionira i onoga što ne funkcionira.

Ne mijenja omjer, već broj dostupnih varijacija:

Figure 1 shows the number of possible sequences as a function of the number of different amino acids (or classes of amino acids, 1–20) and the length of the functionally important amino acid chain (33, 50 or 100). It highlights the drastic reduction in the size of sequence space if one limits the number of available amino acid types to less than the 20 usually found today, a limitation that appears to be justified experimentally.

Dalje...

contradiction kaže:

Ako pretpostavimo da je procjena pogriješila 1000 puta onda to samo znači da je broj 10^46 umjesto 10^43, čime se ništa drastično ne mijenja.

Naravno, ali ako je neka od tih slijepih ulica eliminirala čitavu granu neodrživih mutacija, onda ta brojka raste s lijepom potencijom, ovisno koliko je davno to grananje nastalo.

contradiction kaže:

Opet irelevantno jer funkcionalni postojeći niz nekog dupliciranog gena nije zaključan za mutacije, nego se jednako mijena kao i nadogranja koja traži adaptabilnu formu. Tijekom tog procesa traženja adaptacije "ne-nadogradnja" teži onome što je najvjerojatnije, a to je junk, pa u trenutku kad se adaptacija nadogradnje eventualno postigne, postojeći niz je izgubio svoju funkciju i ponovio je mora tražiti. A kad je počne tražiti onda će ova nadogradnja postati junk i tako u krug do onoga što ja tvrdim - da se gleda ukupni kombinatorni prostor dupliciranog gena, a ne samo jedan njegov dio.

Ovaj prigovor se ti temelji na pretpostavci da evolucija vidi u budućnost. Evolucija ne zna što to malo više liči na Bugattia Chirona, nego ona selektira taj oblik kad se on pojavi odn. kad bar malo sliči na Bugatti Chiron. A da bi do toga došli potrebno je prevladati sve one oblike koji su "ne-Bugatti Chiron".

Oba prigovora ti se temelje na pretpostavci da je evolucija linearan proces, međutim, ti jednostavno ignoriraš grananje. Ako je neka karakteristika poželjna, a na osnovi nje može nastati nova karakteristika koja je još poželjnija, ukoliko dođe do poboljšanja u smjeru nove karakteristike, to prevladava, ali ako dođe do mutacije koja uništava postojeću mutaciju koja je također poželjna, te jedinka je u nepovoljnom položaju i takva promjena ima ogromne izglede da bude eliminirana iz genetskog bazena. Međutim, u tom genetskom bazenu i dalje imaš jedinke s originalnom karakteristikom, bilo bez mutacija ili s mutacijama koje ne uništavaju inicijalnu karakteristiku.

[skeptik]

contradiction kaže:

Z obzirom na spoznaje koje sam iznio u uvodu moje objašnjenje jest da znanost trenutno nema poznati mehanizam nastanka složenih živih bića, ali da će ga možda otkriti u budućnosti. Kad će to biti nemam pojma.

Da li misliš da bi epigenetika mogla biti rješenje? Ako ne, zašto ne?

[toxde]

MrBlc kaže:

Može izvor?

npr. Hinton G.E., Nowlan S.J., 1987. How learning can guide evolution (pdf)

[MrBlc]

toxde kaže:

npr. Hinton G.E., Nowlan S.J., 1987. How learning can guide evolution (pdf)

Ako si mislio na ovo onda si se malo nezgodno izrazio.

[contradiction]

MrBlc kaže:

Ne mijenja omjer, već broj dostupnih varijacija:

Da naravno, broj kombinacija niza L, kad govorimo o kodu sa dvije baze, npr. binarnom, je 2^L, dok kod sa četiri baze(genetski) ima 4^L kombinacije, a 2^L je manje od 4^L. No to ne znači da se smanjio kombinatorni prostor strukture koja je kodirana, nego samo da je potrebno više baza za kodiranje iste strukture. Nadam se da to ne moram dodatno objašnjavati.

Uostalom, mi moramo objasniti ono što vidimo - strukture sa 20 aminokiselina, a ne ono što su autori zamislili da je postojalo u prošlosti - strukture sa manjim brojem aminokiselina. Autori su jednostavno kombinatorni prostor nepovoljan za evoluciju riješili tako da su pretpostavili nešto što danas ne vidimo u biologiji. Na taj način je moguće objasniti apsolutno sve. Ako neko opažanje ne odgovara teoriji, jednostavno zamisliš da je nekad vrijedilo nešto što ne vrijedi danas i problem riješen. Meni je to neozbiljno i pitam se kako je uopće moguće da nešto takvo prođe per review.

Naravno, ali ako je neka od tih slijepih ulica eliminirala čitavu granu neodrživih mutacija, onda ta brojka raste s lijepom potencijom, ovisno koliko je davno to grananje nastalo.

Mogu brojke rasti kako da ne, ali ne mogu nadmašiti broj atoma na Zemlji - 10^50. Ako pretpostavimo da je svakog trenutka broj organizama bio jednak broju atoma, da su se reproducirali svake sekunde od nastanka Zemlje (prije 4,6 milijardi godina) do danas, te da je svaki ciklus reprodukcije producirao 1000 nasljednih mutacija, teorijski makismum resursa je 10^50 atoma x10^3 mutacija 10^17 sekundi = 10^70. Kad bi bi svi ti resursi bili korišteni u evoluciji to bi bilo u rangu one jedne adaptacije o kojoj sam govorio u postu #39. Tako da je smišljanje nekakvih hipotetičkih scenarija o izgubljenim granama stvarno nepotrebno.

Oba prigovora ti se temelje na pretpostavci da je evolucija linearan proces, međutim, ti jednostavno ignoriraš grananje. Ako je neka karakteristika poželjna, a na osnovi nje može nastati nova karakteristika koja je još poželjnija, ukoliko dođe do poboljšanja u smjeru nove karakteristike, to prevladava, ali ako dođe do mutacije koja uništava postojeću mutaciju koja je također poželjna, te jedinka je u nepovoljnom položaju i takva promjena ima ogromne izglede da bude eliminirana iz genetskog bazena. Međutim, u tom genetskom bazenu i dalje imaš jedinke s originalnom karakteristikom, bilo bez mutacija ili s mutacijama koje ne uništavaju inicijalnu karakteristiku.

Ovo je preapstraktno obrazloženje, tako da ne razumijem o čemu govoriš. Probaj to objasniti u kontekstu onog mojeg primjera od jučer, sa genetskim bazenom i dupliranim AAA genom. Ja na to sve gledam kroz prizmu onoga što se događa sa genima kad se dupliciraju i budu izloženi mutacija pošto je to evolucijsko objašnjenje za nastanak novih gena, a ovo tvoje objašnjenje mi nikako ne ulazi u tu prizmu.

[contradiction]

skeptik kaže:

Da li misliš da bi epigenetika mogla biti rješenje? Ako ne, zašto ne?

Ne mislim da je to rješenje zato jer se kod epigenetike radi o nasljednim promjenama u ekspresiji gena, a ne o podrijetlu gena. Nasljeđivanje informacije o načinu na koji će stanični mehanizmi povećati ili smanjiti produkciju specifičnog proteina ili RNK ne objašnjava nastanak funkcionalne informacije tih struktura odn. prevladavanje neadaptivnog potencijala gena.

[krena]

contradiction kaže:

Pitaj tog svog tipa koliko mutacija je potrošeno da bi se postigla otpornost. To je pitanje kojim se ovdje bavimo, a ne vjerojatnostima nastanka specifičnih mutacija.

Pitati ću ga obavezno.

Što se tiče drugog dijela tvoga posta izraz "potrošene mutacije" mi je malo čudan. Mutacije se događaju bez prestanka, a one su prilično česte kod mikro-organizama. A kod virusa su tako česte da sam negdje pročitao da određeni postotak normalnim procesom nastalih virusa nisu sposobni za "život" (i reprodukciju). Mutacije su najčešće sasvim slučajne , a vrlo mali postotak je povoljan. Normalno, to je povoljnost u datom trenutku. Jer ako bakterije ne tretiramo antibioticima, ništa neće značiti nastanak mutacije koja vodi rezistentnom soju. Čak je dokazano da se populacija rezistentnih bakterija vraća nakon nekog vremena u prvobitno stanje, kada ih više ne tretiramo antibiotikom. Jer rezistentnoi soj ima neka svojstva koja mu nisu povoljna u običnom okolišu.

[MrBlc]

contradiction kaže:

Da naravno, broj kombinacija niza L, kad govorimo o kodu sa dvije baze, npr. binarnom, je 2^L, dok kod sa četiri baze(genetski) ima 4^L kombinacije, a 2^L je manje od 4^L. No to ne znači da se smanjio kombinatorni prostor strukture koja je kodirana, nego samo da je potrebno više baza za kodiranje iste strukture. Nadam se da to ne moram dodatno objašnjavati.

Pod uvjetom da je ista struktura bila tad kodirana. Ako je u začetcima života struktura bila jednostavnija s 4 aminokiseline i manjim kombinatornim prostorom, pa su kasnije ušle u kombinaciju postepeno i ostale aminokiseline, tada si osnovni prototip mogao dobiti iz daleko manjeg kombinatornog prostora. Samim time imaš početnu točku koja je već funkcionalna, a za koju tvoja matematika ne vrijedi.

contradiction kaže:

Uostalom, mi moramo objasniti ono što vidimo - strukture sa 20 aminokiselina, a ne ono što su autori zamislili da je postojalo u prošlosti - strukture sa manjim brojem aminokiselina. Autori su jednostavno kombinatorni prostor nepovoljan za evoluciju riješili tako da su pretpostavili nešto što danas ne vidimo u biologiji. Na taj način je moguće objasniti apsolutno sve. Ako neko opažanje ne odgovara teoriji, jednostavno zamisliš da je nekad vrijedilo nešto što ne vrijedi danas i problem riješen. Meni je to neozbiljno i pitam se kako je uopće moguće da nešto takvo prođe per review.

Jesi li uopće čitao link koji si dao? Tamo su jasno navedene reference na eksperimente i opservacije na kojima se temelji ta pretpostavka. Čak i ako to nije točno, navedene reference sugeriraju da nije realno očekivati da su sve kombinacije jednako vjerojatne.

Unatoč navedenom članak i dalje računa s najboljim i najgorim slučajem, dok si ti uredno to sve ignorirao, uzeo najgori slučaj kao jedini moguć i koristiš ga kao dokaz. Prilagođavaš dokaze svojoj tvrdnji i onda još imaš obraza nekoga prozivati.

contradiction kaže:

Tako da je smišljanje nekakvih hipotetičkih scenarija o izgubljenim granama stvarno nepotrebno.

Ako neki segment vodi u smrt, onda je pojava takvog segment eliminirala sve kombinacije koje sadrže taj segment jer se pojavom tog segmenta prekida daljnje kombiniranje. Ako takvi segmenti nisu rijetkost, to značajno smanjuje kombinatorni prostor.

contradiction kaže:

Ovo je preapstraktno obrazloženje, tako da ne razumijem o čemu govoriš. Probaj to objasniti u kontekstu onog mojeg primjera od jučer, sa genetskim bazenom i dupliranim AAA genom. Ja na to sve gledam kroz prizmu onoga što se događa sa genima kad se dupliciraju i budu izloženi mutacija pošto je to evolucijsko objašnjenje za nastanak novih gena, a ovo tvoje objašnjenje mi nikako ne ulazi u tu prizmu.

Govoriti o evoluciji bez praćenja ekspresije mutacije nema nikakvog smisla. Kako ne mogu slikovito dočarati moguće promjene na navedenom genu, teško ti mogu dati primjer u tim okvirima.

Međutim, ajmo okrenuti ploču - da li se ta mutacija morala dogoditi? Što bi se dogodilo da do nje nije došlo?

[contradiction]

MrBlc kaže:

Pod uvjetom da je ista struktura bila tad kodirana. Ako je u začetcima života struktura bila jednostavnija s 4 aminokiseline i manjim kombinatornim prostorom, pa su kasnije ušle u kombinaciju postepeno i ostale aminokiseline, tada si osnovni prototip mogao dobiti iz daleko manjeg kombinatornog prostora. Samim time imaš početnu točku koja je već funkcionalna, a za koju tvoja matematika ne vrijedi.

Ali kakve veze ti hipotetički scenariji imaju sa biologijom? U biologiji svi organizmi poznati znanosti, od bakterije do čovjeka koriste 20 aminokiselina za izgradnju proteina. Na osnovi tih spoznaja ja napravim matematički proračun, a ti repliciraš - tvoja matematika ne vrijedi zato jer su nekad u prošlosti proteini mogli imati 4 aminokiseline. Da, ako su nekad u prošlosti postojali proteini sa 4 aminokiseline tada moja matematika ne vrijedi za te proteine. Kad bi postojali onda bih morao analizirati funkcionalni i adaptibilni aspekt tih proteina te prilagoditi matematiku u skladu s tim. Nakon takve analize mogli bi govoriti o strukturi kombinatornog prostora i omjeru adaptibilnih i neadaptibilnih mutacija. No ti bez ikakvog znanja o tome kako bi takvi proteini mogli zadovoljiti zahtjeve okoline sugeriraš da 4 aminokiseline automatski znače reduciranje broja potebnih mutacija. To je potpuno neutemeljeno. Ne svejedno, pošto se moja matematika ne bavi hipotetičkim proteinima nego realnim onda ona itekako vrijedi.

Jesi li uopće čitao link koji si dao? Tamo su jasno navedene reference na eksperimente i opservacije na kojima se temelji ta pretpostavka. Čak i ako to nije točno, navedene reference sugeriraju da nije realno očekivati da su sve kombinacije jednako vjerojatne.

Rad sam koristio isključivo kao izvor informaciju o broju mutacija, a ti ako si ga koristio kao izvor za hipotezu o 4 aminokiseline onda moraš obrazložiti nekoliko stvari: kakvi su to eksperimenti i reference, kako brane tezu o postojanju 4 aminokiseline u prošlosti, kako se objašnjava tranzicija sa 4 na 20 aminokiselina uz zadržavanje funkcije proteina, te kakve to veze ima sa matematikom koja se bavi postojećim proteinima od 20 aminokiselina. Teret dokaza je dakle na tebi za tvrdnje koje iznosiš. Moja tvrdnja o broju mutacija je dokazana navođenjem izvora.

Unatoč navedenom članak i dalje računa s najboljim i najgorim slučajem, dok si ti uredno to sve ignorirao, uzeo najgori slučaj kao jedini moguć i koristiš ga kao dokaz. Prilagođavaš dokaze svojoj tvrdnji i onda još imaš obraza nekoga prozivati.

Nije točno. Članak je zbog činjenice nemogućnosti objašnjenja kombinatornog prostora postojećih proteina, postavio hipotezu o proteinima sa 4 aminokiseline. To nije nekakvo računanje sa najboljim i najgorim slučajem nego ad hoc potez koji briše opažanje(20 AA) i na to mjesto stavlja hipotezu(4 AA), a sve kako objasnio problem za teoriju evolucije. Dakle, oni su ti koji prilagođavaju dokaze "svojoj tvrdnji", a ne ja. Ja se rukovodim onim što opažamo u biologiji - svi organizmi, od bakterije do čovjeka koriste 20 aminokiselina za izgradnju proteina.

Ako neki segment vodi u smrt, onda je pojava takvog segment eliminirala sve kombinacije koje sadrže taj segment jer se pojavom tog segmenta prekida daljnje kombiniranje. Ako takvi segmenti nisu rijetkost, to značajno smanjuje kombinatorni prostor.

Gle to je nebitno, jer je procjena broja mutacija(10^43) rađena na pretpostavci da je u vremenskom periodu od 4 milijarde godina 10^30 bakterija opetovanio tražilo nove kombinacije, a tu su ti onda uključene i sve potencijalne izgubljene grane. Za informaciju, u istom radu donja granica raspoloživih mutacijskih resursa koja je rađena sa "reasonable" parametrima je 10^21.

[MrBlc]

Znači, ti tvrdiš da teorija evolucije ne može biti točna jer problem nije kombinatornog prostora nije rješiv, odbijaš dati alternativno objašnjenje, a objašnjenje koje drži vodu i podupiru ga brojne indicije (ako si već dao link, možeš biti barem toliko pošten da ga i sam pročitaš čitavog i s razumijevanjem) odbacuješ kao "uštimano", ali, da ne zaboravimo, pri tom nisi kreacionist?

[Tigarx]

contradiction kaže:

.....

Čim se netko dotakne evolucije odmah ko babe detektori spominju kreacionizam. Skeptik se tu najinteligentnije postavio jer ti možda i nemaš nikakvu skrivenu misao. Bitno je pitanje koje se postavlja i mora postojati odgovor koji bi dao odgovor na pitanje bez obzira na skrivenu misao, iako to zna biti mukotrpno, a na kraju nigdje i ne voditi.

Uglavnom, nisam biolog, gori sam od laika što se tiče biologije i da kršćanin sam da kažem odmah na početku (ne onaj koji podržava young earth kreacionizam).

Tražio bih odgovor na dva pitanja
.
1. Što misliš o ovome tekstu?
http://evolutionfaq.com/articles/probability-life

2. Što misliš o Bartel-Szostakovom eksperimentu? Obično ga neki znanstvenici uzimaju kao dokaz molekularne evolucije.

[contradiction]

MrBlc kaže:

Znači, ti tvrdiš da teorija evolucije ne može biti točna jer problem nije kombinatornog prostora nije rješiv, odbijaš dati alternativno objašnjenje, a objašnjenje koje drži vodu i podupiru ga brojne indicije (ako si već dao link, možeš biti barem toliko pošten da ga i sam pročitaš čitavog i s razumijevanjem) odbacuješ kao "uštimano", ali, da ne zaboravimo, pri tom nisi kreacionist?

Naravno da je uštimano, i to toliko očito da me stvarno čudi kako to ne vidiš.

Autori su u tom članku reducirali problem kombinatornog prostora tako da su kod sa 20 simbola arbitrarno reducirali na kod sa 4 simbola. Tako je kombinatorni prostor niza od 4 simbola reduciran sa 20^4 = 160000 na 4^4 = 256. Međutim, gdje je problem? Kod, koji se odnosi na 3D prostor, kao što je to slučaj u biologiji, nije ništa doli način na koji se izražavaju relacije elemenata (stanica, molekula)u 3D prostoru. Kao su te relacije funkcija okolinskih faktora, a ti faktori su neovisni o kodu koji koristi stanica, manje simbola ne znači ništa drugo nego da se relacije moraju kodirati sa dužim nizom. Kao analogiju možemo usporediti binarni i dekadski brojevni sustav. U binarnom sustavu sa dva simbola moguće je prikazati 4 različita stanja - 00, 11, 01 i 10, a u u dekadskom 100 - 0,1...99. Drugim riječima, kako je kombinatorni prostor prvog je 2 a drugog 100, ako mi iz nekog razloga želimo reducirati kombinatorni prostor pa sa dekadskog prebacimo na binarni sustav mi smo ujedno reducirali i informaciju koju možemo prikazati. Kako informacija uvijek izražava neko stanje iz okoline, a ta okolina se neće promijeniti zbog naše arbitrarne odluke zamjene brojevnog sustava, posljedica toga je nužnost korištenja dužeg niza za izražavanje iste informacije. Zbog toga u binarnom brojevnom sustavu moramo koristiti niz od 7 elemenata za prikaz informacije koja se u dekadskom sustavu može prikazati sa 2 elementa. Tako kombinatorni prostor ustvari nije reduciran nego je povećan - 2^7=128.

Ista stvar je u biologiji. Priroda kojoj se organizam mora prilagoditi se neće promijeniti ako stanica umjesto koda od 4 simbola(aminokiselina) koristi njih 20. Nego, to samo znači da je potreban duži niz aminokiselina da bi se organizam prilagodio istim uvjetima u prirodi.

Tako autori spornog čalnka nisu riješili problem kombinatornog prostora nego su samo ponudili pseudoznanstveno ad hoc opravdanje koje stvara iluziju da problem ne postoji.

Tigarx kaže:

Čim se netko dotakne evolucije odmah ko babe detektori spominju kreacionizam. Skeptik se tu najinteligentnije postavio jer ti možda i nemaš nikakvu skrivenu misao. Bitno je pitanje koje se postavlja i mora postojati odgovor koji bi dao odgovor na pitanje bez obzira na skrivenu misao, iako to zna biti mukotrpno, a na kraju nigdje i ne voditi.

Uglavnom, nisam biolog, gori sam od laika što se tiče biologije i da kršćanin sam da kažem odmah na početku (ne onaj koji podržava young earth kreacionizam).

Tražio bih odgovor na dva pitanja
.
1. Što misliš o ovome tekstu?
http://evolutionfaq.com/articles/probability-life

2. Što misliš o Bartel-Szostakovom eksperimentu? Obično ga neki znanstvenici uzimaju kao dokaz molekularne evolucije.

Nažalost ne mogu odgovarati na ta pitanja jer to nije tema ovog topica. Topic se bavi konkretnim pitanjem, a ne generalnom raspravom o argumentima za i protiv evolucije.

[MrBlc]

Evo ti prvo malo materijala za razmišljanje:
1.) Zašto su u Murchison meteoritu nađene samo 4 aminokiseline
2.) Da li je moguće primitivni život iz limitiranog kombinatornog seta (ograničenog seta aminokiselina uz kraći niz)
3.) Zar nije logično da je razvoj kretao od jednostavnijeg prema složenijem. Daleko je vjerojatnije da je prvi život imao najjednostavniju moguću kombinaciju aminokiselina uz koju je život uopće moguć.
4.) Da li su sve amino kiseline jednako zastupljene? Ako nisu, onda ne možeš tvrditi da su sve kombinacije jednako vjerojatne.


Međutim, usudio bih se reći i da je to nevažno. Ti problem kombinatornog prostora predstavljaš kao ahilovu petu teorije evolucije. Međutim, činjenica je da je evolucija opažena i dokazana. U makroskopskom svijetu imaš glogovu mušicu koja prešla na jabuku i razvila novi fenotip i tako nam pokazala početak specijalizacije i dijeljenja vrste. Onda imaš cvijet koji je donesen u Ameriku i tamo razvio plodni hibrid koji je sad posebna vrsta (plodan je, a spolno je nekompatibilan s izvornim vrstama). Kroz uzgoj životinja imamo dobre primjere funkcioniranja prirodne selekcije i kakvu štetu može napravit izostanak iste (problemi s uzgojem čistokrvnih pasmina). Na bakterijama imaš daleko više opaženih mutacija i drugih mehanizama evolucije.

Dakle, tvoj problem kombinatornog prostora nije dokaz da se evolucija nije dogodila ili da je teorija pogrešna, već upućuje da:
a.) Ili je rezultat nevjerojatnih događaja;
b.) Ili postoji još nešto što ne znamo, a zbog čega je rezultirajuća kombinacija vjerojatnija nego to po tvojoj kalkulaciji ispada.

Ovo pod b.) je jedino s čim znanost može raditi i što se eventualno može testirati ili odbaciti. Navedeni link je iznio jednu hipotezu, te naveo reference koje joj idu u prilog.