Omjer neadaptivnih i adaptivnih mutacija kao Ahilova peta teorije evolucije

[MrBlc]

contradiction kaže:

1) Citirati što konkretno sam ignorirao, u kojem postu i na koji način.

2) Objasni kako sam to uzeo najgori slučaj, ako je činjenica da je "najgori slučaj" broja mutacija 10^21, a ja sam uzeo najbolji slučaj broja mutacija - 10^43. Ako pak misliš na one hipotetičke proteine od 4 aminokiseline, onda to nije najgori slučaj nego nepostojeći slučaj jer u prirodi ne postoje stanice koje koriste 4 aminokiseline za izgradnju proteina.

3) Moraš osporiti moju tvrdnju iz posta #59, gdje sam argumentirao "naštimavanje".

1) Mislim na tvrdnje iz ovog izvora: http://rsif.royalsocietypublishing.o.../5/25/953.full

2) Taj izvor ti daje nekoliko različitih aspekata zbog kojih je tvoja procjena upitna, što ti nazivaš naštimavanjem. Istina je da možda nema dovoljno dokaza za tvrditi da je neki drugi broj točan, ali je dovoljno indicija za ne uzimati broj koji koristiš kao konačan, a pogotovo ne kad ga koristiš kao dokaz nevjerojatnosti (što po samoj logici nije ni dokaz).

3.) Ti u toj tvrdnji pretpostavljaš da informacija potrebna za život ima veličinu koja ti paše, ali ako je život moguć i iz jednostavnije informacije, nju je moguće kodirati manjim kombinatornim prostorom. Takvih primjera imaš i danas: https://academic.oup.com/gbe/article...-and-Evolution


Ti se i dalje pozivaš na jedan gen i tvrdiš da je on nastajao iz nule. Međutim, on je nastao iz nekog drugog gena, pa je potreban broj mutacija značajno manji (jer treba pokriti samo razliku).

Od pojave najjednostavnijeg oblika života, taj oblik se nadograđivao, što znači da je za svaki korak bila potrebna znatno manja mutacija, a to znači i znatno veću vjerojatnost. Najveću vjerojatnost za pojavu prvog oblika života je imala najjednostavnija kombinacija u kojoj je sudjelovao minimalan potreban broj amino kiselina i minimalna duljina lanca koja može dati živi organizam. Samim time je u startu bio ograničen kombinatorni prostor koji se poslije širio, a u tom širenju nisu sve kombinacije jednako vjerojatne, već su vjerojatnije one koje traže manju promjenu u odnosu na prethodnu generaciju.

[contradiction]

bolid74 kaže:

Ja ti dokazujem kako priroda funkcionira vrlo iscrpnim tekstovima koje u principu ne komentiraš, a ne kružnim argumentima. Kačiš se za neke djeliće na kojima možeš raspaliti neku debatersku taktiku.

Već sam više puta i na razne načine objasnio nastanak adaptacije tako da se nizovi (aminokiselina, nukleotida) mijenjaju u malim koracima u slične proizvode, što vodi u veliku bazu rješenja za mnoge ekološke niše. Ako pak dođe situacija da rješenje nije dostupno, vrsta izumire. U prirodi se dešava i jedno i drugo. To nije kružni argument.

Uglavnom, ako se adaptacija dogodi, odgovor KAKO se adaptacija dogodila je pokriveno vrlo iscrpnom literaturom, od koje sam ti ciljano odabrao najsimpatičniji primjer ribice iz hladnih voda, zato jer je to gen koji iznenada dobija novu funkciju, nešto što je nemoguće prema tvojoj matematici. Drugo si možeš tražiti sam, ako te zanima.

Nakon toga, kad smo se obogatili znanjem, postaje jasno da sa tvojom matematikom nešto ne štima, jer se mutacije stalno dešavaju i literatura je prepuna primjena kako se geni mijenjaju raznim mutacijama. Prema ciframa kojima se razbacuješ, to se ne bi smjelo dešavati nikada. Ja sa nestrpljenjem čekam da nas prestaneš zajebavati i da nam jasno kažeš rješenje tog paradoksa. Bog?

Moje rješenje je da tvoja matematika vrijedi samo za pretvorbu proizvoda 1 u 10 u jednom skoku, međutim priroda ide iz 1 u 2, 2 u 3 i tako do 10. To je daleko vjerojatnije nego da odmah dobijemo 10.

Iako opet ništa konkretno nisi rekao, fokusirat ću se na tvoju zadnju rečenicu: "priroda ide iz 1 u 2, 2 u 3 i tako do 10."

Već sam sponenuo u raspravi da svaki korak u evoluciji započinje nekakvim dupliciranom genetskom materijalu. Pa tako, kad priroda ide iz 1 u 2, taj put je ustvari traženje adaptibilne kombinacije nukleotida na tom dupliciranom genetskom materijalu. A kod takvog traženja opet se javlja omjer neadaptibilnih i adaptibilnih mutacija. Dakle, sa tim hipotetičkim koracima se ne riješava apsolutno ništa ako se ne odredi koliko je velik taj duplicirani genetski materijal koji prestavlja jedan korak u evoluciji. Uz najpovoljniju pretpostavku da je jedan gen jedan korak i da taj gen kodira protein, uz posječnu veličinu eukariotskog proteina od 400 aminokiselina, dobivamo da je prosječni korak puno veći od "koraka" iz mojeg uvodnog primjera odn. lamda represora koji se sastoji od 92 aminokiseline. Kao veći kombinatorni prostor znaći i povećanje omjera neadaptibilnih i adaptibilnih mutacija ispada da je tvoje pozivanje na korake, ustvari još gore za tvoju poziciju.

bolid74 kaže:

Fascinantno kako si briljantno shvatio besmislicu očekivanja rođenja osobe s tvojim DNA nakon 200 godina, a istovremeno nisi u stanju shvatiti da je stvar ista i sa evolucijom.

Evo, koristeći tvoju logiku mogu konstatirati:

Ako je priroda konstruirala tebe, onda je kombinacija tvojih nukleotida parametar "m", a sve moguće kombinacije parametar "n" i lako se može izračunati vjerojatnost NAKON događaja (hint: jako mala. Usudio bih se pretpostaviti da je puno manja od nekog proteina od stotinjak aminokiselina).

Sad budi ljubazan pa mi objasni kako tvoj odlomak ima smisla, a moj nema?

Još ne kužiš kako?

Pa tako što je moj instanca stvarnosti, a tvoj mašte.

Ti nemaš nikakvu referencu u stvarnosti iz koje možeš odrediti "m", prije nego se događaj dogodio(moje rođenje). Drugim riječima, nije postojalo nikakvo očekivanje o događaju odn. mojem rođenju prije mojeg rođenja. U evoluciji, priroda kojoj se organizam mora prilagoditi pak je postojala prije nego se događaj(prilagodba) realizirala, što znači da je takvo očekivanje postojalo.

Pošto je vjerojatnost u stvari mjera tog očekivanja, ja mogu govoriti o vjerojatnosti, a ti ne. Naravno, u mašti, ti možeš zamisliti da je očekivanje mene sa određenom kombinacijom DNK postojalo prije nego sam se ja rodio(staviti "m" u formulu), pa teorijski izračunati vjerojatnost. No to onda nije instanca stvarnosti, nego mašte.

[MrBlc]

contradiction kaže:

Već sam sponenuo u raspravi da svaki korak u evoluciji započinje nekakvim dupliciranom genetskom materijalu. Pa tako, kad priroda ide iz 1 u 2, taj put je ustvari traženje adaptibilne kombinacije nukleotida na tom dupliciranom genetskom materijalu. A kod takvog traženja opet se javlja omjer neadaptibilnih i adaptibilnih mutacija. Dakle, sa tim hipotetičkim koracima se ne riješava apsolutno ništa ako se ne odredi koliko je velik taj duplicirani genetski materijal koji prestavlja jedan korak u evoluciji. Uz najpovoljniju pretpostavku da je jedan gen jedan korak i da taj gen kodira protein, uz posječnu veličinu eukariotskog proteina od 400 aminokiselina, dobivamo da je prosječni korak puno veći od "koraka" iz mojeg uvodnog primjera odn. lamda represora koji se sastoji od 92 aminokiseline. Kao veći kombinatorni prostor znaći i povećanje omjera neadaptibilnih i adaptibilnih mutacija ispada da je tvoje pozivanje na korake, ustvari još gore za tvoju poziciju.

1.) Prvo, dupliciranje gena je metoda kojom se javlja različit broj gena. Pretpostavka da će duplicirani gen nužno dobiti neku korisnu funkciju je izvađena iz dupeta. Sreća je kad duplicirani gen ne uzrokuje neki problem zbog kojeg će ta mutacija ispasti iz bazena.

2.) Mutacije su daleko češće kao greške unutar samog gena. Te greške se događaju na već formiranom genu, a tu nije bitno samo koliki je niz, već i kolika je razlika između dva niza. Ako je potrebna mutacija na 5 pozicija da bi se dobila nova karakteristika, onda je to daleko vjerojatniji slučaj od situacije kad je potrebna mutacija na 150 pozicija.

3.) Već i sam link koji si dao, koji opisuje lambda represor kaže da nisu sve aminokiseline moguće ili jednako vjerojatne na svim pozicijama, znači da i tu radiš grešku u izračunu broja mogućih varijacija.

contradiction kaže:

Ti nemaš nikakvu referencu u stvarnosti iz koje možeš odrediti "m", prije nego se događaj dogodio(moje rođenje). Drugim riječima, nije postojalo nikakvo očekivanje o događaju odn. mojem rođenju prije mojeg rođenja.

Znači, tvoj argument je da to ne možeš tako gledati jer ne možeš točno izračunati, dok istovremeno barataš sa slobodnim procjenama u svojim proračunima. Činjenica da ne možemo odrediti "m" ne mijenja činjenicu da on ipak postoji i da je intuitivno jasno da je jako ekstremno malen.

[contradiction]

MrBlc kaže:

1) Mislim na tvrdnje iz ovog izvora: http://rsif.royalsocietypublishing.o.../5/25/953.full

2) Taj izvor ti daje nekoliko različitih aspekata zbog kojih je tvoja procjena upitna, što ti nazivaš naštimavanjem. Istina je da možda nema dovoljno dokaza za tvrditi da je neki drugi broj točan, ali je dovoljno indicija za ne uzimati broj koji koristiš kao konačan, a pogotovo ne kad ga koristiš kao dokaz nevjerojatnosti (što po samoj logici nije ni dokaz).

Onda je to pitanje stupnja jakosti dokaza, a ne njegovog postojanja i nepostojanja. Dokaz ne bi postojao kad bih ja iz glave bunuo nekakvu brojku bez da dam iakve reference odn. postupak kako sam do njega došao. Ovdje pak se radi o postojanju dokaza te možemo eventualno govoriti o stupnju njegove snage.

3.) Ti u toj tvrdnji pretpostavljaš da informacija potrebna za život ima veličinu koja ti paše, ali ako je život moguć i iz jednostavnije informacije, nju je moguće kodirati manjim kombinatornim prostorom. Takvih primjera imaš i danas: https://academic.oup.com/gbe/article...-and-Evolution

Ne veličinu koja mi paše nego onu koju vidim u biologiji. Ako pak ćemo govoriti o hipotetičikm organizmima sa 4 aminokiseline, koji su mogli postojati davno u prošlosti, a gdje niz od 100 aminokiselina ima kombinatornu prostor 10^60, onda ćemo promijeniti parametre, primjerice onaj o broju mutacija(10^43), pošto se ukupan broj mutacija u povijesti evolucije ne može koristiti za neki uski period postojanja stanica koje su koristile 4 aminokiseline za izgradnju proteina. Pošto takve proteine nemamo kod živih organizama, i nitko nije istražio omjer, kao kod primjera sa lambda represorom, ti ustvari od mene tražiš nemoguće - da radim proračune na nečemu što ne postoji. To je dokaz da ti u stvari ne tražiš ozbiljnu diskusiju, nego samo tražiš neki izgovor kako bi sakrio slabost svoje pozicije u raspravi.

Ti se i dalje pozivaš na jedan gen i tvrdiš da je on nastajao iz nule. Međutim, on je nastao iz nekog drugog gena, pa je potreban broj mutacija značajno manji (jer treba pokriti samo razliku).

Od pojave najjednostavnijeg oblika života, taj oblik se nadograđivao, što znači da je za svaki korak bila potrebna znatno manja mutacija, a to znači i znatno veću vjerojatnost. Najveću vjerojatnost za pojavu prvog oblika života je imala najjednostavnija kombinacija u kojoj je sudjelovao minimalan potreban broj amino kiselina i minimalna duljina lanca koja može dati živi organizam. Samim time je u startu bio ograničen kombinatorni prostor koji se poslije širio, a u tom širenju nisu sve kombinacije jednako vjerojatne, već su vjerojatnije one koje traže manju promjenu u odnosu na prethodnu generaciju.

Ovo što si sad sugerirao, da gen NE nastaje od nule nego od drugog funkcionalnog gena je temeljna i najčešća greška koja se koristi kad se objašnjava evolucija, a utemeljena je na implicitnoj pretpostavci da evolucija ima ljudska svojstva te da posjeduje sposobnost usmjerenog djelovanja.

Većina ljudi koje sam sreo ili čitao, kad objašnjavaju evoluciju oni na njeno djelovanje gledaju iz perspektive djelovanja čovjeka. Recimo da vlasnik kuće mora popraviti rupu na fasadi. Pošto čovjek posjeduje mogućnost stvaranja mentalnih slika, iz kojih zbog svojih kognitivnih i motoričkih sposobnosti može usmjereno djelovati, vlasnik zna gdje se rupa nalazi i na koji način će je sanirati. Takvo ljudsko djelovanje mnogi onda projiciraju na evoluciju.

Primjerice, ako imamo funkcionalni protein koji se duplicira, sve što evolucija mora napraviti je dodati dio polipeptidnog lanca i transformirati ga u novu funkcionalnu adaptaciju, što će rezultirati novom domenom proteina. Na toj premisi leže objašnjenja evolucije proteina - proteini sa mnogo domena nastali su nadogradnjom postojećih. Nažalost, takva objašnjenja pretpostavljaju da je evolucija inteligentna i djeluje usmjereno poput čovjeka. Pogledajmo zašto.

Neka je ovaj niz aminokiselina: "ATGTGTCGACGTGCACGT" informacija postojećeg funkcionalnog proteina, a CCCCAAA informacija polipeptidnog lanca koji će, nakon što se transformira u adaptaciju, postati nova domena starog proteina. Dakle postupak adaptacije kreće od ovoga: "ATGTGTCGACGTGCACGT-CCCCAAA". Pitanje: što će se u stvarnosti događati sa ovom kopijom koja se mora adaptirati na neku okolinu i postati novi protein?

Hoće li se mutacije raditi po narudžbi i usmjereno pogađati samo novododani lanac - CCCCAAA? Ne. Mutacije će se događati linearno po cijelom nizu - ATGTGTCGACGTGCACGT-CCCCAAA. To je priroda mutacija, one "ne znaju" da nešto evoluira, a da je potrebna nova adaptacija i da se organizam mora prilagoditi ako želi prenijeti svoje gene. Mutacije se događaju po prirodi slučajnog događaja i nije ih "briga" koji niz nukleotide će promijeniti.
Pošto je omjer neadaptibilnih i adaptibilnih mutacija za CCCCAAA velik, potrebno je puno mutacija. No tih puno mutacija će statistički pogoditi i prethodno funkcionalni niz - ATGTGTCGACGTGCACGT i nakon određenog vremena on će se zamijeniti sa nasumičnim(junk) nizom koji više ne sadrži funkcionalnu informaciju za protein i time evolucija mora krenuti od - NULE.

Objašnjenja evolucije pak implicitno pretpostavljaju da će se mutacije samo događati na dodanom lancu i baš poput vlasnika kuće iz početka priče, usmjerenim djelovanjem dovesti taj lanac u ono što je potrebno - novu funkcionalnu adaptaciju uz zadržavanje postojećeg funkcionalnog proteina. Nažalost to nije stvarnost, evolucija nema svojstva čovjeka i ne djeluje usmjereno. Evolucija bi nasumično nabacala mort po cijeloj kući i u tom postupku, možda bi mortom pohodila rupu(nova adaptacija), ali bi isto uništila ostatak kuće(stari protein).

Zato je evolucija u očima ljudi svemoguća, zato ona može stvoriti bilo kakvu kompleksnost kakvu zamislimo, zato ona optimizira, prilagođava, traži rješenja... - zato jer joj ljudi pridaju ljudska svojstva. No, da paradoks bude veći - ti inteligentni ljudi nisu sposobni iz skupa aminokiselina sami sastaviti jedan jedini protein, no evolucija je toliko "sposobna" i "inteligentna" da joj je potrebno dodijeliti svojstva "nesposobnih " ljudi kako bi objasnili svu složenost žive prirode koju je ona stvorila.

[MrBlc]

contradiction kaže:

Onda je to pitanje stupnja jakosti dokaza, a ne njegovog postojanja i nepostojanja. Dokaz ne bi postojao kad bih ja iz glave bunuo nekakvu brojku bez da dam iakve reference odn. postupak kako sam do njega došao. Ovdje pak se radi o postojanju dokaza te možemo eventualno govoriti o stupnju njegove snage.

Tebi se daljnji razvoj teze temelji na pretpostavci da je to jedina mogućnost, a za takav razvoj teze ti treba iznimno jak dokaz kojeg pak nemaš.

contradiction kaže:

Ne veličinu koja mi paše nego onu koju vidim u biologiji. Ako pak ćemo govoriti o hipotetičikm organizmima sa 4 aminokiseline, koji su mogli postojati davno u prošlosti, a gdje niz od 100 aminokiselina ima kombinatornu prostor 10^60, onda ćemo promijeniti parametre, primjerice onaj o broju mutacija(10^43), pošto se ukupan broj mutacija u povijesti evolucije ne može koristiti za neki uski period postojanja stanica koje su koristile 4 aminokiseline za izgradnju proteina. Pošto takve proteine nemamo kod živih organizama, i nitko nije istražio omjer, kao kod primjera sa lambda represorom, ti ustvari od mene tražiš nemoguće - da radim proračune na nečemu što ne postoji.

Tvoj izračun se onda može primjeniti za mutacije od postojećeg stanja na novo stanje, pod uvjetom da su sve mutacije jednako vjerojatne (a jedan od tvojih izvora tvrdi da nisu). Međutim, za gledati vjerojatnost od početka do danas nemaš dovoljno podataka.

contradiction kaže:

To je dokaz da ti u stvari ne tražiš ozbiljnu diskusiju, nego samo tražiš neki izgovor kako bi sakrio slabost svoje pozicije u raspravi.

Koliko ozbiljna može biti diskusija u kojoj ti nešto tvrdiš na osnovu podataka kojih nemaš niti sa sigurnošću možeš utvrditi?

contradiction kaže:

... Nažalost, takva objašnjenja pretpostavljaju da je evolucija inteligentna i djeluje usmjereno poput čovjeka.

Vidiš, tu se ne slažemo, već upravo tvoje fraze da "ekološka niša nešto traži" upućuju na takvo shvaćanje.

contradiction kaže:

Hoće li se mutacije raditi po narudžbi i usmjereno pogađati samo novododani lanac - CCCCAAA? Ne. Mutacije će se događati linearno po cijelom nizu - ATGTGTCGACGTGCACGT-CCCCAAA.

Naravno da hoće, ali

contradiction kaže:

Pošto je omjer neadaptibilnih i adaptibilnih mutacija za CCCCAAA velik, potrebno je puno mutacija. No tih puno mutacija će statistički pogoditi i prethodno funkcionalni niz - ATGTGTCGACGTGCACGT i nakon određenog vremena on će se zamijeniti sa nasumičnim(junk) nizom koji više ne sadrži funkcionalnu informaciju za protein i time evolucija mora krenuti od - NULE.

tu griješiš - ako niz ATGTGTCGACGTGCACGT već definira neku korisnu karakteristiku, čim se ona izgubi, ako se ne stvori nova, ta mutacija se ne prenosi dalje jer je organizam izgubio prilagodbu.

Ako ATGTGTCGACGTGCACGT ne definira korisnu karakteristiku, bilo koja mutacija koja kreira štetu karakteristiku se neće prenositi dalje.

Time se broj mogućih mutacija u svakoj generaciji limitira jer samo one pri kojima se ne gubi korisna karakteristika i ne dobija štetna karakteristika idu dalje u grananje.

Dodatno, dok ne postoji adaptivna mutacija ili ne dođe do drastične promjene okoline, originalni niz ATGTGTCGACGTGCACGT se vjerojatno neće izgubiti jer u svakoj generaciji imaš više ili manje potomaka bez mutacije. Svaki od tih potomaka ima svoje potomke od kojih opet neki imaju mutaciju koja ide u svom smjeru.

[vamvam]

contradiction kaže:

Zato je evolucija u očima ljudi svemoguća, zato ona može stvoriti bilo kakvu kompleksnost kakvu zamislimo, zato ona optimizira, prilagođava, traži rješenja... - zato jer joj ljudi pridaju ljudska svojstva. No, da paradoks bude veći - ti inteligentni ljudi nisu sposobni iz skupa aminokiselina sami sastaviti jedan jedini protein, no evolucija je toliko "sposobna" i "inteligentna" da joj je potrebno dodijeliti svojstva "nesposobnih " ljudi kako bi objasnili svu složenost žive prirode koju je ona stvorila.

Činjenica jest da mi postojimo i da smo trebali nekako nastati. Proces našeg nastanka se zove evolucija. Ako ti misliš da se evolucija ne odvija onako kako to svi misle, znači da misliš da se to desilo nekako drugačije. Jel imaš neku teoriju o tome kako se to desilo?

[MrBlc]

U prošlom postu sam ti objasnio zašto korištena matematika nije primjenjiva za konkretni slučaj i zašto ne možeš sa sigurnošću tvrditi da su ti početne premise sigurno točne (a bez izvjesne sigurnosti ti dalje sve pada u vodu).

U ovom ću se koncentrirati na drugu stvar preko primjera lota.

Tu se nalazi arhiva izvlačenja eurojackpota u 2016.: https://www.lutrija.hr/cms/fgs.axd?id=87725

Vjerojatnost da bude izvučen točno taj niz kombinacije je 1,25 * 10^-423 i taj događaj se 2016. dogodio.

Vjerojatnost izvlačenja jedne kombinacije je: 1,05 * 10^-8. Ako promatraš jednu kombinaciju u jednom izvlačenju, vjerojatnost dobitka je jako mala. Vjerojatnost dobitnog listića je taj broj * broj kombinacija na listiću. Međutim, ako uzmeš u obzir broj ukupno uplaćenih kombinacija na svim listićima prema podacima za 2016, dobijaš sljedeće podatke:

Prosječno očekivanje dobitka po izvlačenju: 0,193280222
Minimalno očekivanje dobitka po izvlačenju: 0,122709551
Maksimalno očekivanje dobitka po izvlačenju: 0,419270569

Očekivanje dobitaka na razini čitave godine: 10,24385177
Stvarni broj dobitaka na razini čitave godine: 9

S obzirom da imamo broj izvlačenja i broj uplaćenih listića, imamo dovoljno podataka za testirati tezu da izvlačenja nisu namještena, odnosno, da je ova razlika od 1,24385177 rezultat veličine uzorka, a ne namještenog izvlačenja.


Uz pretpostavku da su ti sve brojke točne (u ovom postu se uopće neću time baviti), ti u ovom slučaju imaš broj kombinacija na listiću kojeg je uplatio λ-represor i vjerojatnost izvlačenja tog listića. Međutim, za donijeti bilo kakav suvisli zaključak o evoluciji, ti bi trebao znati ukupan broj kombinacija koje bi u datoj situaciji organizmu donijele bilo kakvo poboljšanje, a to nemaš. Stvaranje λ-represora je samo jedan od mogućih rezultata procesa, a koji su svi mogući rezultati i s koliko ih je kombinacija moguće izraziti vjerojatno nikad nećemo saznati.

[toxde]

toxde kaže:

npr. Hinton G.E., Nowlan S.J., 1987. How learning can guide evolution (pdf)

Cairns, J; Overbaugh, J; Miller, S (1988). "The origin of mutants" (pdf)

Eugene V Koonin, Yuri I Wolf (2009) "Is evolution Darwinian or/and Lamarckian?"

[contradiction]

MrBlc kaže:

Tebi se daljnji razvoj teze temelji na pretpostavci da je to jedina mogućnost, a za takav razvoj teze ti treba iznimno jak dokaz kojeg pak nemaš.



Tvoj izračun se onda može primjeniti za mutacije od postojećeg stanja na novo stanje, pod uvjetom da su sve mutacije jednako vjerojatne (a jedan od tvojih izvora tvrdi da nisu). Međutim, za gledati vjerojatnost od početka do danas nemaš dovoljno podataka.



Koliko ozbiljna može biti diskusija u kojoj ti nešto tvrdiš na osnovu podataka kojih nemaš niti sa sigurnošću možeš utvrditi?



Vidiš, tu se ne slažemo, već upravo tvoje fraze da "ekološka niša nešto traži" upućuju na takvo shvaćanje.

Tvoj diskurs je toliko apstraktan da ja u stvari više ne znam čemu ti uopće oponiraš. Zakačio si se za λ-represor i broj mutacija kao pitbul i ne puštaš, što je trgikomično ako λ-represor usporedimo sa ostatkom bioloških struktura.

Dakle, λ-represor je samo jedan od tisuće i tisuće specifičnih bioloških struktura, koji je funkcionalno prilično jednostavan ako ga usporedimo sa srčanim mišićem ili procesom koji mora prepoznati i reorganizirati intronsko-egzonsku strukturu genoma. S obzirom na to, omjer neadaptivnih i adaptivnih mutacija od 10^63 je zanemariv u usporedbi sa omjerom za složene biološke strukture. Primjerice proces RNK prekrajanja se ne može razviti korak po korak jer stanica ili može maknuti introne i spojiti engzone ili ne može, te cijeli proces mora funkcionirati istovremeno. To pak znači da se omjeri za proteine koji sudjeluje u tom procesu ne zbrajaju nego množe. Uz pretpostavku sličnog omjera kao kod λ-represora i činjenice da se proces RNK prekrajanja sastoji od dvjestotinjak proteina dolazimo do omjera od 10^12.600. Kako ti uz taj omjer izgleda cijepanje dlake kod λ-represora zbog omjera 10^63 ili broja mutacija zbog procjene od 10^43 mutacija? Tragikomično, zar ne? I meni također.

tu griješiš - ako niz ATGTGTCGACGTGCACGT već definira neku korisnu karakteristiku, čim se ona izgubi, ako se ne stvori nova, ta mutacija se ne prenosi dalje jer je organizam izgubio prilagodbu.

Ako ATGTGTCGACGTGCACGT ne definira korisnu karakteristiku, bilo koja mutacija koja kreira štetu karakteristiku se neće prenositi dalje.

Time se broj mogućih mutacija u svakoj generaciji limitira jer samo one pri kojima se ne gubi korisna karakteristika i ne dobija štetna karakteristika idu dalje u grananje.

Dodatno, dok ne postoji adaptivna mutacija ili ne dođe do drastične promjene okoline, originalni niz ATGTGTCGACGTGCACGT se vjerojatno neće izgubiti jer u svakoj generaciji imaš više ili manje potomaka bez mutacije. Svaki od tih potomaka ima svoje potomke od kojih opet neki imaju mutaciju koja ide u svom smjeru.

Time nisi riješio problem nego si pretpostavio nešto što vodi do izumiranja populacije odn. gubitka svih prethodno korisnih karakteristika. To slijedi iz činjenice rijetkosti mutacija koje se prenose na potomke, kod čovjeka je to primjerice 100-200 mutacija po genomu. Kod E-coli 0.001. S obzirom na takvu rijetkost mutacija i nepovoljan omjer neadaptivnih i adaptivnih mutacija potreban je enorman broj mutacija po cijelom genomu da bi se neka specifična regija genoma na kojoj se nalazi duplirani gen transformirala u korisnu adaptaciju. Ako je za pretvaranje nekog "ne-λ-represor" u λ-represor gen potrebno 10^63 mutacija na regiji dužine 270 nukleotida, to statistički znači da sve regije genoma te dužine moraju primiti otprilike toliko mutacija čime bi se izbrisale gotovo sve biološke funkcije kodirane u genomu. Tako bi na svakom "pokušaju" modificiranja CCCCAAA iz genetskog bazena izbacio genome koji su po statističkoj nužnosti modificirali i ATGTGTCGACGTGCACGT. To je naravno nerealno i zato ostaje ono što sam rekao - pretvaranje prethodne funkcije - ATGTGTCGACGTGCACGT u junk niz i kretanje evolucije od NULE.

Kao što vidiš, nemoguće je retoričkim spinovima promijeniti činjenicu da evolucija ne djeluje usmjereno, što je karakteristika koju joj ljudi daju kad objašnjavaju njene sposobnosti.

MrBlc kaže:

U prošlom postu sam ti objasnio zašto korištena matematika nije primjenjiva za konkretni slučaj i zašto ne možeš sa sigurnošću tvrditi da su ti početne premise sigurno točne (a bez izvjesne sigurnosti ti dalje sve pada u vodu).

U ovom ću se koncentrirati na drugu stvar preko primjera lota.

Tu se nalazi arhiva izvlačenja eurojackpota u 2016.: https://www.lutrija.hr/cms/fgs.axd?id=87725

Vjerojatnost da bude izvučen točno taj niz kombinacije je 1,25 * 10^-423 i taj događaj se 2016. dogodio.

Vjerojatnost izvlačenja jedne kombinacije je: 1,05 * 10^-8. Ako promatraš jednu kombinaciju u jednom izvlačenju, vjerojatnost dobitka je jako mala. Vjerojatnost dobitnog listića je taj broj * broj kombinacija na listiću. Međutim, ako uzmeš u obzir broj ukupno uplaćenih kombinacija na svim listićima prema podacima za 2016, dobijaš sljedeće podatke:

Prosječno očekivanje dobitka po izvlačenju: 0,193280222
Minimalno očekivanje dobitka po izvlačenju: 0,122709551
Maksimalno očekivanje dobitka po izvlačenju: 0,419270569

Očekivanje dobitaka na razini čitave godine: 10,24385177
Stvarni broj dobitaka na razini čitave godine: 9

S obzirom da imamo broj izvlačenja i broj uplaćenih listića, imamo dovoljno podataka za testirati tezu da izvlačenja nisu namještena, odnosno, da je ova razlika od 1,24385177 rezultat veličine uzorka, a ne namještenog izvlačenja.


Uz pretpostavku da su ti sve brojke točne (u ovom postu se uopće neću time baviti), ti u ovom slučaju imaš broj kombinacija na listiću kojeg je uplatio λ-represor i vjerojatnost izvlačenja tog listića. Međutim, za donijeti bilo kakav suvisli zaključak o evoluciji, ti bi trebao znati ukupan broj kombinacija koje bi u datoj situaciji organizmu donijele bilo kakvo poboljšanje, a to nemaš. Stvaranje λ-represora je samo jedan od mogućih rezultata procesa, a koji su svi mogući rezultati i s koliko ih je kombinacija moguće izraziti vjerojatno nikad nećemo saznati.

To što si sad napravio nije vjerojatnost, nego mašta može svašta.

U stvarnosti je vjerojatnost mjera očekivanja ishoda prije realizacije događaja, a ne puko računanje. Kako u stvarnosti ne postoji ništa iz čega bi se moglo odrediti da je na početku 2016. god. postojalo očekivanje brojeva koji će se izvući na lotu u sljedećih godinu dana, to što si izračunao nije vjerojatnost, nego kakva bi vjerojatnost bila da je netko na početku 2016. godine ispisao takve brojeve.

Uspoređivati to s evolucijom je besmisleno jer u evoluciji okolina kojoj se organizam mora prilagoditi, određuje očekivanje adaptibilne kombinacije nukleotida prije realizacije adaptacije. No sve sam to već objasnio jučer.

[MrBlc]

contradiction kaže:

Tvoj diskurs je toliko apstraktan da ja u stvari više ne znam čemu ti uopće oponiraš. Zakačio si se za λ-represor i broj mutacija kao pitbul i ne puštaš, što je trgikomično ako λ-represor usporedimo sa ostatkom bioloških struktura.

Iz tvojih odgovora je jasno da ti nije jasno čemu oponiram, već da odgovaraš na vlastitu predodžbu, a ne na ono što sam stvarno napisao.

Nisam se ja zakačio za λ-represor, već si ti na njemu inzistirao kao na primjeru za kojeg si dao brojke.

contradiction kaže:

Primjerice proces RNK prekrajanja se ne može razviti korak po korak jer stanica ili može maknuti introne i spojiti engzone ili ne može, te cijeli proces mora funkcionirati istovremeno.

To vrijedi samo ako dođe do nagle primjene staništa, a već ne postoji navedeni gen. Ako je negdje u populaciji već jedinka kojoj je taj, u starim uvjetima beznačajan, gen već ranije slučajno nastao, ta jedinka i njeni potomci nadvladavaju ostale.

Međutim, u generalnom slučaju to ne vrijedi. Prilagodba se može javiti ili ne javiti. Ako se javi, super, ako se ne javi, sve ostaje po starom. Dok je sve po starom, gen može mutirati i te mutacije se zadržavaju u genetskom bazenu ako nisu štetne, a ako se pojavi korisna, onda jedinke koje je nose nadvladaju ostale.

contradiction kaže:

Time nisi riješio problem nego si pretpostavio nešto što vodi do izumiranja populacije odn. gubitka svih prethodno korisnih karakteristika.

Ako moj brat ima mutaciju (koju nije naslijedio od roditelja, već se izvorno javila kod njega) koja uzrokuje razvoj raka i smrt prije spolne zrelosti, kako to umanjuje sposobnost moje djece da prežive? To je dio koji uporno pretpostavljaš, a nema nikakve biološke ni logičke osnove. Ako moj brat ima mutaciju, njegova grana familije će ili izumrijeti ili profitirati, a moja i dalje nosi izvorni gen.

contradiction kaže:

Kao što vidiš, nemoguće je retoričkim spinovima promijeniti činjenicu da evolucija ne djeluje usmjereno, što je karakteristika koju joj ljudi daju kad objašnjavaju njene sposobnosti.

Ti uporno oponiraš nečemu što nitko na ovoj temi ne tvrdi!

contradiction kaže:

U stvarnosti je vjerojatnost mjera očekivanja ishoda prije realizacije događaja, a ne puko računanje. Kako u stvarnosti ne postoji ništa iz čega bi se moglo odrediti da je na početku 2016. god. postojalo očekivanje brojeva koji će se izvući na lotu u sljedećih godinu dana, to što si izračunao nije vjerojatnost, nego kakva bi vjerojatnost bila da je netko na početku 2016. godine ispisao takve brojeve.

Uspoređivati to s evolucijom je besmisleno jer u evoluciji okolina kojoj se organizam mora prilagoditi, određuje očekivanje adaptibilne kombinacije nukleotida prije realizacije adaptacije. No sve sam to već objasnio jučer.

Isto tako, tvoj izračun za λ-represor je izračun kakva bi bila vjerojatnost da je netko prije nego je λ-represor postojao rekao da će se pojaviti baš takva prilagodba, a ne očekivanje da će se organizam uspjeti prilagoditi novim okolnostima bilo kojom pozitivnom prilagodbom.

Ja ti uporno pokušavam objasniti da prilagodbe koje su se dogodile nisu jedine prilagodbe koje su se mogle dogoditi. Da bi se evolucija dogodila, potreban je u tom trenutku barem jedan pozitivni ishod, a ne točno onaj ishod kojeg ti promatraš.

Zato sam ti i dao usporedbu s eurojackpotom. Očekivanje dobitka jedne kombinacije je jako malo, ali ako je uplaćen velik broj kombinacija (velik broj mogućih pozitivnih karakteristika u danim okolnostima), onda očekivanje barem jednog dobitka značajno raste.

Da bi mogao testirati tezu da li je evolucija nasumična, ti trebaš znati i sve druge ishode koji bi također rezultirali prilagodbom (primjerice, karikirano, žirafi su mogle rasti noge, mogla joj se probava prilagoditi drugoj vrsti hrane, mogle su joj narasti kljove da kopa korijenje i slično), te znati vjerojatnost svih tih prilagodbi.

[bolid74]

contradiction kaže:

Iako opet ništa konkretno nisi rekao, fokusirat ću se na tvoju zadnju rečenicu: "priroda ide iz 1 u 2, 2 u 3 i tako do 10."
Već sam sponenuo u raspravi da svaki korak u evoluciji započinje nekakvim dupliciranom genetskom materijalu. Pa tako, kad priroda ide iz 1 u 2, taj put je ustvari traženje adaptibilne kombinacije nukleotida na tom dupliciranom genetskom materijalu. A kod takvog traženja opet se javlja omjer neadaptibilnih i adaptibilnih mutacija. Dakle, sa tim hipotetičkim koracima se ne riješava apsolutno ništa ako se ne odredi koliko je velik taj duplicirani genetski materijal koji prestavlja jedan korak u evoluciji. Uz najpovoljniju pretpostavku da je jedan gen jedan korak i da taj gen kodira protein, uz posječnu veličinu eukariotskog proteina od 400 aminokiselina, dobivamo da je prosječni korak puno veći od "koraka" iz mojeg uvodnog primjera odn. lamda represora koji se sastoji od 92 aminokiseline. Kao veći kombinatorni prostor znaći i povećanje omjera neadaptibilnih i adaptibilnih mutacija ispada da je tvoje pozivanje na korake, ustvari još gore za tvoju poziciju.

Tvoja predodžba o evoluciji koja striktno zahtijeva duplikaciju i onda postepene mutacije vuče korijen vjerojatno iz neo-darwinizma iz 50tih, koji je za evoluciju otprilike isto što i Newton za fiziku. Ok za objasniti seljaku kako selektivno uzgajati krave za što više mlijeka, ali kada u igru uđe genetika i biokemija, to postaje nedovoljno. Ovo tvoje objašnjenje je stoga prikladno za osmoškolsku biologiju. To je zapravo toliko pojednostavljeno da je skoro pa krivo.

U stvarnosti pak se organizmi grade na način da nakon oplođivanja jajne stanice uslijedi jedan kompleksni niz paljenja i gašenja regulatornih gena koji stvaraju / kontroliraju određene proteine, koji pak svojom prisutnošću i/ili aktivnošću potiču stanice na rast, ovisno gdje su u zametku. Na primjer, prisutnost određenog proteina će izazvati rast zubiju u gmaza, ili zadnjih udova u dupina. Stoga da bi gmaz pretvorio zubatu gubicu u kljun, bilo kakva mutacija koja će spriječiti stvaranje dotičnog proteina u embrionalnoj fazi je dobra. Nije potrebna "AAA umjesto CCC" na točno određenoj lokaciji.

Također treba imati na umu da je ono što bi laički nazvao "gen za oko", toliko sličan između različitih vrsta, da možeš supstituirati muhin gen sa mišjim, i na muhi će se opet razviti muhino oko. Kako to? Pa poanta je u regulatornim genima. Sami "geni za oko" se u principu ne mijenjaju stotinama milijuna godina, jednostavno zato jer promjene na njima završe katastrofalno, i takva jedinka otpada. Mijenja se aktivnost regulatornih gena. A promjena regulatornih gena ne ovisi o tvojim apsurdnim brojkama jer se isključivanje nekog gena u lancu može postići bilo kakvom mutacijom koja ga poremeti. Uključivanje davno isključenih gena se također očito dešava, kao što zorno dokazuju životinje s atavizmima, tipa konji sa dodatnim prstima, dupini sa zadnjim perajama, ljudi s repom i tako dalje. A to je samo ono što možemo vidjeti golim očima.

To su zapravo sve one neadaptivne varijante za koje ti misliš da su uzaludne, međutim ona je zapravo postigla promjenu omjera nekog dijela tijela. Neki regalutorni gen je dobio neku bezveznu mutaciju koja ga je poremetila, i posljedično protein koji je trebao biti prisutan 2 tjedna nakon oplodnje jajne stanice će biti prisutan mjesec dana i neki dio tijela će biti duži ili kraći.

Iz tog razloga možemo vidjeti da je evolucija najvećim dijelom modifikacija proporcija tijela. Na primjer predak medvjeda je desecima milijuna godina unazad bio četvernožni sisavac bez ikakvih fundamentalnih razlika u odnosu na medvjeda. Isto vrijedi za veliku većinu drugih grupa. Primjeri gdje neka grupa dobije neku novotariju su vrlo rijetki i opet su te novotarije uvijek modifikacija postojećih struktura. Kad jedan ogranak od medvjedovih predaka evoluira u tuljana, njegove "peraje" su modifikacija nogu, sa istim kostima kao i kopneni rođaci. Disanje ostaje na plućima. Kandže i dalje stoje na perajama iako su nepotrebne, jednostavno zato jer se nije desila neka mutacija koja bi spriječila njihov razvoj u embrionalnoj fazi.

Ti procesi su postali savršeno logični jednom kad su se shvatili procesi u embrionalnom razvoju i na koji način mutacije utječu na regulatorne gene koji upravljaju embrionalnim razvojem.

A ta tvoja pitanja „kako je moguće da se ATCTCATCATC promijeni u baš AAAAAAAAAAAA“ su prikladna kao da geologu na osnovu dječje slikovnice objašnjavaš da je geologija skroz kriva. Tvoja ideja kako priroda zahtjeva neke ciljane, precizne mutacije je ta koja je potpuno pogrešna. DNA nije zidarski nacrt gdje su upisani milimetri pa kad zajebeš brojku, ode sve k vragu. Preporučio bih ti da se baciš na evo-devo.

Životinje su imale krvožilne, probavne, vidne, živčane i druge sustave još tamo prije kambrija, unazad oko 600 milijuna godina, što pak znači da su se gradile po sličnim principima kao i danas. Fosili embrija su pak još i stariji. To znači da je tvoj „matematički“ prigovor bezvrijedan u cijelom tom razdoblju. Ti bi se eventualno mogao iščuđavati mrežama regulatornih gena, ali onda moraš priznati 90% teorije evolucije, koja više nego dobro objašnjava kako može mali tetrapod evoluirati u sisavce, ptice i ostale, ili kako se kukci granaju već stotinama milijuna godina u milijune vrsta, a da nisu nikad postali ribe.

contradiction kaže:

Još ne kužiš kako?
Pa tako što je moj instanca stvarnosti, a tvoj mašte.

Arogancija i neznanje idu skupa, očito

contradiction kaže:

Ti nemaš nikakvu referencu u stvarnosti iz koje možeš odrediti "m", prije nego se događaj dogodio(moje rođenje). Drugim riječima, nije postojalo nikakvo očekivanje o događaju odn. mojem rođenju prije mojeg rođenja. U evoluciji, priroda kojoj se organizam mora prilagoditi pak je postojala prije nego se događaj(prilagodba) realizirala, što znači da je takvo očekivanje postojalo.
Pošto je vjerojatnost u stvari mjera tog očekivanja, ja mogu govoriti o vjerojatnosti, a ti ne. Naravno, u mašti, ti možeš zamisliti da je očekivanje mene sa određenom kombinacijom DNK postojalo prije nego sam se ja rodio(staviti "m" u formulu), pa teorijski izračunati vjerojatnost. No to onda nije instanca stvarnosti, nego mašte.

Tvoja podjela na stvarnost i maštu je tvoja proizvoljna tvrdnja, potpuno neutemeljena. Mogu to i ja: u mašti ti možeš zamisliti da je potreba za nekim proteinom sa točno određenom kombinacijom aminokiselina postojala prije nego je protein nastao (staviti „m“ u formulu), pa teorijski izračunati vjerojatnost. Oh, pa to i radiš 
No to nije instanca stvarnosti, nego tvoje mašte.

[MrBlc]

bolid74 kaže:

Tvoja podjela na stvarnost i maštu je tvoja proizvoljna tvrdnja, potpuno neutemeljena. Mogu to i ja: u mašti ti možeš zamisliti da je potreba za nekim proteinom sa točno određenom kombinacijom aminokiselina postojala prije nego je protein nastao (staviti „m“ u formulu), pa teorijski izračunati vjerojatnost. Oh, pa to i radiš
No to nije instanca stvarnosti, nego tvoje mašte.

Ovo je upravo ono što sam ciljao s eurojackpot primjerom. Ne samo da da pretpostavlja potrebu za tim proteinom, već pretpostavlja potrebu isključivo za tim proteinom.

Što se ostatka posta tiče stvarno dobro i jasno obrazloženo. Ja taj dio elementarno shvaćam, ali ni daleko dovoljno dobro da bih uspio ovako obrazložiti.

[vamvam]

Jedna stvar mi nije jasna. Contradiction objašnjava i dokazuje na koji način evolucija ne funkcionira. Svi ostali se slažu s njim da evolucija na taj način ne funkcionira. Oko čega se onda vodi diskusija?

[krena]

contradiction kaže:

Pošto je vjerojatnost u stvari mjera tog očekivanja, ja mogu govoriti o vjerojatnosti, a ti ne. Naravno, u mašti, ti možeš zamisliti da je očekivanje mene sa određenom kombinacijom DNK postojalo prije nego sam se ja rodio(staviti "m" u formulu), pa teorijski izračunati vjerojatnost. No to onda nije instanca stvarnosti, nego mašte.

Jedno su formule , a drugo je prirodni okoliš. To sam ovako pisao prije 4 godine:
https://www.forum.hr/showpost.php?p=4...postcount=6683

Vladimir Paar se isto čudi kako se u tako kratkom vremenu razvio mozak od primata prema čovjeku : https://www.youtube.com/watch?featur...PQI9OEM#t=4055

Ali je princip uvijek isti. Moraš imati u datom trenutku u datoj populaciji specifičan pritisak na preživljavanje , te opstanak onih sitnih varijacija koje su bitne za preživljavanje.
U slučaju čovjeka je to bio mozak. Ali ne samo mozak sam po sebi, nego kolektiv sa mozgom.

Biokemičari bi se trebali pozabaviti VARIJACIJAMA. Trebalo bi ispitivati DNK kakve on to promjene ima u sebi kada nastaju organizmi sa nekim sitnim različitostima.
Za početak idemo na naj-jednostavnije primjere: kako je čovjek od divljeg vuka umjetnom selekcijom stvorio cijelu šumu raznih vrsta pasa ???
Kako se mijenjao DNK od vuka prema Chihuahui

[Tigarx]

Zanimaju me odgovori na sljedeća pitanja. Ovo je najbliža tema.

Jedan korisnik je dao primjer žabe koja je razvila gen radi prilagodbe okolišu. Pomoću prirodne selekcije kao jednim od mehanizama evolucije te vrste žabe bi lako moge postati brojčano dominantne, u nekoj budućnost, ostale izumrijeti itd što li već.

Da li su jednostanični organizmi najmanje evolucijske jedinice? Ako jesu da li su ti organizmi svjesni sebe? Ako nisu kakva je onda uloga prirodne selekcije na toj molekularnoj razini kada se radi o nastanku života?

U principu od nastanka svemira do sada nizom slučajnosti nastale su aminokiseline, proteini pa na kraju i jednostanični organizmi. Ok, to je bilo recimo sasvim slučajno tj. nema nekoga općega mehanizma za njihov nastanak iako su morali nastali po zakonima fizike. Ako su nama poznate aminokiseline, proteini i jednakostanični organizmi jedni od mogućih ishoda kakvi su to mogući drugačiji ishodi života na makro i molekularnoj razini?

Također me zanimaju mehanizmi nastanka složenih organizama iz jednostaničnih organizama? Da li se danas išta točno može reći o tome?

Možda tu negdje ulazi i contradiction-ovo pitanje i odgovor mada njega zanima kako bića uopće evoluiraju ako prevladavaju neadaptivne mutacije.

Ispričavam se unaprijed na potencijalno glupim, banalnim pitanjima!

[sal_mirabilis]

Tigarx kaže:

Zanimaju me odgovori na sljedeća pitanja. Ovo je najbliža tema.

Jedan korisnik je dao primjer žabe koja je razvila gen radi prilagodbe okolišu. Pomoću prirodne selekcije kao jednim od mehanizama evolucije te vrste žabe bi lako moge postati brojčano dominantne, u nekoj budućnost, ostale izumrijeti itd što li već.

Žaba nije razvila gen da bi se prilagodila. Mutacija (odnosno čitav niz mutacija, o čemu možeš čitati na par stranica ove teme) se dogodila slučajno i ako je bila od koristi, njezini su nositelji postali brojniji.

Da li su jednostanični organizmi najmanje evolucijske jedinice? Ako jesu da li su ti organizmi svjesni sebe? Ako nisu kakva je onda uloga prirodne selekcije na toj molekularnoj razini kada se radi o nastanku života?

Najmanja evolucijska jedinica je gen, s tim da epigenetika malo komplicira stvari.

U principu od nastanka svemira do sada nizom slučajnosti nastale su aminokiseline, proteini pa na kraju i jednostanični organizmi. Ok, to je bilo recimo sasvim slučajno tj. nema nekoga općega mehanizma za njihov nastanak iako su morali nastali po zakonima fizike. Ako su nama poznate aminokiseline, proteini i jednakostanični organizmi jedni od mogućih ishoda kakvi su to mogući drugačiji ishodi života na makro i molekularnoj razini?

Aminokiseline nisu baš tako slučajne, kao ni sve ostalo, vezano za pojavu života/evolucije. Slučaj je samo jedan element. Drugi je selekcija.

Što se mehanizama tiče, toplo preporučam pročitati jedan od novijih Sutherlandovih radova o porijeklu tzv. biogenih molekula:
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/1...06585/abstract
Najsažetije se o njemu može reći da pokazuje da se sav živi materijal može dobiti reakcijama koje kreću od cijanovodika.

Što se alternativnih oblika života tiče, zasad ne znamo postoje li, odnosno mogu li postojati. Kad nam civilizacija nađe načina da pohodi udaljene planete, znat ćemo jesu li se pojavili barem tamo gdje smo došli. Teorijske mogućnosti istražuje pak (među ostalima) kemija sustavâ, s tim da je ona suviše mlada, da bi već sad mogla reći što još može postojati, osim života kakav poznajemo. Po času, dometi su joj na supramolekulskoj razini: samoreplikaciji, molekulskim motorima, responzivnim materijalima, kombinatorijalnoj kemiji itd., ali kako analitičke metode stalno napreduju, to se i sustavi koji se mogu analizirati sve više usložnjuju.
Preporuke za čitanje:
http://www.beilstein-journals.org/bjoc/articles/13/118
http://pubs.rsc.org/en/Content/Artic...G#!divAbstract
https://www.cambridge.org/core/journ...83D51BDB3BABC2

Tri rada su malo, ali svaki od njih ima hrpu referenci, od kojih se dobar dio njih jako isplati pročitati. Pune slike dometâ današnje znanosti nema bez jako puno čitanja.

Također me zanimaju mehanizmi nastanka složenih organizama iz jednostaničnih organizama? Da li se danas išta točno može reći o tome?

Ovo je za biologe. Čini mi se da ja jedini ovdje to nisam, pa ću ostati na tomu da su za višestanična bića nužni transmembranski proteini koji se mogu povezati s istima takvima na drugoj stanici te izlučivanje proteinâ koji će graditi vanstanične strukture. Kao pretke očito treba tražiti proteine koji su radili nešto slično.

Možda tu negdje ulazi i contradiction-ovo pitanje i odgovor mada njega zanima kako bića uopće evoluiraju ako prevladavaju neadaptivne mutacije.

Ispričavam se unaprijed na potencijalno glupim, banalnim pitanjima!

Ovo su pak prisutni lijepo objasnili, premda sam odmah lijepo rekao da s kreacionistima ima smisla razgovarati koliko i s teroristima.
Nadam se da si pročitao prethodnih par stranica.

A pitanja nisu banalna! Iz perspektive kemičara, evolucija je jedino preostalo neodgovoreno pitanje. Sve ostalo, čime se kemičari bave, u biti je smišljanje novih tvari i fenomenâ.

[contradiction]

@MrBlc, bolid74

Pošto vidim da "na Zapadu nista nova", samo generalno ću se osvrnuti na vaše postove. Prvo vjerojatnost. Kad čitam vaše upise o vjerojatnosti pitam je li moguće da vi stvarno ne razumijete nesto tako banalno kao što je koncept vjerojatnosti ili se samo pretvarate?

Ako bacimo kocku deset puta te dobijemo neke brojeve to nema nikakve veze sa vjerojatnošću, nego se to zove nužnost - nužno je da bacanjem kocke ispadnu neki brojevi.

Međutim, ako prije bacanja kocke odredimo deset brojeva između jedan i šest, koje ili negdje zabilježimo ili upamtimo ili nekome priopćimo, to se zove očekivanje - očekujemo nešto vezano za budući događaj(bacanje kocke). Kad se taj događaj realizira on ima određeni ishod. Pošto postoji instanca stvarnosti prije tog događaja o tom događaju(očekivanje ishoda) i ishod događaja, možemo taj odnos izraziti matematički i to se zove vjerojatnost.

Ono što vi radite je da miješate nužnost i vjerojatnost i to na način da negirate temeljne postulate teorije koju branite. Naime, teorija evolucije je ustrojena na pretpostavci da su biološke strukture ustvari adaptacije nastale tako da su postojali neki uvjeti u prirodi za koje su organizmi procesom preraspoređivanja nukleotida pronašli rješenja u obliku gena. Izraz tih gena je onda neka struktura ili proces koji organizmu omogućuje preživljavanje u tim prirodnim uvjetima. Ako je tome tako, onda su ti prirodni uvjeti ustvari nešto što određuje očekivanje - nekakav raspored nukleotida koji odgovara tim prirodnim uvjetima. A to je doslovno kao da prije bacanja kocke zapišemo neke brojeve i onda čekamo koji brojevi će se pojaviti. Ako bi se vremeplovom mogli vratiti u vrijeme prvih organizama, a koji nisu imali raspored nukleotida za npr. škrge, svaki onaj koji bi tada tvrdio da će taj organizam u budućnosti moći disati pod vodom, tvrdio bi u stvari da očekuje pojavu specifične kombinacije nukleotida koji kodiraju funkciju disanja pod vodom odn. škrge. Drugim riječima, postojalo bi očekivanje(pojavit će se neka kombinacija nukleotida) prije realizacije događaja(buduće mutacije), što pak je osnovni preduvjet za određivanje vjerojatnosti. Vjerojatnost se onda jednostavno odredi tako da u brojnik stavimo sve one kombinacije nukleotida koje kodiraju škrge(adaptivne mutacije), a u nazivnik sve moguće kombinacije nukleotida(adaptivne+neadaptivne mutacije). Zato je u slučaju teorije evolucije moguće određivati vjerojatnost.

Kad pak se određivanje vjerojatnosti u evoluciji uspoređuje sa brojevima lota koji su izvučeni u 2016. god., onda to znači da se miješa vjerojatnost i nužnost. Za razliku od pojave kombinacije nukleotida za škrge, kombinacija brojeva lota iz 2016. god., ne može se povezati sa nekim očekivanjem prije izvlačenja tih brojeva. Ako bi Pero Perić na početku 2016. godine na papir stavio sve brojeve koji će se izvući u 2016. god. onda bi takvo očekivanje postojalo. No, pošto nešto takvo ne postoji, nema se što staviti u brojnik izraza za izračunavanje vjerojatnosti i vjerojatnost je nemoguće izračunati te možemo govoriti samo o nužnosti - pošto su brojevi izvlačeni neki su se nužno morali pojaviti. U slučaju adaptacije na vodeno okruženje očito je da bilo koja kombinacija nukleotida neće biti korisna zbog čega imamo odnos - kombinacije koje kodiraju i kombinacije koje ne kodiraju adaptaciju, te možemo računati vjerojatnost.

Zbog toga je uspoređivanje brojeva izvučenih na lotu 2016. i evolucije, isto kao tvrditi da će bilo koja kombinacija nukleotida nastala mutacijama kodirati škrge. A očito je da neće. Zato je vaše tumačenje vjerojatnosti ne samo negacija temeljnih postulata teorije evolucije nego i negacija stvarnosti.


Što se tiče ostatka vaših postova, oni su refleksija vaše nemogućnosti da argumentima osporite ono što se tvrdi uvodnim postom. Riječima analogije, ja tvrdim da je rijeka široka 200 metara i da je Pero Perić ne može preskočiti koristeći samo svoje motoričke sposobnosti zato jer je empirijski utvrđeno da čovjek može skočiti u dalj oko 9 metara. Rijeka iz analogije je omjer 10^63, a Perine mogućnosti skakanja u dalj su ukupne mutacije u evoluciji - 10^43. Ako postoji neka teorija ili hipoteza koja pretpostavlja da je Pero preskočio tu rijeku onda se empirijski podatak o nemogućnosti Pere da savlada rijeku ne može osporiti pričanjem priča o tome što teorija tvrdi nego jedino tako da, ili se iznesu drukčiji empirijski podaci o Perinim motoričkim sposobnostima ili o širini rijeke. To je jedini mogući način osporavanja jer teorija je samo instanca ljudskog uma, odn. način na koji ljudi nešto tumače, racionaliziraju ili objašnjavaju. A ono što čovjek misli u glavi ili stavi na papir ne može promijeniti činjenice do kojih smo došli empirijski, direktnom opservacijom.

No, vi umjesto da ponudite empirijske podatke proizašle iz opservacije, napadate onoga čije empirijske podatke ne možete osporiti. I to na način da ga optužujete ili za nerazumijevanje vaše teorije, ili za negiranje mogućnosti da je rijeka u prošlosti možda bila široka 70 metara ili da je čovjek u prošlosti možda mogao skakati 100 metara u dalj, i sl.

Eto, imate priliku argumentirati da je omjer iz mojeg argumenta manji, da je broj mutacija veći, da su u prošlosti postojali proteini sa par aminokiselina i sa omjerom manjim od ukupnog broja mutacija. Uporno čekam takve vaše podatke, no sve što vi nudite su ili optužbe da su moji podaci nerealni ili da ne razumijem vašu teoriju koja tvrdi da Pero može preskočiti rijeku široku 100 metara.

[simple_tina]

contradiction kaže:

Teorija evolucije(TE) promatra postojeće biološke strukture i procese kao adaptacije - biološke prilagodbe koje se u datim uvjetima života omogućile organizmima preživljavanje i ostavljanje potomstva (npr. Meiosis as an Evolutionary Adaptation for DNA Repair - navedeni primjer nam govori da su organizmi sa sposobnošću popravljanja DNK imali veće šanse za preživljavanje i ostavljanje potomstva od onih koji nisu imali takvu sposobnost). Pošto složene adaptacije današnjih organizama, poput organa, nisu postojale kod tzv. 'posljednjeg zajedničkog pretka svih živih bića'(LUCA), TE postulira mutacije kao sredstvo promjene genetskog materijala koje u konačnici generiraju adaptivne nizove nukleotida i omogućuju prilagodbu danim uvjetima života.

Međutim, takav teorijski aspekt ima jedan fundamentalni problem, a očituje se u nedostatku mutacijskih resursa koji mogu prevladati ogromnu tendenciju genetskog materijala za neadaptivnom manifestacijom. Za ilustraciju ćemo pogledati specifičnu adaptaciju u formi transkripcijskog proteina - λ-represora, čijom neadaptivnom manifestacijom se posredno bavio sljedeći rad: Functionally acceptable substitutions in two alpha-helical regions of lambda repressor

Tako se nekad u prošlosti postojali životni uvjeti koji su tražili λ-represor kao adaptaciju koja povećava izglede organizma za preživljavanje i ostavljanje potomstva. Tim životnim uvjetima prilagođavala se neka populacija organizama koja u svom genetskom bazenu nije imala takav adaptivni alel. Po TE, nositelj novih adaprivnih alela je genetski materijal nasto duplikacijom, transpozicijom ili rekombinacijom - greškama tijekom kopiranja DNK koje dovode do dvostrukog ili višestrukog kopiranja dijela kromosoma. Ako je takav genetski materijal neaktivan, te nema toksičan utjecaj na organizam, on može bez ograničenja mutirati i tražiti adaptivne alele. Dakle, početna točka teorijskog evoluiranja λ-represora je duplirani genetski materijal. Međutim, upravo ta početna točka je ujedni i fundamentalni problem spomenut na početku pošto mutacije imaju ogroman potencijal modificirati duplirani gentski materijal u nizove nukleotida koji nemaju apsolutno nikakve veze sa λ-represorom ili transkripcijom gena, nego ili reprezentiraju cijeli niz funkcionalnih bioloških struktura koje nisu λ-represor, ili su potpuno beskorisni(junk) u biološkom smislu te nemaju nikakav adativni potencijal. Taj problem proizlazi iz nasumične prirode mutacija gdje se bilo koji od četiri nukleotida(ATCG) može pojaviti kao baza u nizu nukleotida. Tako niz od L baza pretpostavlja jednu od 4^L vrijednosti. Kako se autori rada ne bave nizovima nukleotida nego kodonima odn. nizovima od tri nukleotida koji označavaju jednu od 20 specifičnih aminokiselina(AA), i mi ćemo se fokusirati na AA, pa tako slijedi da niz od L aminokiselinskih baza može poprimiti jednu od 20^L vrijednosti.

Pošto λ-represor sadrži 92 AA, to konkretno znači da pod djelovanjem mutacija duplirani genetski materijal posjeduje potencijal manifestacije u 20^92 ili 4,95176x10^119 različitih vrijednosti ond. nizova AA. Na zadnjoj stranici rada autori navode da na jedan niz AA funkcionalnog λ-represora, dolazi 10^63 nizova AA koji nemaju veze sa tom funkcijom odn. koji su neadaptivni. Autori tu neadaptivnost nazivaju -"tremendous degeneracy in the information". Iz gornjih brojki izvodimo da ukupno 10^59 različith nizova AA kodira adaptibilni λ-represor. Iako je na prvi pogled ovo ogromn broj, on gubi to svojstvo kad ga usporedimo sa brojem neadaptivnih nizova nukleotida, koje pak dobijemo tako da adaptivne nizove oduzmemo od ukupno mogućih (4,95176x10^119 - 10^59). Tako izračunom dobijamo broj između 10^119 i 4,95176x10^119. To je broj koji označava sve one nizove nukleotida koji ne kodiraju adaptibilni λ-represor. Ako dalje iz tih brojeva izračunamo matematičko očekivanje dobijamo da je potrebno oko 10^63 mutacijskih resursa kako bi nasumični proces naletio na jedan adaptivni niz AA.

Pogledajmo sad koliko je maksimalni mogući broj mutacijskih resursa u evoluciji, a koji obuhvaća mutacije u svim populacijama tijekom ukupne povijesti živog svijeta na Zemlji. Prema ovom radu:
How much of protein sequence space has been explored by life on Earth?, oni se procjenjuju na 10^43. To drugim riječima znači da čak i ako potrošimo apsolutno sve mutacijske resurse u povijesti živog svijeta, to ne bi bilo dovoljno za pronalazak jednog od 10^59 nizova AA koji kodiraju adaptibilni λ-represor - manjak resursa iznosio bi 20 redova veličine. S obzirom na činjenicu da kombinatorni prostor veličine 4,95176x10^119 većinom okupiraju ili beskorisni nizovi AA ili bio-funkcionalni nizovi koji ne kodiraju λ-represor, na prostoru takvih karakteristika mutacijski proces jednostavno nema kapacitet za pronalazak adaptivnog rješenja. Zbog toga, populacija organizama koja u svojem genetskom bazenu nema prisutan λ-represor alel nikako ne može producirati takvu adaptaciju.

Enormni potencijal genetskog materijala za neadaptivnom manifestacijom otkriva nam da evolucija može objasniti jedino fekvenciju funkcionalnih, već postojećih složenih adaptacija(alela) u populaciji, no ne može objasniti njihovo podrijetlo. Neadaptivni potencijal nam također otkriva zašto u empirijskoj zanosti ne postoji opažanje gdje bi neka populacija organizama bez sposobnosti izvođenja nekog složenog biološkog procesa, dobila takvu sposobnost samo zato jer dolazi do nasumičnih promjena nizova nukleotida u njenom genetskom materijalu. Omjer neadaptivnih i adaptivnih mutacija, za bilo koje životne uvjete, jednostavno je prevelik da bi se nešto takvo dogodilo.

contradiction kaže:

Ovdje se više radi o matematičko-logičkom problemu nego biološkom. Naime, ako se neki složeni sustav gradio linearno, korak po korak, kopiranjem(dupliranjem) postojećih struktura te nakon toga njihovom modifikacijom, onda je nužnost da svaki početni korak na putu modifikacije prema novoj komponeti sustava stupi na kombinatorni prostor sa N rješenja. Dio tih rješenja odgovara okruženju kojem bi se ta komponenta trebala prilagoditi - nazovimo ih "R", a dio naravno ne odgovara, nazovimo ih "-R". Sve što je stoga potrebno odrediti jest broj R i -R rješenja te raspoloživost resursa kojima se pretražuje kombinatorni prostor. Pošto se materijalni sustavi i njihove komponente sastoje čestica, pretraživanje N prostora je traženje specifične kombinacije čestica. No, s obzirom na činjenicu da se biološki sustavi i njihove komponente sastoje od ogromnog broja čestica, svaka specifična kombinacija odn. "R" je izolirana na ogromnom prostoru svega onoga što nije "R" odn. "-R". Npr. ako populacija organizama u vodenom okruženju, a koja nema škrge, "krene" prema evoluiranju škrga iz nekog dupliranog genetskog materijala onda taj materijal ima enormno veći potencijal da se manifestira u "sve-ono-što-nisu" škrge(-R) nego u škrge. Specifična struktura - "škrge" je duboko izolirana na otoku kojeg okružuje veliki ocean "-R". Dakle ono što je nužno za polvidbu tim vodama su ogromni resursi odn. mutacije - M. Sve gore spomenute vrijednosti( N, R, -R i M) su empirijske i odredive, a ostalo je matematika.

contradiction kaže:

Iz činjenice da se svaki od četiri nukleotida(ATCG) može pojaviti kao baza u nizu nukleotida te iz definicije slučajnog događaja slijedi da svaki niz ima jednaku vjerojatnost pojavljivanja. Ako se kopiranjem dijela genetskog materijala dobije niz nukleotida ATG, a adaptivni nizovi su CAC ,CAT i CCA onda je vjerojatnost pojavljivanja tih nizova ili bilo kojeg niza iz skupa 4^3 - 4 (onih koji nisu CAC ,CAT i CCA) jednaka i po matematičkom očekivanju potrebno je 20 mutacijskih resursa da bi se pronašlo adaptivno rješenje.

Dakle ovako. Čitajući što si pokušao sumirati evo jednog objašnjenja s moje strane.

Evolucija se ne bazira na matematici kao ni genetika. Može se objasniti matematikom ali teško ćeš logički objasniti matematički budući da tu imaš više čimbenika.
Prvo mutacije se svakodnevno događaju u organizmu bilo zbog greške u replikaciji ali ukoliko je mehanizam za prepoznavanje grešaka u redu te se mutacije miču.
Drugo postoje mutacije koje su na somatskoj razini i one ne idu dalje na potomstvo. A postoje mutacije koje su naslijedne. Evolucija objašnjava nastanak vrsta preko mutacije jer je upravo tako i bilo. Naime neke mutacije koje su se možda slučajno dogodile a bile su korisne tom organizmu tj ta jedinka je zbog te mitacije preživjela. Logično je da će ta mutacija ići dalje na potomstvo. Svaki organizam se prilagođava svom okolišu. I najuspješniji preživljavaju a s njima i mutacije koje su se dogodile u tom organizmu. Možeš svesti na matematiku ali si prepojednostavio pa ti nije jasno. Naime broj tvojih slučajnih mutacija je daleko veći jer zaboravljaš onaj if faktor. Dakle ukoliko nema korisnu mutaciju ne preživljava.
Idealan primjer evolucije su ti australija i novi zeland. Gdje se iz životinja koje su po cijelom starom kontinentu žovjela razvila toliko raznolika flora i fauna upravo zbog mutacija i prilagodbi živih bića na uvijete u kojima su se našli.
Preporučam ti da pročitaš knjigu The selfish gene od Richard Dawkinsa

Bokić

Poslano sa mog SM-G800F koristeći Tapatalk

[contradiction]

simple_tina kaže:

Dakle ovako. Čitajući što si pokušao sumirati evo jednog objašnjenja s moje strane.

Evolucija se ne bazira na matematici kao ni genetika. Može se objasniti matematikom ali teško ćeš logički objasniti matematički budući da tu imaš više čimbenika.
Prvo mutacije se svakodnevno događaju u organizmu bilo zbog greške u replikaciji ali ukoliko je mehanizam za prepoznavanje grešaka u redu te se mutacije miču.
Drugo postoje mutacije koje su na somatskoj razini i one ne idu dalje na potomstvo. A postoje mutacije koje su naslijedne. Evolucija objašnjava nastanak vrsta preko mutacije jer je upravo tako i bilo. Naime neke mutacije koje su se možda slučajno dogodile a bile su korisne tom organizmu tj ta jedinka je zbog te mitacije preživjela. Logično je da će ta mutacija ići dalje na potomstvo. Svaki organizam se prilagođava svom okolišu. I najuspješniji preživljavaju a s njima i mutacije koje su se dogodile u tom organizmu. Možeš svesti na matematiku ali si prepojednostavio pa ti nije jasno. Naime broj tvojih slučajnih mutacija je daleko veći jer zaboravljaš onaj if faktor. Dakle ukoliko nema korisnu mutaciju ne preživljava.
Idealan primjer evolucije su ti australija i novi zeland. Gdje se iz životinja koje su po cijelom starom kontinentu žovjela razvila toliko raznolika flora i fauna upravo zbog mutacija i prilagodbi živih bića na uvijete u kojima su se našli.
Preporučam ti da pročitaš knjigu The selfish gene od Richard Dawkinsa

Bokić

Poslano sa mog SM-G800F koristeći Tapatalk

Ovo što si napisala je kao da si ušla u kemijski laboratorij i onda se žališ da ne možeš pronaći violinu. A preporuka Dawkinsove knjige, kao odgovor na moj uvodni post, ti je kao da mi preporučiš knjigu koja se bavi zapažanjima, dojmovima i razmišljanjima sa putovanja automobilom, kao odgovor na tvrdnju da tri litre goriva nisu dovoljne za putovanje od Zagreba do Splita. Propozicije navedene u tvojim postu, jednako kao i Sebični gen, nemaju apsolutno nikakve veze sa pitanjem kojim se bavi ovaj topic.

Pitanje kojim se ovaj topic bavi polazi od temeljne premise da se materija sastoji od čestica. Nakon toga uzima premisu da prije pet milijardi godina nije postojao raspored čestica koji postoji danas, odn. onaj koji može gledati, čitati, govoriti, disati pod vodom, hodati, pumpati krv, reorganizirati introne i egzone, itd. Dalje pitanje nastavlja na logičku nužnosti po kojoj je jednini način da se pojavi današnji raspoed čestica taj da se u povijesti preraspoređuju postojeće čestice u prostoru posredstvom određenog procesa. Tu se javlja ljudska ideja koja se zove evolucije. Ona postulira da je do takvog rasporeda čestica došlo linearnim repozicioniranjem nukleotida koji reprezentiraju 3D raspored čestica, a koji je takav kakav je zbog odnosa tog rasporeda i nekakvih uvjeta u prirodi. Konačno, pitanje završava na matematici koja uspoređuje omjer rasporede čestica koji ne odgovaraju tim prirodnim uvjetima i onih koje odgovaraju te ukupni broj mogućih repozicioniranja nukleotida u 5 milijardi godina. Pošto je taj broj daleko nepovoljan za samo jedne prirodne uvjete, zaključuje se da ljudska ideja koja se zove evolucija ne objašnjava podrijetlo rasporeda čestica koji može gledati, čitati, govoriti, disati pod vodom, hodati, pumpati krv, reorganizirati introne i egzone... Eto, ako imaš nešto o tome slobodno ponudi nekakvo razmišljanje.

Bokić i tebi.

[vamvam]

contradiction kaže:

Tu se javlja ljudska ideja koja se zove evolucije. Ona postulira da je do takvog rasporeda čestica došlo linearnim repozicioniranjem nukleotida koji reprezentiraju 3D raspored čestica, a koji je takav kakav je zbog odnosa tog rasporeda i nekakvih uvjeta u prirodi. Konačno, pitanje završava na matematici koja uspoređuje omjer rasporede čestica koji ne odgovaraju tim prirodnim uvjetima i onih koje odgovaraju te ukupni broj mogućih repozicioniranja nukleotida u 5 milijardi godina. Pošto je taj broj daleko nepovoljan za samo jedne prirodne uvjete, zaključuje se da ljudska ideja koja se zove evolucija ne objašnjava podrijetlo rasporeda čestica koji može gledati, čitati, govoriti, disati pod vodom, hodati, pumpati krv, reorganizirati introne i egzone...

A jel ti imaš neko bolje objašnjenje evolucije ili si samo došao zajebavati?

Da li je suština ovoga što tvrdiš da život nije nastao evolucijom?