Omjer neadaptivnih i adaptivnih mutacija kao Ahilova peta teorije evolucije

[bolid74]

contradiction kaže:

Kombinatorni prostor niza od L članova je matematička činjenica, a to što je omjer raspoloživih mutacijskih resursa u odnosu na taj kombinatorni prostor nepovoljan za određene hipotetičke ili teorijske pristupe, nikako ne indicira besmisao omjera nego matematičku neutemeljenost tih pristupa.
U uvodnom postu niti u tragovima ne stoji nekakva tvrdna o tome da se peptidi "sastavljaju odjednom"? Što bi to uopće bilo "sastavljanje peptida odjednom"? Uvodni post ekspicitno navodi da je način nastajanja novih nizova nukleotida(koji reprezentiraju peptide) dupliciranjem postojećeg genetskog materijala te nakon toga modifikacijom tog genetskog materijala, dakle upravo "kopiranjem prethodnih inačica", kako si sam naveo. Tako "besmislenost" mojih tvrdnji braniš njihovim ponavljanjem drugim riječima. Zanimljiv način diskusije, moram priznati.

Točno, ti započinješ kao da razumiješ proces (male promjene na već postojećem materijalu), međutim onda kreće razbacivanje brojkama koje nemaju smisla, jer broj kombinacija koje mutacija na postojećem genu može proizvesti je puno manja od ukupnih mogućih kombinacija. Dodajmo u jednažbu i biološku činjenicu da loše kombinacije otpadaju kroz smanjenu sposobnost nosioca, i time je broj REALNIH kombinacija nekakva razumna brojka.

Taj kreacionistički argument, kao i tvoj koji nije ništa drugo nego varijacija na temu, jednostavno ignorira funkcionalne međufaze prije nastanka moderne verzije proteina.

contradiction kaže:

Naravno, tako to funkcionira u teoriji, no u praksi, ti lijepi "repovi" osim što imaju potencijal postati ono što ti nazivaš "nove funkcije", imaju još veći potencijal postati i novi junk, s tim, da "nova funkcija" ne znači apsolutno ništa u okruženju koje treba "drukčiju funkciju".

U praksi postaje ili štetna mutacija, koja je irelevantna, jer nositelj te mutacije nestane iz opticaja; ili postane neutralna (to je pak najvjerojatnije) i dodaje se broju već postojećih varijacija i čeka neka druga vremena i okolnosti; ili je pozitivna, pa se raširi populacijom.

Čini se da imaš poteškoća sa shvaćanjem jedne biološke činjenice, a isto to sam primijetio i u tvojim prošlim napisima. Živi svijet ne evoluira nove stvari „jer ih trebaju“. NEKE vrste, zahvaljući svom versatilnom načinu života, ne prevelikom tijelu, raznovrsnoj prehrani i tomu slično, uspiju i u novom okolišu i s vremenom se razgranaju u više specijalizirane vrste – ne zato jer su evoluirale nove stvari po potrebi, već zato jer je realnost bioloških organizama da mnogi mogu funkcionirati u više različitih okruženja. Nakon toga slijedi polagano grananje vrsta i specijalizacija u konkretnijim ekološkim nišama.

Na primjer ona prije spomenuta ribica nije evoluirala antifriz „jer joj je trebao“. Taj protein se slučajno pojavio u njenom tijelu i to joj je omogućilo da preživljava u hladnijem. Da se ta mutacija nije desila, te ribe bi ostale gdje su bile i prije (kao što je slučaj sa svim drugim ribama bez antifirza).

contradiction kaže:

Drugim riječima, ako je okruženje supstanca Z koja se metabolizira sa specifičnim enzimom ZX(hint: Lock and key theory of enzyme action), ti možeš imati milijun lijepih i različitih funkcija, ali u okruženju supstance Z sve su one - junk. Baš neobično kako se u teoriji nikad ne spominje taj detalj, te se zanemaruje ogroman broj "repova" koji "ne funkcioniraju". Ono što je funkcija u jednom okruženju, je junk u drugom i obrnuto. A upravo taj omjer je suština mojeg argumenta, kojeg ti na jedan lukav način izbjegavaš.

Suština tvojeg argumenta leži u onom kreacionističkom, da nešto ima previše kombinacija da bi nastalo prirodnim putem. To što si to sad upakirao u „omjer funkcionalnog i nefunkcionalnog“ je zapravo ista stvar. I kreacionistički argumenti evoluiraju

Primjer ti je irelevantan za teoriju evolucije, jer o takvim situacijama evolucija nekog organizma ne ovisi, niti se evolucija ne odvija na takav način. Neka supstanca Z će se u praksi izlučiti nemetabolizirana. Ili će ubiti životinju, ili će se razboliti, što god.

contradiction kaže:

Naravno da se nikad ne kreće od nule, nula ne postoji u biologiji, to uopće nije sporno. No, sa 3D oblikom λ-represora ne možeš metabolizirati sve supstance koje postoje, ne možeš disati pod vodom, ostvariti vizualnu funkciju, pumpati krv ili oploditi jajnu stanicu. Biologija je interakcija različitih 3D oblika, a ovo što ti navodiš je strukturalni i funkcionalni "landscape" proteina, gdje protein uz zadržavanje svojeg 3D oblika više ili manje uspješno obavlja svoju funkciju, ovisno koja od onih 10^59 kombinacija je aktivna. No, da bi nastali novi 3D oblici potrebno se maknuti sa tog landscape-a i zakoračiti u sve one neadaptivne kombinacije koje sam spomenuo u uvodnom postu, a na koje ti mudro šutiš.

Opet ti sa tvojim „moraš isprobati svih 10 na n-tu kombinacija“...ne zakoračuješ u SVE neadaptivne kombinacije, zakoračuješ u slične. Kad zakoračiš u slično, onda je valjda veća šansa da slično bude i funkcionalno. To što ima 10 na ne znam koju mogućih varijanta je irelevantno u slučaju kada mutacija pogodi neki gen. U najgorem slučaju će mutacija upropastiti gen, pa šta? Dešava se svašta.

U živom svijetu proteini dolaze u grupama, porodicama sličnih nizova. Na primjer, hemoglobin služi za prijenos kisika u krvi, dok njegova drugačija varijanta mioglobin stoji u mišićima i ključan je kod morskih sisavaca, naime omogućava puno duže držanje zraka pod vodom. Prema tome evolucija ne može i neće omogućiti životinjama s plućima da dišu pod vodom, ali će omogućiti prilagodbu novonastalim uvjetima.

Stvar je jednostavno u tome da živi svijet za prilagodbu i evoluciju ne zahtijeva takve novotarije iz vedra neba kakve ti postavljaš kao uvijet. Nijedna vrsta sa plućima i dalje ne diše pod vodom, pumpanje krvi potječe iz kambrija, oplođivanje jajne stanice je još i starije, a vizualna funkcija pak još starija. Još iz pretkambrija ima fosila tragova koje su ostavljale crvolike životinje koje su morale imati mišiće, a time i krvožilni i živčani sustav. Čak i naši geni za živčani sustav imaju iznenađujućih sličnosti sa genima spužvi, čije ličinke ih koriste u međusobnoj „komunikaciji“. Dakle svi ti sustavi imaju preteču u jednostavnijim (i pradavnim) sustavima.

contradiction kaže:

Naravno da nove adaptacije, a koje su u okviru onih 10^43 mutacijskih resursa mogu nastati. Nigdje nisam niti rekao da ne mogu. No sugerirati da to pokazuje apsurdnost matematike koja se bavi λ-represorom, gdje resursi nisu dovoljni, je kao tvrditi da ja izračun potrošnje goriva za put od ZG do ST "apsurdan" zato jer je na kraćim relacijama potrošnja goriva manja. Jedino što je ovdje "apsurdno" jest logika tvojeg upisa.

Kako znaš da se život na Zemlji nije mogao razviti u današnje forme unutar ovih mutacijskih resursa?

Kao što rekoh prije, nije isto ako moraš odjednom izvući neki niz karata ili kod svakog izvlačenja zadržavaš pogođene.

contradiction kaže:

Jesi li ti siguran da odgovaraš na moj upis? Moj uvodni post ne bavi se vjerojatnošću nego omjerom neadaptivnih i adaptivnih mutacija u kontekstu raspoloživih mutacijskih resursa. A tvoji odgovori su kao copy/paste iz nekog priručnika: "Kako raspravljati sa kreacionistima."

Tvoj upis je varijanta na temu krecionističkog argumenta pa niti ne zaslužuje išta drugo nego šablonski odgovor.

[contradiction]

@bolid74

Argument se ne može osporiti njegovom deskripcijom i kategorizacijom nego dokazivanjem neistinitosti njegovih premisa ili greške u logičkom postupku. Možeš ti u svakom pasusu isticati nekakav kreacionistički karakter mojeg argumenta i u skladu s tim primjenjivati na njega svoje šablone, no njegove premise su toliko jednostavne i samorazumljive da takva taktika jednostavno ne može proći. Zbog toga ću se u nastavku fokusirati na tu jednostavnost odmakom od onih velikih brojki kojih se ti groziš i zbog kojih po automatizmu aktiviraš svoj red herring i šablonski pristup, te ću umjesto dugačkih nizova koristiti niz od samo tri nukleotida.

Pretpostavimo da postoji populacija organizama P sa sljedećim genetskim bazenom:

Organizam 1: TCGaGGTtTTGTCCAAACTGTGCACAaCATCTGTCCCTGgACTGGGTGTG TAT
Organizam 2: TCGaGGTTTGaTCCAAACTGTGCACACATCTGTggCCCTGACTGGGTGTG TAT
Organizam 3: ATCtGGGTTTGTCtCAAACTGTGCACACATCtGTTCCCTGACTGGGTGTG TAT
Organizam 4: TCtGtGGTTaTGTCCAAACTGTGCACACATCTGTacCCCTGACTGGGTca GTGTAT

Malim slovima su označene specifične mutacije koje su različite kod svakog organizma u populaciji dok su velikom slovima označeni funkcionalni geni koji su fiksirani u populaciji.

Evolucija novih alela(novih gena/funkcija/adaptacija) započinje "kopiranjem prethodnih inačica", pa ćemo tako pretspostaviti da je zbog greške u kopiranju genetskog materijala kod Organizma 2, došlo do kopiranja AAA niza nukleotida, što rezultira sljedećim genetskim bazenom:

Organizam 1: TCGaGGTtTTGTCCAAACTGTGCAAAACAaCATCTGTCCCTGgACTGGGTGTGTAT
Organizam 2: TCGaGGTTTGaTCCAAACTGTGCACACATCTGTggCCCTGACTGGGTGTG TAT
Organizam 3: ATCtGGGTTTGTCtCAAACTGTGCACACATCtGTTCCCTGACTGGGTGTG TAT
Organizam 4: TCtGtGGTTaTGTCCAAACTGTGCACACATCTGTacCCCTGACTGGGTca GTGTAT

Navedena duplikacija(boldano) nema toksičan utjecaj na organizam te može slobodno evoluirati i tražiti nove adaptivne alele, baš kao što to tvrdi teorija. Pretpostavimo da se populacija nalazi u vodenom okruženju no nema u svom genetskom bazenu nizove nukleotida koji nose informaciju za funkciju disanja pod vodom. U takvom scenariju teorija evolucije postulira mutacije kako sredstvo modifikacije AAA duplikacije te pronalazak adaptivnih nizova nukleotida koji će predstavljati neke primitivne škrge odn. prvi korak u evoluciji složenih škrga.

No, takva proto-funkcija disanja pod vodom ne može se ostvariti sa svim mogućim kombinacijama dupliciranog niza nuklotida odn. njih 4^3=64. Neki od tih nizova kodiraju proto-vizualne, proto-metaboličke i proto-reproduktivne funkcije, drugi morfologije, a treći odn. velika većina njih je junk te nema nikakvu biološki funkciju. Tako od ukupnog broja kombinacija njih tri kodiraju za proto-funkciju disanja pod vodom, a to su CTT, CGT i CGG. Ta tri niza su ono što se zove adaptivni nizovi, a ostatak(61) su neadaptivni nizovi.

Gore navedeno je školski primjer evolucije. Imamo populaciju, genetski bazen, netoksičnu duplikaciju, adaptivne nizove i mutacije. Pošto je mutacija slučajan događaj gdje unaprijed nije poznato hoće li kod niza AAA biti pogođene baza jedan, dva ili tri, niti je poznato hoće li se na određenoj bazi pojaviti A, T, C ili G, adaptivni nizovi CTT, CGT i CGG imaju isti potencijal pojavljivanja kao i neadaptivni nizovi. No pošto je puno više neadaptivnih nizova 64-3=61, to znači da jedna, dvije, ili pet mutacije nisu dovoljne za pronalazak adaptivnih nizova. Nego, po matematičnom očekivanju, u prosjeku je potrebna 64/3 ili 21 mutacija. Drugim riječima, da bi adaptivni alel ušao u populaciju potrebna je 21 mutacija na lokusu koji sadrži duplirani gen. Naravno, mutacije se događaju linearno po cijelom genomu, a ne samo na dupliciranom lokusu, čime pojava adaptivnog alela traži puno više mutacija od tih 21, ne to je trenutno nebitno za moj argument.

Ovaj primjer sa tri nukleotida je ta "matematika" koja je u pozadini uvodnog posta. Ona, osim što je prilično jednostavna i samorazumljiva, niti je "moja" niti kreacionistička, niti ičija, ona je samo ... matematika.

Razlika između gornjeg primjera i onog u uvodnom postu je samo u brojkama, a cijeli postupak i svi parametri su potpuno identični. Tako umjesto tri adaptivna niza (CTT, CGT i CGG) imamo 10^59 adaptivnih nizova. Umjesto 61 neadaptivnog niza imamo između 10^119 i 4,95176x10^119 neadaptivnih nizova. I konačno, umjesto 21 potrebne mutacije imamo 10^63 potrebne mutacije.

Eto, sve što ti moraš napraviti jest da korištenjem gore navedene populacije i njenog genetskog bazena pokažeš koji korak na putu od dupliciranja "prethodne inačice" do pronalaska adaptivnog alela ne stoji te da argumentiraš zašto. Tako bi diskusija trebala izgledati, a ne da se raspucaš kao novogodišnji vatromet sa nekakvim kategorizacijama i deskripcijama argumenta, a o njegovoj suštini šutiš ko zaliven.

[skeptik]

Contradiction, ja nemam ništa protiv da se teoriju evolucije, kao i bilo koju drugu znanstvenu teoriju, dovodi u pitanje novim znanstvenim argumentima. S tim u vezi imam 3 pitanja za tebe:
1) Ovi zaključci koje izvodiš, jesu li to tvoji vlastiti zaključci ili si ih preuzeo iz nekog drugog izvora?
2) Ako si ih preuzeo iz drugog izvora, možeš li citirati taj izvor?
3) Ako su to (barem dijelom) tvoji vlastiti originalni zaključci, zašto ih ne pokušaš objaviti u nekom peer-review znanstvenom časopisu?

[vamvam]

contradiction kaže:

Razlika između gornjeg primjera i onog u uvodnom postu je samo u brojkama, a cijeli postupak i svi parametri su potpuno identični. Tako umjesto tri adaptivna niza (CTT, CGT i CGG) imamo 10^59 adaptivnih nizova. Umjesto 61 neadaptivnog niza imamo između 10^119 i 4,95176x10^119 neadaptivnih nizova. I konačno, umjesto 21 potrebne mutacije imamo 10^63 potrebne mutacije.

Broj potrebnih mutacija nije jednak omjeru broja adaptivnih i neadaptivnih nizova (niti omjeru broja adaptivnih nizova i ukupnog broja različitih nizova). Broj potrebnih mutacije je, u idealnom slučaju, jednak broju elemenata niza. Ako imaš niz od 92 elementa onda u idealnom slučaju možeš sa 92 mutacije iz jednog niza dobiti bilo koji drugi niz.

[contradiction]

skeptik kaže:

Contradiction, ja nemam ništa protiv da se teoriju evolucije, kao i bilo koju drugu znanstvenu teoriju, dovodi u pitanje novim znanstvenim argumentima. S tim u vezi imam 3 pitanja za tebe:
1) Ovi zaključci koje izvodiš, jesu li to tvoji vlastiti zaključci ili si ih preuzeo iz nekog drugog izvora?
2) Ako si ih preuzeo iz drugog izvora, možeš li citirati taj izvor?
3) Ako su to (barem dijelom) tvoji vlastiti originalni zaključci, zašto ih ne pokušaš objaviti u nekom peer-review znanstvenom časopisu?

Zaključci su naravno vlasiti, a rezultat su dugogodišnjeg proučavanja materije sa isključivo logičke pozicije. Što se tiče nekakve peer-review objave i to može usljediti u budućnosti, ali svaki argument može imati i neke kontraargumente koji se također moraju sagledati. Ovaj pokušaj diskusije je korak u tom smjeru. No pošto vidim da ovdje nema previše interesa za takvu diskusije, a potencijalni diskutanti u svemu vide nekakv kreacionizam vjerojatno ću se preseliti na neki strani forum.

[skeptik]

contradiction kaže:

Zaključci su naravno vlasiti, a rezultat su dugogodišnjeg proučavanja materije sa isključivo logičke pozicije. Što se tiče nekakve peer-review objave i to može usljediti u budućnosti, ali svaki argument može imati i neke kontraargumente koji se također moraju sagledati. Ovaj pokušaj diskusije je korak u tom smjeru. No pošto vidim da ovdje nema previše interesa za takvu diskusije, a potencijalni diskutanti u svemu vide nekakv kreacionizam vjerojatno ću se preseliti na neki strani forum.

Potencijalni diskutanti vide kreacionizam zato što njega dobro poznaju, te zato što se nisi jasno ogradio od kreacionizma. Ako to nije kreacionizam, trebaš jasno objasniti zašto nije.

Druga, još vaznija stvar trebaš bolje objasniti što tvoja teorija - jest. I to ne samo u matematičko-logičkom smislu, nego što to točno znači za evoluciju. Možeš li osnovnu ideju koncizno objasniti u obliku abstracta koji sadrži samo nekoliko rečenica? Svaki znanstveni rad sadrži takav jedan abstract, a tvoje objašnjenje ne sadrži abstract i zato je teško shvatiti što ti zapravo tvrdiš.

[contradiction]

skeptik kaže:

Potencijalni diskutanti vide kreacionizam zato što njega dobro poznaju, te zato što se nisi jasno ogradio od kreacionizma. Ako to nije kreacionizam, trebaš jasno objasniti zašto nije.

Druga, još vaznija stvar trebaš bolje objasniti što tvoja teorija - jest. I to ne samo u matematičko-logičkom smislu, nego što to točno znači za evoluciju. Možeš li osnovnu ideju koncizno objasniti u obliku abstracta koji sadrži samo nekoliko rečenica? Svaki znanstveni rad sadrži takav jedan abstract, a tvoje objašnjenje ne sadrži abstract i zato je teško shvatiti što ti zapravo tvrdiš.

Nije mi namjera bila izlagati argument u obliku znanstvenog rada jer forumu nije mjesto za nešto takvo. Umjesto toga htio sam skrenuti pažnju na jedan aspekt teorije evolucije koji je pretpostavljen bez ikakve kritičke valorizacije, a to je dostupnost resursa u razvoju živih bića od tzv. 'posljednjeg zajedničkog pretka svih živih bića' pa do složenih organizama kakvi postoje danas. U teoriji evolucije, populacijskoj genetici i drugim sličnim disciplinama fokus je na frekvenciji već postojećih funkcionalnih alela u genetskom bazenu populacije, a njihovo podrijetlo se pretpostavlja bez ikakve analize strukture kombinatornog prostora iz kojeg bi ti aleli morali nastati. Tako je za podrijetlo funkcionalnog odn. adaptivnog alela dovoljno ponuditi ovakvu rečenicu: genetske mutacije i varijacije koje pozitivno utječu na sposobnost preživljavanja i reprodukcije organizma u nekim životnim uvjetima proširit će se genetskim bazenom procesom prirodne selekcije ili genetskog otklona. Suština takvog pristupa jest da će se niz nukleotida za bilo koju potrebnu adaptaciju - biološku strukturu ili proces potreban za neke životne uvjete, bez problema pojaviti u genetskom bazenu populacije samo zato jer je genetski materijal izložen mutacijama. Tako je potrebno samo čekati da slučajne mutacije odrade svoj posao, a neslučajan proces selekcije će nakon toga bez problema proširiti nononastalu funkcionalnu adaptaciju populacijom. Međutim u stvarnosti, mutacije niti su beskonačne, niti usmjerene, a niti samo adaptivne. Umjesto toga one su ograničene, slučajne, a također i neadaptivne. Tako kad se gornja prepostavka kritički valorizira kroz prizmu te stvarnosti ispada da mutacija nema dovoljno niti za jednu malo složeniju adaptaciju, poput lambda represora, ili drugim riječima omjer neadaptivnih i adaptivnih mutacija za samo jedne životne uvjete, veći je od ukupnih mutacijskih resursa u povijesti živog svijeta. Eto, nadam se da je sad lakše shvatiti ono što je izrečeno uvodnim postom.

[MrBlc]

contradiction kaže:

Navedena duplikacija(boldano) nema toksičan utjecaj na organizam te može slobodno evoluirati i tražiti nove adaptivne alele, baš kao što to tvrdi teorija. Pretpostavimo da se populacija nalazi u vodenom okruženju no nema u svom genetskom bazenu nizove nukleotida koji nose informaciju za funkciju disanja pod vodom. U takvom scenariju teorija evolucije postulira mutacije kako sredstvo modifikacije AAA duplikacije te pronalazak adaptivnih nizova nukleotida koji će predstavljati neke primitivne škrge odn. prvi korak u evoluciji složenih škrga.

No, takva proto-funkcija disanja pod vodom ne može se ostvariti sa svim mogućim kombinacijama dupliciranog niza nuklotida odn. njih 4^3=64. Neki od tih nizova kodiraju proto-vizualne, proto-metaboličke i proto-reproduktivne funkcije, drugi morfologije, a treći odn. velika većina njih je junk te nema nikakvu biološki funkciju. Tako od ukupnog broja kombinacija njih tri kodiraju za proto-funkciju disanja pod vodom, a to su CTT, CGT i CGG. Ta tri niza su ono što se zove adaptivni nizovi, a ostatak(61) su neadaptivni nizovi.

Gore navedeno je školski primjer evolucije.

Gore navedeno nije školski primjer evolucije, već školski primjer nepoznavanja iste. Možda si ti sam došao do ovog razmišljanja, ali osnovna ideja koja te tu vodila je ona ista ideja na kojoj počivaju mnoge kreacionističke ideje, a koja proizlazi iz nerazumijevanja teorije evolucije.

Mutacija nije vođen proces niti evolucija traži određenu mutaciju, već se mutacije događaju slučajno, a drugi evolucijski mehanizmi putem razmožavanja i preživljavanja filtriraju mutacije otklanjajući štetne, miješajući neutralne i šireći povoljne.

Zgodno je napomenuti i da su znanstvenici dugo razbijali glavu zbog čega je spolno razmnožavanje toliko rašireno kad je naočigled manje efikasno - samo pola populacije je plodno. Upravo je ključ u neutralnim mutacijama: kod nespolnog razmnožavanja jedna korisna mutacija može nastati na jednoj lozi, a druga na drugoj, ali ne postoji mehanizam koji će iz toga stvoriti jedinku koja ima obe. Time je značajno smanjena šansa da nastane povoljna kombinacija više neutralnih mutacija. Međutim, kod spolnog razmnožavanja ta vjerojatnost je daleko veća.

Da se vratimo na tvoj primjer, ali pojašnjen kroz teoriju evolucije, a ne kroz ono što ti misliš da je teorije evolucije:
Recimo da imaš populaciju kopnenih životinja na malom otoku i razina vode počinje rasti dovoljno sporo. Na kopnu je sve manje površine, a time i hrane. One jedinke koje su u stanju doći do hrane u moru imaju veće šanse za preživjeti. Dakle, jedinke koje dulje mogu izdržat bez zraka imaju veći radijus u kojem mogu tražiti hranu, a time i preživjeti. Ukoliko se desi mutacija koja uzrokuje nabijanje mioglobina, ta mutacija će omogućiti upravo to i takva jedinka će imati veće šanse za preživljavanje i širenje svojih gena, a time i mutacije.

Međutim, takva mutacija je na kopnu neutralna, pa postoji mogućnost da je neki dijelovi populacije već nose. Ukoliko taj alel nije dominantan, potomci dvije jedinke koje nose taj gen imaju 25% šanse da će imati pozitivnu karakteristiku. S obzirom da će takvi biti dobro uhranjeni i jaki, velika je šansa da će se križati s jedinkama koje su iste takve, dok će ostatak populacije lagano izumirati.

Ako se otok potpuno potopi, trebati će im još mutacija, primjerice sposobnost pijenja morske vode. Ukoliko neka jedinka razvije tu mutaciju, ona će također imati bolje šanse preživljavanja. Ako ta jedinka pri tom nema nabijeni mioglobin, tu uskače razmnožavanje. Jedina koja može piti morsku vodu se ne mora boriti s ostalima za oskudni izvor, pa ima više vremena tražiti dostupnu hranu, jača je i ima više vremena za tražiti partnera i time su joj dobre šanse da nađe partnera sa nabijenim mioglobinom. Ako pri tom nosi gen, njeni potomci imaju 50 ili 25% šanse imati obe karakteristike i time imati još povoljnije uvjete za preživljavanje.

Ipak, za to sve skupa su i dalje male šanse (daleko veće nego tvoje projekcije govore, ali i dalje male), a to se ipak događa. Kreacionisti se tu opet pozivaju na greške u teoriji, ali se tu zapravo radi o logičkoj pogrešci survivorship bias - gledaš one koji su uspjeli, a zanemaruješ sve one populacije koje se nisu uspjele prilagoditi, pa su ili ostale na staništu na kojem su bile ili izumrle ako ih stanište nije više moglo podržavati.

[wand_1]

contradiction kaže:

Nije mi namjera bila izlagati argument u obliku znanstvenog rada jer forumu nije mjesto za nešto takvo.

Za jednog logičara kakav tvrdiš da jesi, nisi prepoznao jedan od osnovnih logičkih driblinga na koje te skeptik navukao, a to je kompleksno pitanje

Otprilike kao da te pitao jesi li prestao tući ženu, a ti pokušavaš odgovoriti sa da ili ne i ostati čist

[contradiction]

MrBlc kaže:

Gore navedeno nije školski primjer evolucije, već školski primjer nepoznavanja iste. Možda si ti sam došao do ovog razmišljanja, ali osnovna ideja koja te tu vodila je ona ista ideja na kojoj počivaju mnoge kreacionističke ideje, a koja proizlazi iz nerazumijevanja teorije evolucije.

Mutacija nije vođen proces niti evolucija traži određenu mutaciju, već se mutacije događaju slučajno, a drugi evolucijski mehanizmi putem razmožavanja i preživljavanja filtriraju mutacije otklanjajući štetne, miješajući neutralne i šireći povoljne.

Zgodno je napomenuti i da su znanstvenici dugo razbijali glavu zbog čega je spolno razmnožavanje toliko rašireno kad je naočigled manje efikasno - samo pola populacije je plodno. Upravo je ključ u neutralnim mutacijama: kod nespolnog razmnožavanja jedna korisna mutacija može nastati na jednoj lozi, a druga na drugoj, ali ne postoji mehanizam koji će iz toga stvoriti jedinku koja ima obe. Time je značajno smanjena šansa da nastane povoljna kombinacija više neutralnih mutacija. Međutim, kod spolnog razmnožavanja ta vjerojatnost je daleko veća.

Da se vratimo na tvoj primjer, ali pojašnjen kroz teoriju evolucije, a ne kroz ono što ti misliš da je teorije evolucije:
Recimo da imaš populaciju kopnenih životinja na malom otoku i razina vode počinje rasti dovoljno sporo. Na kopnu je sve manje površine, a time i hrane. One jedinke koje su u stanju doći do hrane u moru imaju veće šanse za preživjeti. Dakle, jedinke koje dulje mogu izdržat bez zraka imaju veći radijus u kojem mogu tražiti hranu, a time i preživjeti. Ukoliko se desi mutacija koja uzrokuje nabijanje mioglobina, ta mutacija će omogućiti upravo to i takva jedinka će imati veće šanse za preživljavanje i širenje svojih gena, a time i mutacije.

Međutim, takva mutacija je na kopnu neutralna, pa postoji mogućnost da je neki dijelovi populacije već nose. Ukoliko taj alel nije dominantan, potomci dvije jedinke koje nose taj gen imaju 25% šanse da će imati pozitivnu karakteristiku. S obzirom da će takvi biti dobro uhranjeni i jaki, velika je šansa da će se križati s jedinkama koje su iste takve, dok će ostatak populacije lagano izumirati.

Ako se otok potpuno potopi, trebati će im još mutacija, primjerice sposobnost pijenja morske vode. Ukoliko neka jedinka razvije tu mutaciju, ona će također imati bolje šanse preživljavanja. Ako ta jedinka pri tom nema nabijeni mioglobin, tu uskače razmnožavanje. Jedina koja može piti morsku vodu se ne mora boriti s ostalima za oskudni izvor, pa ima više vremena tražiti dostupnu hranu, jača je i ima više vremena za tražiti partnera i time su joj dobre šanse da nađe partnera sa nabijenim mioglobinom. Ako pri tom nosi gen, njeni potomci imaju 50 ili 25% šanse imati obe karakteristike i time imati još povoljnije uvjete za preživljavanje.

Ipak, za to sve skupa su i dalje male šanse (daleko veće nego tvoje projekcije govore, ali i dalje male), a to se ipak događa. Kreacionisti se tu opet pozivaju na greške u teoriji, ali se tu zapravo radi o logičkoj pogrešci survivorship bias - gledaš one koji su uspjeli, a zanemaruješ sve one populacije koje se nisu uspjele prilagoditi, pa su ili ostale na staništu na kojem su bile ili izumrle ako ih stanište nije više moglo podržavati.

Long story short - one jedinke koje imaju funkciju nabijanja mioglobina imati će veće šanse za preživljavanje i širenje svojih gena.

Zašto si uopće pisao taj opširan tekst kad je to u suštini isto ono što sam ja opisao u uvodnom postu? S druge strane potpuno si ignorirao pitanje neadaptivnog potencijala gena nositelja funkcije nabijanja mioglobina, što je pitanje kojim se ova tema bavi. Jel to opet neki copy/paste iz priručnika: "Kako raspravljati sa kreacionistima?"

[wand_1]

contradiction kaže:

Jel to opet neki copy/paste iz priručnika: "Kako raspravljati sa kreacionistima?"

Taj bi priručnik trebalo promijeniti u 'Zašto raspravljati s kreacionistima'.

[toxde]

genetske mutacije se ne desavaju slucajno. jer su se razvili mehanizmi. a i prirodna selekcija nije slucajan proces.

to su potvrdile i simulacije s evolucijom di su mutacije slucajne , nije bilo rezultata , kad su uveli ove mehanizme o kojima pricam doslo je do ubrzanja.

[contradiction]

wand_1 kaže:

Taj bi priručnik trebalo promijeniti u 'Zašto raspravljati s kreacionistima'.

Prvo pravilo akademske rasprave jest da je fokus na tvrdnji, a ne na njenom proponentu. To je stoga što istinitost tvrdnje ovisi o njenom poklapanju sa stanjem stvari na koje se odnosi, a ne o motivima i karakternim osobinama proponenta. E sad, zašto se oponenti tvrdnje iz naslova fokusiraju na ovo drugo, pa mikroskopom traže nekakvu moju motivaciju u krecionizmu ili pak dokazuju moje nepoznavanje evolucije ponavljanjem mojih riječi iz uvoda, dok se neadaptivni potencijal gena nositelja novih adaptacija u potpunosti ignorira, to na prvi pogled može biti misterij. No ipak, radi se o dobroj staroj taktici odvlačenja paženje za slabosti pozicije u raspravi ili konkretno, nemogućnosti osporavanja tvrdnje iz naslova.

toxde kaže:

genetske mutacije se ne desavaju slucajno. jer su se razvili mehanizmi. a i prirodna selekcija nije slucajan proces.

to su potvrdile i simulacije s evolucijom di su mutacije slucajne , nije bilo rezultata , kad su uveli ove mehanizme o kojima pricam doslo je do ubrzanja.

Ako je tako onda ti ne bi trebao biti problem odgvoriti na moj post #18

[MrBlc]

contradiction kaže:

Long story short - one jedinke koje imaju funkciju nabijanja mioglobina imati će veće šanse za preživljavanje i širenje svojih gena.

Zašto si uopće pisao taj opširan tekst kad je to u suštini isto ono što sam ja opisao u uvodnom postu? S druge strane potpuno si ignorirao pitanje neadaptivnog potencijala gena nositelja funkcije nabijanja mioglobina, što je pitanje kojim se ova tema bavi. Jel to opet neki copy/paste iz priručnika: "Kako raspravljati sa kreacionistima?"

I ja se pitam zašto sam ga pisao kad ga očito nisi čitao s razumijevanjem ili si preskakao dijelove koji ti se ne sviđaju.

Ako dođe do neadaptivne mutacije, ta jedinka nema povoljnije karakteristike i ostaje na trenutnom staništu sve dok na njemu može preživjeti i ono postoji. Ako se u čitavoj populaciji ne pojavi adaptivna mutacija, a uvjeti se previše promijene, ta populacija izumire.

Međutim, ti uporno ignoriraš sve one populacije koje su izumrle, gledaš one koje su preživjele i čudiš se kako je mala šansa za to bila.

toxde kaže:

genetske mutacije se ne desavaju slucajno. jer su se razvili mehanizmi. a i prirodna selekcija nije slucajan proces.

to su potvrdile i simulacije s evolucijom di su mutacije slucajne , nije bilo rezultata , kad su uveli ove mehanizme o kojima pricam doslo je do ubrzanja.

Može izvor?

[contradiction]

MrBlc kaže:

I ja se pitam zašto sam ga pisao kad ga očito nisi čitao s razumijevanjem ili si preskakao dijelove koji ti se ne sviđaju.

Ako dođe do neadaptivne mutacije, ta jedinka nema povoljnije karakteristike i ostaje na trenutnom staništu sve dok na njemu može preživjeti i ono postoji. Ako se u čitavoj populaciji ne pojavi adaptivna mutacija, a uvjeti se previše promijene, ta populacija izumire.

Međutim, ti uporno ignoriraš sve one populacije koje su izumrle, gledaš one koje su preživjele i čudiš se kako je mala šansa za to bila.

Čemu to permanentno ponavljanje nečega što niti najmanje nije sporno. Ja uopće ne oponiram tome što ti navodiš nego se bavim pitanjem duplikacije gena i njegovorm transformacijom u adaptivni gen mehanizmom mutacija odn. pitanjem koliko je mutacijskih resursa potrebno za prevladavanje njegove neadaptivne manifestacije. Što mi se to ne sviđa? Da će populacija izumrijeti ako se ne pojave adaptivne mutacije. Pa to je činjenica, što mi se tu ima ili ne ima sviđati? Prestani s tim izvrtanjem teza i fokusiraj se na temu topica.

[skeptik]

Konačno sam shvatio što točno contradiction tvrdi. Dakle tvrdnja je, u malo pojednostavljenom obliku da bi se lakše shvatila, slijedeća. Na Zemlji se dosad dogodilo oko 10^43 mutacija. Koliko od njih su poželjne mutacije? Na svaku poželjnu mutaciju dolazi 10^63 nepoželjnih, što znači da je matematičko očekivanje da se dosad dododilo oko 10^(-20) poželjnih mutacija, što je puno puno manje od jedne poželjne mutacije. Drugim rječima, ispada da se najvjerojatnije nije dogodila niti jedna poželjna mutacija, što je problem za teoriju evolucije.

Čisto logički i matematički, argument je korektan i a priori nema veze niti sa kreacionizmom niti sa nerazumijevanjem mehanizma evolucije. Međutim, nisam siguran da su brojke točne. Kako se točno može odrediti koliki broj mutacija su poželjne? Moguće je da je u gornjoj računici ogroman broj mutacija proglašen nepoželjnim, a zapravo su poželjne. Npr. ako bi na jednu poželjnu mutaciju dolazilo "samo" 10^33 nepoželjnih, tada bi, ako su ostale pretpostavke iste kao i prije, imali 10^10 ostvarenih poželjnih mutacija, što bi vjerojatno bilo dovoljno da objasni sav adaptivni varijabilitet koji vidimo.

Dakle ja bih rekao da se greška najvjerojatnije krije negdje u brojkama. Radi se o vrlo velikim brojkama, za koje čovjek ne samo da nema dobru intuiciju, nego i nema metodu da ih računa egzaktno. Sve te brojke dobivene su grubim procjenama, i moguće je da su neke od tih procjena jako pogrešne.

Još bih dodao da to sve pomalo podsjeća i na Boltzmann brain problem. Uz izvjesna pomalo naivna baratanja ogromnim brojkama, ispada da je puno vjerojatnije da je moj mozak slučajna statistička fluktuacija nego da je nastao evolucijom. https://en.wikipedia.org/wiki/Boltzmann_brain

[krena]

skeptik kaže:

Contradiction, ja nemam ništa protiv da se teoriju evolucije, kao i bilo koju drugu znanstvenu teoriju, dovodi u pitanje novim znanstvenim argumentima. S tim u vezi imam 3 pitanja za tebe:
1) Ovi zaključci koje izvodiš, jesu li to tvoji vlastiti zaključci ili si ih preuzeo iz nekog drugog izvora?
2) Ako si ih preuzeo iz drugog izvora, možeš li citirati taj izvor?
3) Ako su to (barem dijelom) tvoji vlastiti originalni zaključci, zašto ih ne pokušaš objaviti u nekom peer-review znanstvenom časopisu?

Ova mi je tematika jako poznata. Jer sam proveo mnoge sate rasprave sa ovim dr. biokemijskih znanosti sa moga otoka:
http://vixra.org/author/branko_kozulic

Možda je to preuzeto iz toga izvora !

Google-translate :

Jesu li znanstvenici već mogli nadmašiti sposobnosti evolucije?

Autori: Branko Kozulić, Matti Leisola

Prije više od dva tisućljeća Sokrati su razmišljali o tome da li naš Svemir i sve stvari u njoj upravljaju slučajnošću ili regulacijskom inteligencijom. Ovo filozofsko pitanje je živo do danas, budući da zagovornici niti jedne strane nisu bili u stanju uvjeriti svoje protivnike. Znanstvenici rijetko izražavaju ili prepoznaju jasno svoje filozofske pretpostavke i mnogi smatraju da nema prostora za filozofiju u znanosti. Naš je stav da, iako znanost ne može utvrditi koji je filozofski pogled točan, može pokazati koji je pogrešan. Ovdje kritički preispitavamo eksperimentalne rezultate koje su Jack W. Szostak i njegovi suradnici tijekom proteklih dvadeset godina dobili od funkcionalnih informacija među slučajnim RNA i protein sekvencama. Detaljno objasnimo zašto njihovi eksperimenti s nasumičnim ili djelomično randomiziranim proteinskim sekvencama ne oponašaju procese koji se odvijaju u prirodnim populacijama. Jednostavni izračuni pokazuju da su u laboratoriju znanstvenici pretraživali puno veći prostor od onoga koji je mogao biti pretraživan slučajnim prirodnim procesima. Nadalje, tvrde da je otkriće singletona i interakcijskih mreža protein-protein uklonilo koncept slučajnosti iz biokemije i da je neodarwinistički pogled na življeni svijet lažan. Vidimo neispravnu hegelijsku logiku kao glavni razlog za opstanak iluzije da je evolucija istinita, a istu logiku mnogim znanstvenicima dovodi u zabludu da prihvati prazne fraze kao "inherentno poremećene bjelančevine" kao egzistencijalno značajne.

Takvi razgovori su mene potakli da proučavam ovako nešto što sam jučer pisao:
https://www.forum.hr/showpost.php?p=6...9&postcount=13
Ali to je već kvazi-znanost !!

[krena]

skeptik kaže:

Konačno sam shvatio što točno contradiction tvrdi. Dakle trdnja je slijedeća. Na Zemlji se dosad dogodilo oko 10^43 mutacija. Koliko od njih su poželjne mutacije? Na svaku poželjnu mutaciju dolazi 10^63 nepoželjnih, što znači da je matematičko očekivanje da se dosad dododilo 10^(-20) poželjnih mutacija, što je puno puno manje od jedne mutacije. Drugim rječima, najvjerojatnije se nije dogodila niti jedna poželjna mutacija, što je problem za teoriju evolucije.

Čisto logički i matematički, argument je korektan i nema veze niti sa kreacionizmom niti sa nerazumijevanjem mehanizma evolucije. Međutim, nisam siguran da su brojke točne. Kako se točno može odrediti koliki broj mutacija su poželjne? Moguće je da je u gornjoj računici ogroman broj mutacija proglašen nepoželjnim, a zapravo su poželjne.

Taj isti tip mi je objasnio kako nastaje rezistentni soj ešerikije koli. Da bi ova bakterije postala otporna na antibiotik, treba 7 ciljanih mutacija. Teoretski je nemoguće da odjednom imamo bakteriju sa 7 mutacija.
Fora je u tome što jedna mutacija nastaje relativno često u populaciji (ako se uzme u obzir ogroman broj bakterija). A druga je fora u tome što svaka od tih 7 mutacija ipak stvori mrvicu otporniju bakteriju.
Rezistentni sojevi se često javljaju upravo u bolnicama gdje se antibiotici mnogo koriste. Oni ubijaju bakterije, ali uvije ima veliki broj koji nije uništen. Usred slučajnih mutacija, od toga velikog broja bakterija pojaviti će se neka sa mutacijom broj 1. I uskoro će biti samo ovaj soj na životu. Normalno, i njih će u količini recimo 90 % biti uništeno. Od preostalog broja sa mutacijom 1 , pojaviti će se neki koji će imati i mutaciju 2. I tako će taj proces ići sve do mutacija 1 , 2, 3, 4 , 5 , 6 , 7, Sa sedmom mutacijom imamo rezistentni soj otporan na tu vrstu antibiotika.
Ako nismo ovaj mehanizam uzeli u obzir, matematika će nam pokazati ubitačno velike brojeva da se odjednom pojavi sedmerostruka mutacija. Neka je vjerojatnost nastanka jedne mutacije 1 : 1 000 000
( 1 : 1na 6-tu) , nastanak 7 mutacija je omjer 1 : 10 na 42 potenciju.
A to je već ogroman broj, makar bilo u pitanju 10 na 10 bakterija

[contradiction]

skeptik kaže:

Konačno sam shvatio što točno contradiction tvrdi. Dakle trdnja je, u malo pojednostavljenom obliku da bi se lakše shvatila, slijedeća. Na Zemlji se dosad dogodilo oko 10^43 mutacija. Koliko od njih su poželjne mutacije? Na svaku poželjnu mutaciju dolazi 10^63 nepoželjnih, što znači da je matematičko očekivanje da se dosad dododilo oko 10^(-20) poželjnih mutacija, što je puno puno manje od jedne poželjne mutacije. Drugim rječima, ispada da se najvjerojatnije nije dogodila niti jedna poželjna mutacija, što je problem za teoriju evolucije.

Čisto logički i matematički, argument je korektan i a priori nema veze niti sa kreacionizmom niti sa nerazumijevanjem mehanizma evolucije. Međutim, nisam siguran da su brojke točne. Kako se točno može odrediti koliki broj mutacija su poželjne?

Da, to je otprilike to. S time da se ovdje radi o jednom jedinom ispodprosječnom genu koji kodira jedan specifični protein - lambda represor. No, ako pretpostavimo da je svaki korak u evoluciji jedan prosječni gen, što je nerealna pretpostavka jer mnoge složene funkcije traže puno gena istovremeno(RNA prekrajanje ili reprodukcija npr.) onda to znači da na svakom evolucijskom koraku na jednu poželjnu dolazi više nepoželjnih mutacija nego je zbroj svih mutacija u evoluciji. To pak znači da nema dovoljno resursa za jedan evolucijski korak, a kamoli za milijune koji su potrebni da se 'posljednji zajednički predak svih živih bića' transformira u složene organizame kakvi postoje danas.

Moguće je da je u gornjoj računici ogroman broj mutacija proglašen nepoželjnim, a zapravo su poželjne. Npr. ako bi na jednu poželjnu mutaciju dolazilo "samo" 10^33 nepoželjnih, tada bi, ako su ostale pretpostavke iste kao i prije, imali 10^10 ostvarenih poželjnih mutacija, što bi vjerojatno bilo dovoljno da objasni sav adaptivni varijabilitet koji vidimo.
Dakle ja bih rekao da se greška najvjerojatnije krije negdje u brojkama. Radi se o vrlo velikim brojkama, za koje čovjek ne samo da nema dobru intuiciju, nego i nema metodu da ih računa egzaktno. Sve te brojke dobivene su grubim procjenama, i moguće je da su neke od tih procjena jako pogrešne.

Broj poželjnih mutacija je odrediv u odnosu na okolinu kojoj se organizam mora prilagoditi. Ako je ta okolina intronsko-egzonska struktura gena koja traži cijeli niz radnji za izvršenje procesa prekrajanja onda ne možemo tvrditi da je jedan gen dovoljan za tu funkciju, nego se radi nužnosti istovremenog postojanja desetinama ili stotinama gena. Primjerice:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2080592/ - "Splicing of introns from mRNA precursors is a two-step reaction performed by the spliceosome, an immense cellular machine consisting of over 200 different proteins and five small RNAs (snRNAs)."

A kod toga, broj nepoželjnih mutacija raste eksponencijalno. Ako pretpostavimo da se radi o samo dva gena koji moraju postojati istodobno te uzmemo omjer iz početnog primjera onda to znači da na jednu poželjnu dolazi 10^126 nepoželjnih mutacija.

Dalje, tvoja pretpostavka o 10^33 nepoželjnih mutacija za jedan evolucijski korak je nerealna s obzirom na činjenicu da je veličina kombinatornog prostora jednog prosječnog gena oko 10^800, pa se lako se može dokazati da je tvoj omjer empirijski neutemeljen.

Npr. u dolje linkanom radu autori su na mjesto jedne od tri glavne domene proteina G3P - D2, stavili polipeptid RP3-42, te postavili pitanje o potrebnoj veličini populacije za postizanje divljeg tipa(što je u suštini pitanje omjera neadaptivnih i adaptivnih mutacija). Njihova procjena je 10^70. - "By extrapolation, we estimated that adaptive walking requires a library size of 10^70 with 35 substitutions to reach comparable fitness."

http://journals.plos.org/plosone/art...l.pone.0000096

Dakle, ako pretpostavimo da se gore navedeni primjer odnosi na jedan korak u evoluciji, opet se radi o enormnom manjku resursa.

[contradiction]

krena kaže:

Taj isti tip mi je objasnio kako nastaje rezistentni soj ešerikije koli. Da bi ova bakterije postala otporna na antibiotik, treba 7 ciljanih mutacija. Teoretski je nemoguće da odjednom imamo bakteriju sa 7 mutacija.
Fora je u tome što jedna mutacija nastaje relativno često u populaciji (ako se uzme u obzir ogroman broj bakterija). A druga je fora u tome što svaka od tih 7 mutacija ipak stvori mrvicu otporniju bakteriju.
Rezistentni sojevi se često javljaju upravo u bolnicama gdje se antibiotici mnogo koriste. Oni ubijaju bakterije, ali uvije ima veliki broj koji nije uništen. Usred slučajnih mutacija, od toga velikog broja bakterija pojaviti će se neka sa mutacijom broj 1. I uskoro će biti samo ovaj soj na životu. Normalno, i njih će u količini recimo 90 % biti uništeno. Od preostalog broja sa mutacijom 1 , pojaviti će se neki koji će imati i mutaciju 2. I tako će taj proces ići sve do mutacija 1 , 2, 3, 4 , 5 , 6 , 7, Sa sedmom mutacijom imamo rezistentni soj otporan na tu vrstu antibiotika.
Ako nismo ovaj mehanizam uzeli u obzir, matematika će nam pokazati ubitačno velike brojeva da se odjednom pojavi sedmerostruka mutacija. Neka je vjerojatnost nastanka jedne mutacije 1 : 1 000 000
( 1 : 1na 6-tu) , nastanak 7 mutacija je omjer 1 : 10 na 42 potenciju.
A to je već ogroman broj, makar bilo u pitanju 10 na 10 bakterija

Pitaj tog svog tipa koliko mutacija je potrošeno da bi se postigla otpornost. To je pitanje kojim se ovdje bavimo, a ne vjerojatnostima nastanka specifičnih mutacija.