Omjer neadaptivnih i adaptivnih mutacija kao Ahilova peta teorije evolucije

[MrBlc]

contradiction kaže:

Sad smo došli na razinu gdje ti tvrdiš da je dovoljno mahnuti čarobnim štapićem par mutacija i puf - eto ti oklopa, eto to mehanizam obrane od predatore, eto ti krila...

Tu ću uzeti slobodu da te citiram:

contradiction kaže:

ne stavljaj mi riječi u usta kako bi proinašao nekakav alibi za nebuloznost svojih postova.

contradiction kaže:

Kad je to sve tako jednostavno daj neke empirijske primjere kako to iz ne ne-škrgi nastaju škrge miješanjem nukleotida na nekom dupliranom genu. Mnoge ljudske populacije stotinama tisuća godina žive u priobalju i sigurno bi im škrge itekako koristile. I kod koga to nakon bilijuna, bilijuna i bilijuna mutacija nakon tisuća i tisuća generacija postoji samo "š" od škrgi?

Ako ih "mutacija slučajno dopadne" i onda je to korisno, sigurno već ima ogroman broj ljudi koji su na putu da imaju škrge i dišu pod vodom. Daj konačno neki empirijski primjer umjesto da već stoti put ponavljaš jedno te isto drugim riječima.

Ja tvrdim da niti se ljudima razvijaju škrge niti će se razviti, zato jer je omjer onoga što kodira "ne-škrge" i onoga što kodira škrge veći od ukupnog broja resursa u evoluciji. I svaka instanca opservacije dokazuje da sam u pravu.

Ne mogu ti dati primjer razvijanja škrga iz neškrga iz objektivno opravdanih razloga na koje ću se vratiti kasnije. Mogu ti dati analogan primjer koji se stvarno dogodio i kojeg podupiru dokazi: pluća su nastala od nepluća. Prema fosilima i genetskim sličnostima, preteča pluća je nastala odvajanjem jednog odvojka probavnog trakta koji je dobio novu ulogu. Kod nekih riba se razvio riblji mjehur, a kod drugih primitivna pluća.

S druge strane, možeš pratiti razvoj pluća u kopnenih životinja. Primjerice, kod žaba je pluća sličnija ribljem mjehuru nego primitivnim plućima, dok neke vrste davždevnjaka uopće nemaju ni pluća ni škrge već "dišu" kroz kožu i membrane u usnoj šupljini. Gmazovi imaju pluća s nekoliko pregrada... Ok, ovo sve skupa spada u barem srednjoškolsku biologiju, ako ne i osnovnoškolsku, tako da pretpostavljam da znaš.

Nađeni fosili i genetske sličnosti jasno pokazuju evolucijska grananja i razvoj pluća.

Sad da se vratim na razvoj škrga. Manje životinje, kod kojih je omjer površine i volumena tijela velik su mogle dobiti dovoljno kisika kroz kožu. Međutim, to je ograničavajući faktor za rast. Ona životinja koja bi dobila bilo kakav nabor na koži, koji efektivno povećava površinu kože u odnosu na volumen tijela, dobijala je više kisika i mogla je imati brži metabolizam ili narasti više od životinje bez nabora.

To je vjerojatno bila preteča škrga, ali tu dolazimo do prvog objektivnog razloga: iako logika nalaže da je to najvjerojatniji razvoj događaja, mislim da nema dovoljno podataka za jasnije zaključke jer je tu jako malo fosila, s obzirom da su prve ribe nastale iz beskralježaka siromašne koštane strukture.

Drugi objektivni razlog se više tiče tvog pitanja koje je u stilu onoga "znaju li ti roditelji da si gay". Ti tražiš primjer da se razviju škrge kod sisavaca. Ironično, ljudski embrij u jednoj fazi razvoja ima istu onu strukturu iz koje se kod riba razviju škrge. To u teoriji znači da bi se kod čovjeka mogla i dogoditi neka mutacija koja bi krenula prema ponovnom razvoju škrga. Međutim, u praksi, takva mutacija ne bi mogla biti pozitivna, čak ni za ljude koji žive na otocima. Zašto je to tako? Zato što se iz te strukture razvijaju važne strukture i organi, uključujući uši, štitnjaču, čeljust (ok, i kod ribe se čeljust razvije iz te strukture, osim kod riba koje nemaju donju čeljust)...
Malo opsežniji članak o tome: https://pigeonchess.com/2012/05/31/g...ny-other-name/

Nije ni da se takva mutacija nikad nije dogodila, ali je, na sreću, iznimno rijetka. Na sreću jer to obično predstavlja posao za kirurge. Dakle, da bi čovjek dobio škrge, on mora proći niz mutacija kojima bi izgubio važne i funkcionalne dijelove organizma.

S druge strane, ako ćemo pričati o tome bi li se kod nekoga mogle pojaviti škrge, onda bismo mogli prvo tražiti vodozemca koji zadržava škrge u odrasloj dobi, a čiji predak je u preobrazbi iz punoglavca u odraslu gubio škrge.

Što se čovjeka tiče, kod nas se zna pojaviti davno izguljeni rep, međutim, kako od toga repa ne samo da nemamo koristi, već nam je i vizualno odbojan, to nije neka poželjna karakteristika koja bi mogla zaživjeti.

contradiction kaže:

No za tebe je to piece of cake zato jer je mutacija nekog slučajno dopala i pokazala se korisnom. I ti smatraš da je to suvisli način objašnjenja složenih struktura i organa i oponiranja mojem matematičkom omjeru?

Mogao bih opet ponoviti onaj gornji citat. Nisam napisao da je to piece of cake, već kažem da nemamo nikakvog razloga smatrati da je svaka životinja baš trebala dobiti onu prilagodbu koju je dobila. Ti uporno impliciraš da je pri svakoj pojavi mutacije trebala doći točno ta određena prilagodba ili bi životinja izumrla.

To je bio samo jedan od mogućih (pozitivnih) ishoda. Upravo nam raznolikost vrsta pokazuje da su raznovrsne prilagodbe moguće, pogotovo kad imamo slučajeve u kojima su se relativno slične životinje na istom području prilagodile na različite načine. Svakako, predak gazele nije dobio mutaciju s kojom je odmah mogao potegnuti 80 - 100 km/h već je bio tek nešto brži od ostatka populacije. Međutim, to je bilo dovoljno jer ni predak geparda nije odmah mogao potegnuti 80 - 110 km/h, već je bio tek nešto brži od ostalih predatora.

contradiction kaže:

Ako ti tvrdiš da je A nastalo od B, dupliranjem A i onda nasumičnim repozicioniranjem čestica koje tvore A, onda tvoje objašnjenje podrazumijeva da je proces repozicioniranja trošio resurse kako bi iz jednog stanja došao u drugo. Ako ja nakon toga izmjerim koliko "ne-B", može nastati iz A te nakon toga tvrdim da po matematičkom očekivanju treba N resursa za transformaciju A u B, kakve to veze ima sa procesiranjem informacija, oprimizacijom, mravinjakom, Newtonom, algoritmima, kaosom, determinizmom, nelinearnim dinamičkim sustavima, slijepim urarom...? Nikakve. To je samo tvoj pokušaj promjene teme diskusije pošto nemaš argumente za svoju inicijalnu tvrdnju.

Dakle, kopirali smo opaženi mehanizam evolucije i primijenili na problem koji je na klasičan način "skupo" riješiti po pitanju resursa i naš mehanizam je taj problem riješio daleko efikasnije, te pokazao da povećanjem kompleksnosti problema ne dolazi do eksponencijalnog rasta potrebnih resursa. Dakle, ti matematički, uz niz pretpostavki, tvrdiš da je dolazak do rješenja statistički nevjerojatan, a opaženi algoritam pokazuje da je daleko efikasniji od tvog izračuna, odnosno da te pretpostavke možeš objesiti mačku o rep.

contradiction kaže:

Jedno od osnovnih pravila akademske rasprave jest da onaj koji iznese tvrdnju mora ju dokazati.

Ja još čekam dokaze:

• da je svaka kombinacija aminokiselina moguća
• da je svaka kombinacija aminokiselina jednako vjerojatna
• da je lambda represor bio nužan
• da je lambda represor bio jedina moguća prilagodba u uvjetima u kojima se pojavio

Niti jednu od tih tvrdnji nisi dokazao ni argumentirao, a, ili si ih eksplicitno naveo, ili si ih implicirao sa svojom matematikom.

contradiction kaže:

No pogledaj ovaj jednostavan silogizam:

Prema teoriji evolucije organizmi koji nisu imali škrge su razvili škrge.
Ljudi su organizmi koji nemaju škrge.
Dakle, ljudi bi po teoriji evolucije mogli razviti škrge.

Eto, vidiš kako je jednostavno. Negiraš temeljne logičke implikacije teorije evolucije i onda meni govoriš da se sramotim. Koji ti je point toga?

Ako A pripada skupu C i može postati B, to ne implicira da D koji također pripada skupu C može postati B.

[skeptik]

contradiction kaže:

Zašto se ljudi kod rasprava o evoluciji uvijek pozivaju na nekakve primjere van biologije, a ne uzmu neki primjer iz tolikog bogatstva živog svijeta koji ih okružuje? Možeš li mi odgovoriti na to pitanje jer gotovo uvijek kad raspravljam o evoluciji, svaki put kad se rasprava spusti na malo određenju razinu gdje bi se konkretno trebalo objasniti djelovanje evolucijskih mehanizama, ljudi od bioloških primjera počnu bježati ko od kuge i spremni su koristiti gotovo sva područja van biologije kako objasnili evoluciju. Zašto?

Biološki sistemi su vrlo kompleksni, ali se zasnivaju na nekim općenitim principima koji se mogu lakše shvatiti na jednostavnim nebiološkim primjerima. Eto zato!

Uostalom, i ti si sam koristio analogiju sa nedostatkom goriva u rezervoaru, na što sam ti ja odgovorio sličnom protuanalogijom.

[kumek]

Dobro ste i durali......

[contradiction]

MrBlc kaže:

Ne mogu ti dati primjer razvijanja škrga iz neškrga iz objektivno opravdanih razloga na koje ću se vratiti kasnije. Mogu ti dati analogan primjer koji se stvarno dogodio i kojeg podupiru dokazi: pluća su nastala od nepluća. Prema fosilima i genetskim sličnostima, preteča pluća je nastala odvajanjem jednog odvojka probavnog trakta koji je dobio novu ulogu. Kod nekih riba se razvio riblji mjehur, a kod drugih primitivna pluća.

S druge strane, možeš pratiti razvoj pluća u kopnenih životinja. Primjerice, kod žaba je pluća sličnija ribljem mjehuru nego primitivnim plućima, dok neke vrste davždevnjaka uopće nemaju ni pluća ni škrge već "dišu" kroz kožu i membrane u usnoj šupljini. Gmazovi imaju pluća s nekoliko pregrada... Ok, ovo sve skupa spada u barem srednjoškolsku biologiju, ako ne i osnovnoškolsku, tako da pretpostavljam da znaš.

Nađeni fosili i genetske sličnosti jasno pokazuju evolucijska grananja i razvoj pluća.

A u osnovnoškolsku logiku spada to da hipoteza sličnosti između A i B nije dokaz razvoja B iz A ili obrnuto. Nitko ne može "pratiti razvoj pluća u kopnenih životinja" jer nitko od ljudi nije bio prisutan kad se se pluća eventualno razvijala. Sve što možemo "pratiti" odn. vidjeti je to da različiti organizmi imaju različit način prijenosa kisika iz atmosfere ili vode u krvotok. No, to ne dokazuje evolucijski razvoj nego ga eventualno indicira, pa se iz činjenice da su A i B slični i da je B složeniji od A, može postaviti hipoteza - B se razvio iz A. Nakon toga ta hipoteza se testira npr. matematički tako da se utvrdi genetska razlika između tih struktura i izračuna koliko bi mutacija bilo potrebno za hipotetički postavljene transformacije.

A to je upravo ono što sam ja napravio u uvodnom postu i kasnije u diskusiji. Tako sam primjerice dao istraživanje gdje su autori na mjesto jedne od tri glavne domene proteina G3P - D2, stavili polipeptid RP3-42, te postavili pitanje o potrebnoj veličini populacije za postizanje adaptibilnog proteina. Dakle, krenulo se od hipoteze sličnosti proteina(sličnosti A i B) i došlo se do zaključka da transformacija iziskuje populaciju veličine 10^70, što drugim riječima znači da je potrebno 10^70 mutacijskih resursa da bi se A razvilo u B. Dakle, hipoteza je testirana i matematički je falsificirana jer je ukupni broj resursa u evoluciji 10^43. Naravno, za razvoj pluća je potrebno puno više resursa pošto pluća imaju puno više gradivnih elemenata od proteina pa komotno možemo zaključiti da tvoja hipoteza o razvoju pluća ne drži vodu. A to što hipoteze tretiraš kao empirijske činjenice to ne želim niti komentirati.

Mogao bih opet ponoviti onaj gornji citat. Nisam napisao da je to piece of cake, već kažem da nemamo nikakvog razloga smatrati da je svaka životinja baš trebala dobiti onu prilagodbu koju je dobila. Ti uporno impliciraš da je pri svakoj pojavi mutacije trebala doći točno ta određena prilagodba ili bi životinja izumrla.

Ja ne impliciram da se trebala dogoditi točno određena prilagodba nego je teorija evolucije(TE) ta koja to implicira. Npr. ako u prirodi postoje točno "određene" supstance, a TE tvrdi da je enzim adaptacija na tu supstancu, onda se morala dogoditi točno "određena" promjena u genetskom materijalu jer se sa bilo kakvim nizovima nukleotida supstanca ne može metabolizirati. Već sam nekoliko puta tijekom rasprave ponovio slične primjere, no ti ih uporno i uporno ignoriraš i onda već u sljedećem pasusu tvrdiš da se ne mora dogoditi točno određena prilagodba i da ja ne razumijem TE ako nešto takvo tvrdim.

Takvim pristupom demonstriraš apsolutno identične obrasce ponašanja koje imaju klasični teoretičari zavjere. Sto puta im osporiš neku tvrdnju, oni to ignoriraju i već u sljedećem ciklusu razmjene ponove istu osporenu tvrdnju kao da se ništa nije dogodilo.

Dakle, kopirali smo opaženi mehanizam evolucije i primijenili na problem koji je na klasičan način "skupo" riješiti po pitanju resursa i naš mehanizam je taj problem riješio daleko efikasnije, te pokazao da povećanjem kompleksnosti problema ne dolazi do eksponencijalnog rasta potrebnih resursa. Dakle, ti matematički, uz niz pretpostavki, tvrdiš da je dolazak do rješenja statistički nevjerojatan, a opaženi algoritam pokazuje da je daleko efikasniji od tvog izračuna, odnosno da te pretpostavke možeš objesiti mačku o rep.

Nešto takvo može bubnuti samo netko tko se ne razumije niti u evolucijske algoritme niti u evoluciju kao biološki proces.

Evolucijski algoritmi nisu čarobni mehanizam koji će magično reducirati kombinatorni prostor i doći do rješenja, nego metoda pretraživanja gdje se algoritam hrani aktivnom informacijom koja daje podatke o strukturi kombinatornog prostora. To ću ti demonstrirati na najjednostavniji mogući način: upravo sam na papir napisao rečenicu od stotinjak slova. Može li stručnjak za evolucijske algoritme napraviti algoritam koji će otkriti sadržaj rečenice? Drugim riječima, može li reducirati kombinatorni prostor od 30^100 kako bi prečacem došao do toga što piše na papiru, samo zato što zna napisati algoritam?

Očito da ne, a to je stoga što nema apsolutno nikakve informacije o strukturi moje rečenice. Tako da je jedini način da se reducira kombinatorni prostor taj što ću mu ja dati aktivnu informaciju kod koje će selekcijski kriterij biti npr. prvo slovo moje rečenice ili veličina određene riječi u rečenici. Onda će se temeljem te aktivne informacije postaviti fitness funkcija i jedinke u algoritmu će se selektirati temeljem nje. Tako će se nakon randomizacije stanja(mutiranja genoma) selektirati one jedinke kod kojih prvo slovo odgovara slovu iz moje rečenice ili one kod kojih dužina prve riječi najviše odgovara originalnoj.

U biološkoj evoluciji ne postoji komunikacija između gena koji mutira i prirodnih uvjeta na osnovi koje bi se npr. selektirale one jedinke koje imaju ispravnu mutaciju na prvoj bazi, nego se jedinka odabire tek kad je gen u potpunosti formiran i posjeduje adaptibilno svojstvo. Zato se kod biološke evolucije ne može reducirati kombinatorni prostor.

Dakle, tvoj argument je u suštiti ovo: contradiction, ti svoje pretpostavke o veličini kombinatornog prostora u evoluciji možeš objesiti mačku o rep zato jer smo pokazali da se aktivnom informacijom, inteligencijom, komunikacijom i programiranjem može reducirati kombinatorni prostor. Ili skrećeno, mi smo pokazali da evolucija čita, razmišlja, komunicira i vidi u budućnost i zato si ti u krivu.

Ja još čekam dokaze:

• da je svaka kombinacija aminokiselina moguća
• da je svaka kombinacija aminokiselina jednako vjerojatna
• da je lambda represor bio nužan
• da je lambda represor bio jedina moguća prilagodba u uvjetima u kojima se pojavio

Niti jednu od tih tvrdnji nisi dokazao ni argumentirao, a, ili si ih eksplicitno naveo, ili si ih implicirao sa svojom matematikom.

Ja polazim od toga da općepoznate stvari nije potrebno dokazivati. To da je svaka kombinacija 20 aminokiselina moguća proizlazi iz činjenice da svaka aminokiselina sadrži amino skupinu (-NH2) i karboksilnu skupinu (-COOH), a aminokiseline su u polipeptidnom lancu povezane peptidnim vezama između karboksilne skupine jedne i amino skupine druge aminokiseline.

To da je svaka kombinacija aminokiselina jednako vjerojatna prolazi iz prirode slučajnog događaja gdje se unaprijed ne zna hoće li se kao baza u nizu nukleotida pojaviti A, T, C ili G.

To da je lambda represor bio nužan niti je moja tvrdnja niti slijedi iz bilo koje moje tvrdnje. Lambda represor nije bio nužan kao što nije nužno da ti dobiješ na lotu nakon što ispuniš loto listić. Nužno je jedino da budu izvučeni neki brojevi isto kao što je u procesu mutiranja nužno da se pojavi neka kombinacija nukleotida. A iz činjenica da lambda represor danas postoji, dok u abiotičkim uvjetima prije pet milijardi godina nije postojao, te iz činjenica da obavlja biološku funkciju u regulaciji eksperesije genoma bakteriofaga, logički slijedi da svaka hipoteza koja tvrdi da je on nastao djelovanjem mutacija ustvari tvrdi da su korišteni mutacijski resursi kako bi on pronašao današnju biološku funkciju. Sve što ja tvrdim jest to da se ta funkcija ne može ostvariti takvim postupkom zbog ogromnog broja nizova nukleotida koji ne kodiraju tu funkciju odn. zbog toga jer mutacijski resursi u evoluciji nisu dovoljni za prevladavanje ogromnog prostora nefunkcionalnih nizova.

Konačno, to da je lambda represor bio jedina moguća prilagodba u uvjetima u kojima se pojavio, pak je tautološka tvrdnja jer ono što se veže za DNA u helix-turn-helix (HTH) sekundarnoj strukturi i omogućije ekspresiju cl i Cro proteina(uvjeti) se naziva lambda represor, pa bi se tako "neka druga" prilagodba tim uvjetima ustvari zvala - lambda represor.

Eto, pogledaj koliko sam morao pisati samo za tih par tvojih neutemeljenih optužbi. I sve to radiš isključivo zato jer nemaš suvisle argumente protiv toga da se ogroman potencijal genetskog materijala za neadaptivnom potencijalom ne može savladati sa 10^43 mutacija. Negacija stvarnosti i očitih činjenica koju prezentiraš u svojem diskursu nužno te vodi potrebi za miniranjem diskusije i zato stalno optužuješ bez dokaza, izmišljaš tvrdnje koje niti sam izrekao niti logički slijede iz mojih upisa, tražiš dokaze za općepoznate stvari, izvrćeš teze, skrećeš s teme na irelevantne stvari, itd. Sve je to nužan arsenal kojeg moraš koristiti da bi sakrio činjenicu slabosti pozicije u raspravi.

Ako A pripada skupu C i može postati B, to ne implicira da D koji također pripada skupu C može postati B.

Implicira upravo to zato jer je u našem primjeru svojstvo skupa C ono što određuje ishod A i D.

[Dear Prudence]

Dear Prudence kaže:

A zašto bi omjer adaptivnih i neadaptivnih mutacija imao ikakve veze sa teorijom evolucije?

Čini se da je ovo pitanje neodgovorljivo!:klap:

[vamvam]

contradiction kaže:

U biološkoj evoluciji ne postoji komunikacija između gena koji mutira i prirodnih uvjeta na osnovi koje bi se npr. selektirale one jedinke koje imaju ispravnu mutaciju na prvoj bazi, nego se jedinka odabire tek kad je gen u potpunosti formiran i posjeduje adaptibilno svojstvo. Zato se kod biološke evolucije ne može reducirati kombinatorni prostor.

Ja bih rekao da ti čitavo vrijeme dokazuješ suprotno. Budući mi znamo da se evolucija dešava i znamo da se jedinka ne selektira tek kada je čitav gen formiran i posjeduje adaptibilno svojstvo (to je ono što si ti argumentima pokazao), možemo zaključiti jedino da se jedinka ne selektira tek kad je čitav gen formiran i posjeduje adaptibilno svojstvo jer evolucija reducira kombinatorni prostor.

[contradiction]

Dear Prudence kaže:

Čini se da je ovo pitanje neodgovorljivo!:klap:

Odgovor se nalazu u uvodnom postu tako da nema potrebe odgovarati na ono što je već opširno odgovoreno.

vamvam kaže:

Ja bih rekao da ti čitavo vrijeme dokazuješ suprotno. Budući mi znamo da se evolucija dešava i znamo da se jedinka ne selektira tek kada je čitav gen formiran i posjeduje adaptibilno svojstvo (to je ono što si ti argumentima pokazao), možemo zaključiti jedino da se jedinka ne selektira tek kad je čitav gen formiran i posjeduje adaptibilno svojstvo jer evolucija reducira kombinatorni prostor.

A ja bih rekao da ti niti sam ne razumiješ što si sad napisao.

[bolid74]

contradiction kaže:

Nisam se uopće izmotavao, nego sam rekao da svaka adaptacija koja je u okviru mutacijskih resursa može nastati. Na tvoj generalni primjer bez detaljnog objašnjenja dobio si generalni odgovor. No, ti si taj koji svoje reference mora objasniti, a ne ja. Jedno od osnovnih pravila akademske rasprave jest da onaj koji iznese tvrdnju mora ju dokazati.
Na moj upis da enormni potencijal genetskog materijala za neadaptivnom manifestacijom otkriva da evolucija ne može objasniti podrijetlo složenih adaptacija, ti si odgovorio - da može, zato jer je mutacijom enzima nastao protein koji ima svojstvo antifriza. Sve što trebaš dokazati jest da taj enzim prije mutacije nije bio složen i onda ga je ta mutacija učinila složenim. Tako se argumentiraju i dokazuju tvrdnje. Imaš link, istraži što tamo piše i onda to iznesi kao dokaz za ono što govoriš. Nakon toga ću ja dati kontraargument. No na praznu tvrdnju nemamo što odgovoriti, niti je moj posao da analiziram i proučavam tvoje linkove umjesto tebe.

Uglavnom, kompleksne prilagodbe ne mogu nastati, ali ako nastanu, one su u okvirima mutacijskih resursa. Kako elegantan argument! Jednostavno ne može omanuti.
U praksi to znači da opisane i shvaćene procese koji su doveli do pojave novih gena proglašavaš "u okvirima mutacijskih resursa", a one koji su nedokazivi trenutnom tehnologijom ili je vrijeme pojelo dokaze/tragove su "van okvira". Osim što ti je argument nemoguće falsificirati, on je ujedno i prikriveni "god of the gap".

Također sam odgovorio da je enormni potencijal genetskog materijala za neadaptivnom manifestacijom prazna tvrdnja i besmislica, isto kao što nukleotidi tvojih roditelja imaju enormni potencijal za 1 na pitaj boga koju potenciju kombinacija, a ipak si ispao ti.

To je zato jer geni imaju enormni potencijal za stvoriti prije svega istu kopiju, a onda eventualno malo drugačiju, a kad stvore previše različitu kopiju, onda to otpada iz populacije. Stoga oni nemaju potencijal stvoriti bilo što, kao što je očito iz teorije evolucije, novi biološki sustavi su uvijek modifikacija nekog prethodnog. Tvoja računica to nije uzela u obzir, stoga je bezvrijedna.

contradiction kaže:

Nažalost ti si taj koji se sramotiš. Npr. upravo si rekao ovo: "Prema teoriji evolucije ljudi ne mogu razviti škrge". No pogledaj ovaj jednostavan silogizam:
Prema teoriji evolucije organizmi koji nisu imali škrge su razvili škrge....

Ne svi. Znaš, postoje razlozi zašto je to tako.

contradiction kaže:

Ljudi su organizmi koji nemaju škrge.

Ajd barem nešto da si točno rekao

contradiction kaže:

Dakle, ljudi bi po teoriji evolucije mogli razviti škrge.

Ne. Postoje razlozi zašto je to tako.

contradiction kaže:

Eto, vidiš kako je jednostavno. Negiraš temeljne logičke implikacije teorije evolucije i onda meni govoriš da se sramotim. Koji ti je point toga?

To nisu temeljne logičke implikacije teorije evolucije. Point je u tome da nepoznavanjem teorije evolucije izvlačiš krive zaključke. Logika ti pritom pomaže da uz krivu premisu izvedeš krivi zaključak. Dok se razbacuješ nekom genetskom terminologijom to nije tako očito, ali onda blebneš ovako nešto...

[vamvam]

contradiction kaže:

A ja bih rekao da ti niti sam ne razumiješ što si sad napisao.

Mene uvijek veseli kada netko u mojim mislima pronađe neku dodatnu dubinu koje ni sam nisam svjestan. To je kao genetska mutacija.

[contradiction]

bolid74 kaže:

Uglavnom, kompleksne prilagodbe ne mogu nastati, ali ako nastanu, one su u okvirima mutacijskih resursa. Kako elegantan argument! Jednostavno ne može omanuti.

To nije moj argument nego plod tvoje mašte. Moj argument je da ono što je u okviru mutacijskih resursa nije kompleksno. Npr. u ovom radu Jack Szostak i Anthony D Keefe su iz biblioteke od 6 x 10^12 proteina sa 80 nasumičnih aminokiselinama slektirali one koji imaju sposobnost prijanjanja na ATP. Selekcija je rezultirala sa četiri funkcionalna proteina što drugim riječima znači da treba potrošiti oko 6 x 10^12/4 = 1,5 x10^12 mutacija kako bi se dobila funkcija prianjanja na ATP.

U biološkom smislu to je prilično banalna funkcija koja se može postići sa ogromnim brojem različitih 3D proteinskih struktura, a čak ne sadrži niti biološki nužno svojstvo otpuštanja. No već za tu jednostavnu funkciju potrebno je potrošiti ogroman broj resursa. Kad adaptabilnost osim prijanjanja iziskuje i neku dodatnu funkciju, kao što je npr., regulacija ekspresije gena koja traži specifičnu 3D strukturu(lambda represor iz uvodnog posta), onda se broj potrebnih resursa penje na 10^63. Kod enzima, gdje je potrebna najveća razina specifičnosti(Lock & Key Model) broj potrebnih resursa raste eksponencijalno. Razinu specifičnosti makro strukture poput zupčanika insekta Issus coleoptratus nije potrebno niti spominjati.

Upravo zbog toga što znam koliko resursa traži svaka nova razina specifičnosti odn. složenosti tražio sam te da argumentiraš tranziciju "enzim-antiftiz protein" kako bi vidjeli o kakvoj razini složenosti enzima i proteina se radi. No naravno, ti opet ništa nisi ponudio nego samo nastavljaš štancati prazne tvrdnje i izmišljati implikacije koje ne slijede iz mojih riječi.

[skeptik]

Ja mislim da je osnovna pogreška u tome što se mutacije ne mogu podijeliti na adaptivne i neadaptivne. Osim njih treba uvesti još i sivu zonu "polu-adaptivnih" mutacija, koje još nisu ono pravo što želimo, ali ipak idu u dobrom smjeru jer malo povećavaju vjerojatnost preživljavanja. I takvih polu-adaptivnih ima puno više nego adaptivnih.

To je kao traženje igle u stogu sijena. Ako nasumice tražiš dok ju slučajno ne nađeš, naprosto nemaš dovoljno vremena da ju nađeš. To je ono što contradiction tvrdi. No ako ti netko stalno pomaže tako što ti govori "toplo, hladno", e onda ju možeš naći relativno brzo. E sad, što je to što nam u evoluciji govori "toplo, hladno"? Umjesto tih riječi, imamo preživljavanje i izumiranje. Preživljavanje znači "toplo" a izumiranje "hladno". Ako vrsta slučajno dobije polu-adaptivnu mutaciju onda će ta nova vrsta vjerojatno malo bolje preživiti, pa će onda i slijedeće mutacije biti tu negdje u blizini.

[sal_mirabilis]

skeptik kaže:

Ja mislim da je osnovna pogreška u tome što se mutacije ne mogu podijeliti na adaptivne i neadaptivne. Osim njih treba uvesti još i sivu zonu "polu-adaptivnih" mutacija, koje još nisu ono pravo što želimo, ali ipak idu u dobrom smjeru jer malo povećavaju vjerojatnost preživljavanja. I takvih polu-adaptivnih ima puno više nego adaptivnih.

To je kao traženje igle u stogu sijena. Ako nasumice tražiš dok ju slučajno ne nađeš, naprosto nemaš dovoljno vremena da ju nađeš. To je ono što contradiction tvrdi. No ako ti netko stalno pomaže tako što ti govori "toplo, hladno", e onda ju možeš naći relativno brzo. E sad, što je to što nam u evoluciji govori "toplo, hladno"? Umjesto tih riječi, imamo preživljavanje i izumiranje. Preživljavanje znači "toplo" a izumiranje "hladno". Ako vrsta slučajno dobije polu-adaptivnu mutaciju onda će ta nova vrsta vjerojatno malo bolje preživiti, pa će onda i slijedeće mutacije biti tu negdje u blizini.

To sam napisao odmah na početku:

sal_mirabilis kaže:

Ako mutacija donese kakvu prednost, njezini će se nosioci množiti brže ili pogibati sporije. Ako nosi štetu, množit će se manje, ako uopće, a umirati prije. No, postoji i siva zona - mutacije koje ne znače ništa posebno. One su golema većina svih mutacija koje se dogode i daleko su bitnije nego što se čini jer proširuju dostupan kombinatorijalni prostor. Naime, za mnoge evolucijske korake neće biti dovoljna jedna mutacija, nego više njih. Takovo nešto postaje sve nevjerojatnije, kako raste broj potrebnih mutacija. Međutim, kako već rekoh, mutacije se obično događaju jedna po jedna. To znači da je za velike evolucijske korake dovoljno da se prvo dogode one mutacije koje svojim nositeljima ne znače veliku štetu. Mali dio potomaka bićâ koja imaju gotovo sve što im treba za novi evolucijski iskorak imat će i tu preostalu mutaciju i započeti neku revoluciju, bila ona disanje zraka, gledanje ili spolno razmnožavanje. Dakle, iako se veliki koraci u evoluciji događaju razmjerno naglo, njihovi se temelji grade kroz milijune generacija, često savršeno neprimjetno.

A rekao sam i ovo, jednako bezodječno:

sal_mirabilis kaže:

Dok sam bio mlad, ovdje se kreacioniste i slična bića baniralo istom kad bi se pojavili, teme bi im se zaključale, a ključevi bacili u najbližu crnu rupu. Što se dogodilo u međuvremenu?

Šteta što nisam rekao i da će nekoliko stranica kasnije pokretač teme biti jednako neumoljiv u svom neshvaćanju evolucijskih mehanizama. Ali mogu i sad reći da za Contradiction ovo jedino može završiti svađom i još jačim uvjerenjem da je evolucija samo mit, dočim se ostala raja slobodno može zabavljati još danima.

[sal_mirabilis]

sal_mirabilis kaže:

Šteta što nisam rekao i da će nekoliko stranica kasnije pokretač teme biti jednako neumoljiv u svom neshvaćanju evolucijskih mehanizama. Ali mogu i sad reći da za Contradiction ovo jedino može završiti svađom i još jačim uvjerenjem da je evolucija samo mit, dočim se ostala raja slobodno može zabavljati još danima.

Za slučaj da sam u krivu, jedno osobno pitanje, ne posve nevezano za temu:

Contradiction, smatraš li da je evolucija ispravan način na koji se tumači porijeklo i razvoj života (na Zemlji)?

[Frogger]

sal_mirabilis kaže:

A rekao sam i ovo, jednako bezodječno:

Ma ić će ovo pod ključ, samo da contradiction prokljuvi da tu nema nikog sposobnog da shvati njegovo shvaćanje, a niti ikog zanima.

U međuvremenu bilo je dobrih postova, moglo se ponešto i naučit

[sal_mirabilis]

Frogger kaže:

Ma ić će ovo pod ključ, samo da contradiction prokljuvi da tu nema nikog sposobnog da shvati njegovo shvaćanje, a niti ikog zanima.

U međuvremenu bilo je dobrih postova, moglo se ponešto i naučit

To svakako. U biti ispada da je Contradiction ovdje koristan svima osim sebi.

[Tigarx]

MrBlc kaže:

Zar misliš da koza jede jer je promislila da osjeća glad, pa bi trebala nešto pojesti? Ili jede možda zato što je to instiktivni odgovor na osjet gladi i dostupnost hrane?

Ako u neku čašu uliješ vodu i živu, živa je gušća i pada na dno, pa što više žive uliješ, manje vode stane. Prostor u čaši je resurs oko kojeg se voda i živa "natječu", a veća gustoća je komparativna prednost žive u borbi za taj resurs.

Zar nije jednostavnije spomenuti fizikalne ili kemijske podrazaje iz okoline nego spominjati koze i glad? Ali ne, treba laprdati.

[MrBlc]

Tigarx kaže:

Zar nije jednostavnije spomenuti fizikalne ili kemijske podrazaje iz okoline nego spominjati koze i glad? Ali ne, treba laprdati.

Kako god je tebi lakše shvatiti "natjecanje" za resursima koje ne uključuje svjesnu odluku...

[krena]

Evo nešto o tome kakve su mutacije i koliko su česte: http://www.genetika.biol.pmf.unizg.hr/pogl14.html

Meni je interesantna tkz. sprasta anemija. U teoretskom smislu to je BOLEST !
Ali je ta bolest u africi postala faktorom preživljavanja. Oni koji nemaju tu bolest lako da će umrijeti od malarije.
Dakle, nije svaki puta loša mutacija stvarno loša. U ovom slučaju je u pitanju nužno zlo.
Bila je jedna tema od prije 7 godina.

A njezina bit je u ovome:

Teorija biološke evolucije je kompleksan pojam koji u sebi ima mnogo faktora. Jedan od njih, vrlo važan, jest Darwinova teorija, koja se temelji na dva načela: slučajnoj mutaciji i prirodnoj selekciji. Naša mala znanstvena grupa u Zagrebu, u kojoj sudjeluju Marija Rosandić, Matko Glunčić, Ivan Basar i Ines Vlahović, stvorila je u svijetu jedinstveni novi teorijski pristup za kompjutorsku identifikaciju i analizu periodičnih i superperiodičnih struktura u genomu. Dok su vrlo male razlike između gena čovjeka i čimpanze, mi smo našom novom metodom otkrili goleme razlike između dijelova genoma izvan gena. Te su razlike toliko velike, a pravilnosti toliko sofisticirane, da je pitanje je li to moglo nastati samo prirodnom selekcijom nakon što su se čovjek i čimpanza odvojili od zajedničkog pretka. Nakon rušenja “temeljne dogme molekularne biologije” i prepoznavanja pojma regulatora u genomu kao ključnog upravljača, još se više aktualizira pitanje nisu li neki drugi, dosad potpuno nepoznati prirodni zakoni, odgovorni za visokosofisticiranu strukturu genoma, koja sve više sliči fantastično složenoj kompjutorskoj mreži. A kako su mogli nastati zacijelo fantastično složeni kompjutorski programi koji upravljaju tom kompjutorskom mrežom??? A što se tiče same ideje teorije evolucije, ona nije sporna: koliko je poznato, u srednjem vijeku iznio ju je skolastičar Theodoricus u vezi s metaforičkom interpretacijom Biblije. Potom u 17. stoljeću iznio ju je jedan židovski rabin u vezi s interpretacijom svete knjige Tore. U 19. stoljeću istodobno su dvojica znanstvenika iznijela argumente za teoriju evolucije, Darwin i Wallace, ali je Darwin bio vještiji u promidžbi, a Wallace je imao sumnje je li se na taj način može osim tjelesnih karakteristika tumačiti također i razvoj jedinstvenih kognitivnih sposobnosti čovjeka.

Pročitajte više na: https://www.vecernji.hr/premium/vlad...i-genom-507086 - www.vecernji.hr

Samo V. Paar mora znati da je jedna stvar proučavati genom u laboratoriju, a druga je stvar pratiti razvoj primata prema čovjeku. To bi trebalo pratiti u prirodi, ali je tehnički neizvodivo.
Moramo znati da koliko god je razvijena mikrobiologija, ona je još u povojima.
Da nije u povojima, rak bi bio davno izliječiva bolest.

[MrBlc]

contradiction kaže:

A u osnovnoškolsku logiku spada to da hipoteza sličnosti između A i B nije dokaz razvoja B iz A ili obrnuto. Nitko ne može "pratiti razvoj pluća u kopnenih životinja" jer nitko od ljudi nije bio prisutan kad se se pluća eventualno razvijala. Sve što možemo "pratiti" odn. vidjeti je to da različiti organizmi imaju različit način prijenosa kisika iz atmosfere ili vode u krvotok. No, to ne dokazuje evolucijski razvoj nego ga eventualno indicira...

Ako to potvrđuju istovremeno: analize nađenih fosila, genetske analize vrsta iz kojih je moguće odrediti evolucijska grananja, te embriološki razvoj, onda to nije "samo indicija".

contradiction kaže:

... pa se iz činjenice da su A i B slični i da je B složeniji od A, može postaviti hipoteza - B se razvio iz A. Nakon toga ta hipoteza se testira npr. matematički tako da se utvrdi genetska razlika između tih struktura i izračuna koliko bi mutacija bilo potrebno za hipotetički postavljene transformacije.

Očekivanje nam ne daje ama baš nikakvu potvrdu ili falsifikaciju hipoteze na uzorku od jednog slučaja. Ako ti to nije jasno, onda ti nedostaje poprilično znanja iz statistike i znanstvene metode da bi uopće bio u stanju išta tu argumentirati. (1)

contradiction kaže:

A to je upravo ono što sam ja napravio u uvodnom postu i kasnije u diskusiji. Tako sam primjerice dao istraživanje gdje su autori na mjesto jedne od tri glavne domene proteina G3P - D2, stavili polipeptid RP3-42, te postavili pitanje o potrebnoj veličini populacije za postizanje adaptibilnog proteina. Dakle, krenulo se od hipoteze sličnosti proteina(sličnosti A i B) i došlo se do zaključka da transformacija iziskuje populaciju veličine 10^70, što drugim riječima znači da je potrebno 10^70 mutacijskih resursa da bi se A razvilo u B. Dakle, hipoteza je testirana i matematički je falsificirana jer je ukupni broj resursa u evoluciji 10^43.

Oprosti, ali sad me stvarno zanima da li ti linkove koje postaviš kao argumente stvarno pročitaš od početka do kraja s razumijevanje ili samo proletiš kroz materiju dok ne nađeš brojku koja ti se sviđa?

Ovo istraživanje se kosi s onim što ti tvrdiš:

The landscape structure has a number of implications for initial functional evolution of proteins and for molecular evolutionary engineering. First, the smooth surface of the mountainous structure from the foot to at least a relative fitness of 0.4 means that it is possible for most random or primordial sequences to evolve with relative ease up to the middle region of the fitness landscape by adaptive walking with only single substitutions. In fact, in addition to infectivity, we have succeeded in evolving esterase activity from ten arbitrarily chosen initial random sequences [17]. Thus, the primordial functional evolution of proteins may have proceeded from a population with only a small degree of sequence diversity.

Dakle, do relativnog fitnesa od 0,4 je u pravilu moguće doći čak i korištenjem iskučivo jednostavnog mehanizma mutacija, čak i ako smo krenuli od jako malog stupnja raznolikosti (2).

Međutim, brojke koje ti navodiš se odnose na ekstrapolaciju koju je nemoguće testirati, a koja je potrebna za preskočiti iz lokalnog maksimuma u globalni maksimum korištenjem isključivo navedenog mehanizma:

By extrapolation, we estimated that adaptive walking requires a library size of 10^70 with 35 substitutions to reach comparable fitness. Such a huge search is impractical and implies that evolution of the wild-type phage must have involved not only random substitutions but also other mechanisms, such as homologous recombination. Recombination among neutral or surviving entities may suppress negative mutations and thus escape from mutation-selection-drift balance. Although the importance of recombination or DNA shuffling has been suggested [30], we did not include such mechanisms for the sake of simplicity. However, the obtained landscape structure is unaffected by the involvement of recombination mutation although it may affect the speed of search in the sequence space.

Studija se uopće nije bavila implikacijama kojima se ti baviš, pa nije bilo ni važno da se komplicira dodatnim mehanizmima.

contradiction kaže:

Naravno, za razvoj pluća je potrebno puno više resursa pošto pluća imaju puno više gradivnih elemenata od proteina pa komotno možemo zaključiti da tvoja hipoteza o razvoju pluća ne drži vodu. A to što hipoteze tretiraš kao empirijske činjenice to ne želim niti komentirati.

Znaš li da tanko crijevo ima sposobnost apsorpcije kisika? Stvaranje pluća iz izdanka tankog crijeva nije baš toliko nevjerojatno koliko ti predstavljaš jer se samo dio organa specijalizira za funkciju za koju je već čitav organ sposoban. To nije baš usporedivo s materijalizacijom organa iz ničega, kao što si ti implicira sa škrgama.

contradiction kaže:

Ja ne impliciram da se trebala dogoditi točno određena prilagodba nego je teorija evolucije(TE) ta koja to implicira. Npr. ako u prirodi postoje točno "određene" supstance, a TE tvrdi da je enzim adaptacija na tu supstancu, onda se morala dogoditi točno "određena" promjena u genetskom materijalu jer se sa bilo kakvim nizovima nukleotida supstanca ne može metabolizirati. Već sam nekoliko puta tijekom rasprave ponovio slične primjere, no ti ih uporno i uporno ignoriraš i onda već u sljedećem pasusu tvrdiš da se ne mora dogoditi točno određena prilagodba i da ja ne razumijem TE ako nešto takvo tvrdim.

Ali i dalje postoje bakteriofazi koji funkcioniraju bez lambda represora, što znači da ta prilagodba ipak nije bila nužna. Dogodila se i ta vrsta bakterija je od toga profitirala. Ok, dogodilo se da su slučajno izvučeni brojevi koje je Pero Perić uplatio, za što je bila mala šansa, ali se dogodilo. Brojevi koje je MrBlc uplatio nisu izvučeni, pa on umjesto da uživa na Maldivima, tu contradictionu pokušava objasniti razliku između očekivanja pojedinačnog događaja i statističke analize čitavog sustava, ali je živ i bez pogođenih brojeva.

contradiction kaže:

Ja polazim od toga da općepoznate stvari nije potrebno dokazivati. To da je svaka kombinacija 20 aminokiselina moguća proizlazi iz činjenice da svaka aminokiselina sadrži amino skupinu (-NH2) i karboksilnu skupinu (-COOH), a aminokiseline su u polipeptidnom lancu povezane peptidnim vezama između karboksilne skupine jedne i amino skupine druge aminokiseline.

Ako neka kombinacija uzrokuje gubitak postojeće adaptacije ili uzrokuje negativnu mutaciju, onda sve one kombinacije do kojih možeš doći samo ako prođeš preko te kombinacije postaju iznimno nevjerojatne ili nemoguće.

contradiction kaže:

To da je svaka kombinacija aminokiselina jednako vjerojatna prolazi iz prirode slučajnog događaja gdje se unaprijed ne zna hoće li se kao baza u nizu nukleotida pojaviti A, T, C ili G.

Ako kocka ima 6 strana, onda svaka strana ima vjerojatnost od 1/6. Međutim, ako imaš samo informaciju da neko geometrijsko tijelo ima 6 strana, a ne znaš radi li se o kocki ili nekom nepravilnom tijelu, to više ne možeš tvrditi. Kocke koje se koriste u kasinu se rade tako da se površina udubljenja na suprotnim stranama ujednači kako ne bi utjecala na ishod (to najlakše možeš primjetiti na jedinici koja je puno veća da bi kompenzirala šesticu).

[MrBlc]

Nastavak (dosegao sam limit duljine posta):

contradiction kaže:

To da je lambda represor bio nužan niti je moja tvrdnja niti slijedi iz bilo koje moje tvrdnje. Lambda represor nije bio nužan kao što nije nužno da ti dobiješ na lotu nakon što ispuniš loto listić. Nužno je jedino da budu izvučeni neki brojevi isto kao što je u procesu mutiranja nužno da se pojavi neka kombinacija nukleotida.

Pod nužan ne govorim o nužnosti u kontekstu vjerojatnosti, već o nužnosti u kontekstu toga da je bio potreban da ta vrsta bakteriofaga preživi. Kako ima bakteriofaga bez lambda represora, usudio bih se reći da nije bio nužan.

contradiction kaže:

A iz činjenica da lambda represor danas postoji, dok u abiotičkim uvjetima prije pet milijardi godina nije postojao, te iz činjenica da obavlja biološku funkciju u regulaciji eksperesije genoma bakteriofaga, logički slijedi da svaka hipoteza koja tvrdi da je on nastao djelovanjem mutacija ustvari tvrdi da su korišteni mutacijski resursi kako bi on pronašao današnju biološku funkciju. Sve što ja tvrdim jest to da se ta funkcija ne može ostvariti takvim postupkom zbog ogromnog broja nizova nukleotida koji ne kodiraju tu funkciju odn. zbog toga jer mutacijski resursi u evoluciji nisu dovoljni za prevladavanje ogromnog prostora nefunkcionalnih nizova.

Pogledaj pod (1) - ne možeš primjeniti očekivanje na jedan događaj i koristiti to kao dokaz da događaj nije bio slučajan. Onaj Pero Perić koji je dobio na lotu je uplatio jedan listić i imao sve vjerojatnosti protiv sebe, ali je ipak dobio.

contradiction kaže:

Konačno, to da je lambda represor bio jedina moguća prilagodba u uvjetima u kojima se pojavio, pak je tautološka tvrdnja jer ono što se veže za DNA u helix-turn-helix (HTH) sekundarnoj strukturi i omogućije ekspresiju cl i Cro proteina(uvjeti) se naziva lambda represor, pa bi se tako "neka druga" prilagodba tim uvjetima ustvari zvala - lambda represor.

Pod pretpostavkom da ti je IQ dovoljan da bi koristio PC, za očekivati je da ćeš shvatiti da je tvrdnja "da je lambda represor bio jedina moguća prilagodba u uvjetima u kojima se pojavio" evivalentna tvrdnji "da je sposobnost prelaza između lysogenog i lytičkog ciklusa jedina moguća prilagodba u uvjetima u kojima se pojavio", osim ako to želiš koristiti kao alibi za izbjeći argumente.

contradiction kaže:

Implicira upravo to zato jer je u našem primjeru svojstvo skupa C ono što određuje ishod A i D.

Svojstvo skupa C je da nema škrge. Svojstvo skupa A je da nikad nije ni imalo škrge, ima benefit od razvoja škrga i ima funkcionalni organ iz kojeg se mogu razviti škrge. Svojstvo skupa D je da je izgubio škrge, te da je dio organizma iz kojeg su se mogle škrge razviti iskoristio za razvoj organa koji su u njegovom okruženju daleko korisniji, a neki i nužni, dok su škrge tek sitni benefit za manji dio populacije, tako da razvoj na uštrb nužnih organa nije realna mogućnost.

contradiction kaže:

Evolucijski algoritmi nisu čarobni mehanizam koji će magično reducirati kombinatorni prostor i doći do rješenja, nego metoda pretraživanja gdje se algoritam hrani aktivnom informacijom koja daje podatke o strukturi kombinatornog prostora...
U biološkoj evoluciji ne postoji komunikacija između gena koji mutira i prirodnih uvjeta na osnovi koje bi se npr. selektirale one jedinke koje imaju ispravnu mutaciju na prvoj bazi, nego se jedinka odabire tek kad je gen u potpunosti formiran i posjeduje adaptibilno svojstvo. Zato se kod biološke evolucije ne može reducirati kombinatorni prostor.

Ovo sam namjerno ostavio za kraj jer se veže na tvoju referencu o lambda represoru:

At the level od selection we have employed, mutant proteins with greater than 5-10% of wild-type activity are recovered. By increasing or decreasing the stringency of the selection, different levels of tolerance to substitution would undoubtely be observed at many positions. For example, randomisation experiments on the hydrophobic core of the N-terminal domain of λ repressor have shown that when a lower level of activity is permited, a greater number of substitutions are acceptable.

Dakle, onaj broj od 1:10^63 pretpostavlja da se zadrži barem 5-10% funkcije postojećeg lambda represora. Broj kombinacija koje dopuštaju nižu razinu funkcionalnosti je daleko veći od navedenog, te takve kombinacije predstavljaju sposobnost za smanjivanje kombinatornog prostora. Tu se zapravo vraćamo na rezultate iz drugog istraživanja koje si linkao, a o kojima sam pisao pod (2), a koja pokazuje da kombinacija niske efikasnosti daleko lakše evoluira korištenjem isključivo jednostavnih mehanizama nasumičnih mutacija.

Dakle, tvoja tvrdnja da je gen nefunkcionalan dok ne pogodi funkcionalnu kombinaciju se temelji isključivo na tome da nisi dovoljno detaljno proučio referencu koja je nefunkcionalnom kombinacijom proglasila svaku kojoj je funkcionalnost niža od 5-10% originalnog gena.


Jedino pitanje koje još preostaje je da li se radi o nerazumijevanju ili namjernom cherry pickingu.